Основой всей приказной системы был царь. Вся она основана на предположении; приказные судьи и дьяки – только приказчики царя. Все их полномочия определяются им, и вся их деятельность проходит под его личным наблюдением. Государь входит во все детали управления, судит, присматривает за своими казначеями и везде руководит. С течением времени, по мере роста государства, умножения и усложнения дел, личное участие царя в делах становится все затруднительнее, пока не делается во многих отношениях фикцией. Приказный строй лишается своего одухотворяющего начала и начинает разрушаться. В виду невозможности для царя всюду поспеть, дать везде руководящие указания и наблюдать за всем, появляется необходимость с одной стороны ограничить область верховного управления, где личное участие царя необходимо, от подчиненного, где оно излишне; с другой стороны, для подчиненного управления нужно выработать общие нормы действий и обеспечить контроль. Несомненно, что эти нужды сознавались, но слишком слабо, и московское правительство шло навстречу им слишком медленно и нерешительно. Особенно сложно развивался контроль над деятельностью органов государственной власти и управления.
В XVI веке, в княжение Василия III, стали создаваться дьяческие семейства с наследственной профессиональной принадлежностью. И хотя смена политического курса в государстве нередко сопровождалась «перетряской» дьяческого состава, к XVII веку приказные служащие составляли уже вполне замкнутую общественную группу. В 1640 году было запрещено принимать в штат приказов лиц из других сословий, кроме дворян и детей приказных служащих. При Петре I приказы были упразднены и заменены коллегиями.
В Дворовой тетради 1552–1562 годов записано до 50 больших и дворовых дьяков, возглавлявших главнейшие приказы, или избы. Со временем число приказов увеличилось до 80. Штат каждого приказа составляли дьяк, подьячие и писцы числом от 20 до 50 человек. Характерной чертой системы приказного управления была чрезвычайная дробность ведомств и отсутствие четкого разграничения функций между ними.
Классификацию приказов можно осуществлять по роду дел, которыми они занимались, по классам лиц и по территориям, которыми они управляли, в соответствии с этими признаками можно выделить 6 групп приказов. Первую группу составляли органы дворцово-финансового управления: Дворцовый (или приказ Большого дворца) – ведомство бывшею дворецкого, управлявший людьми и территориями, обслуживавшими дворец. Приказ Большой казны, осуществлявший сбор прямых налогов и ведавший монетным двором. Так же в эту группу входили Конюшенный; Ловчий и др. Вскоре к ним добавились ещё 2 важных приказа: приказ Большого прихода, собиравший косвенные налоги (торговые пошлины, мостовые и прочие деньги), и Приказ счетных дел – своеобразное контрольное ведомство.
Вторую группу составляли органы военного управления: Разрядный приказ, ведавший служилым населением, который разделился, вскоре, на – Стрелецкий, Казачий, Иноземный, Пушкарский, Рейтарский, Оружейный, Бронный и др.
В третью группу можно включить органы судебно-административные, для которых судебная функция была главной: Поместный приказ (распределение и перераспределение поместий и вотчин, тяжбы по имущественным делам); Разбойный (с 1682 года Сыскной) уголовно-полицейские дела, тюрьмы; Земский осуществлял полицейское и судебное руководство населением Москвы.
К четвертой группе отнесем органы областного управления, создававшиеся по мере присоединения к Москве новых территорий: в XVI веке Московская, Владимировская, Дмитровская, Рязанская четверти (четвертные приказы – по числу 4), в XVII веке их число увеличилось до 6 и более, к ним прибавились наряду с другими Сибирская четверть (Сибирский приказ), приказ Малороссийский.
Органы специальных ветвей управления могут быть объединены в пятую группу: Посольский, Ямской (почтовая гоньба), Каменный (каменное строительство и каменные сооружения), Книгопечатный (со времен Ивана Грозного), Аптекарский, Печатный (государственная печать) и др. Наконец, последнюю, шестую, группу составляли ведомства государственно-церковного управления: Патриарший двор. Приказ церковных дел, Монастырский приказ.
Ключевую роль в приказной системе играл Разрядный приказ, который давал распоряжения относительно похода и содержания войска, заведовал постройкой крепостей, пограничных городов, включая их население и земли, а также ведал пограничной службой. Разряд, кроме военных, имел и административные функции по делам личного состава государственного аппарата. Этот приказ назначал наместников и волостелей, воевод, послов, судей приказов, осуществлял суд над чиновниками, не оправдавшими доверия, разбирал местнические дела. Уже во второй половине XVI века Разрядный приказ приобрел значение важнейшего приказа Русского государства. В конце XVI века ему были окончательно подчинены сохранившиеся еще от удельной раздробленности областные разряды (Новгородский, Смоленский, Рязанский), которые приобрели в дальнейшем характер военно-окружных управлений.