По рукоположении во епископы святитель 15 апреля, в Великую Субботу, участвовал в торжестве переложения Ризы Господней из старого в новый ковчег. 16 апреля было празднование Пасхи. И, вероятно, первопрестольная Москва никогда так светло и с таким многочисленным сонмом святителей не торжествовала в этот светлый праздник. В «Разряде» сказано: «Того же апреля 16-го был великому государю выход в собор к заутрене на праздник Светлого Воскресения… А служил заутреню Святейший Патриарх Иоаким, да с ним власти (9 митрополитов, 4 архиепископа и 2 епископа). А 23-го в неделю Антипасхи у Святейшего Патриарха был стол, к которому были званы власти духовные и некоторые бояре». Вскоре после Светлого Праздника Пасхи святитель Митрофан был очевидцем и горести для России. 27 апреля, в четверг на Фоминой неделе, скончался благочестивый, образованный и умный государь, царь Федор Алексеевич. На другой день «28-го дня выходили с крестами в хоромы царские по тело великого государя Святейший Патриарх Иоаким, а с ним были власти[5]. Тело почившего великого государя было перенесено[6] в родовую усыпальницу русских царей, в Архангельский собор. Впереди царские спальники несли гробовую крышку, или “кровлю”. Спальники же несли и гроб царя. Заупокойную литургию над телом его в Архангельском соборе совершил Патриарх с властями. С этого же дня начались у гроба сиденья почетных бояр, окольничих и думных людей, по три человека на каждый день. Сиденья эти продолжались у гроба 20 дней. Над катафалком почившего день и ночь (в продолжение сорока дней) читали Псалтирь почтеннейшие из московского духовенства. И каждый день по очереди, следуя иерархическим степеням, 40 дней служили заупокойные литургии бывшие в Москве иерархи. Так, 29 апреля заупокойную литургию и панихиду совершил Святейший Патриарх Иоаким; 30 апреля служил у Архангела Михаила по великому государю литургию и панихиду Корнилий, митрополит Новгородский и Великолуцкий. Святителю Митрофану по очереди пришлось служить у Архангела Михаила по великому государю 17 мая. 21 мая, в день чудесного спасения Москвы от нашествия татар, совершался крестный ход в Сретенский монастырь. На этом крестном ходу были: митрополит Новгородский Корнилий да епископы: Леонтий Тамбовский и Митрофан Воронежский. И 23 июля, в день празднования Владимирской иконы Пресвятой Богородицы, в крестном ходу вместе со Святейшим Патриархом и властями участвовал и святитель Митрофан» (книга записи в 190 году. С. XIV).