В 1880 году во Вриндаван приехал Бхактивинода Тхакур, чтобы поклониться лотосным стопам Бабаджи Махараджи, и получил от него множество ценных наставлений. В том же году Парамахамса Бабаджи приехал в округ Бурдван и остановился в деревне
Амаладжода. Бхактивинода Тхакур тоже приехал туда якобы по служебным делам, чтобы встретиться там с Джаганнатхой дасом Бабаджи во второй раз. Бабаджи был очень доволен тем, что Бхактивинода Тхакур страстно стремился проповедовать величие святого имени Кришны. После этого Джаганнатха дас Бабаджи одиннадцать дней жил в Бурдване, где день и ночь проводил непрерывный киртан, повторяя святые имена и обсуждая священные писания. А Шрила Бхактивинода Тхакур основал в деревне Амаладжода прапанна-ашрам (монастырь, в котором человек полностью предавался Кришне).
В 1893 году Джаганнатха дас Бабаджи жил в Кулии, находящейся в Навадвипе, и пришел однажды в Сурабхи-кунджу, где жил Бхактивинода Тхакур. Вся роща была словно наэлектризована его присутствием и казалась необыкновенно красивой. Позже он вместе со своими последователями отправился в Майяпур, где посетил многие святые места, такие как Йогапитха, Шривасангана и другие. Когда он пришел к месту рождения Господа Гауры, которое ранее обнаружил Бхактивинода Тхакур, он начал танцевать в духовом восторге, хотя был очень стар и, как прежде думали, не мог ходить. так он установил подлинность этого места. Некоторое время он провел в Йогапитхе вместе с Бхактивинодой Тхакуром. Там он чудесным образом излечил одного из сыновей Тхакура от кожного заболевания, велев ему лечь в пыль в месте явления Господа.
Большую часть времени он проводил, повторяя святое имя на берегу Ганги. Его бхаджан-кутир и самадхи существуют до сих пор. В один из дней он попросил Бхактивиноду Тхакура построить нечто вроде портика, где могли бы найти пристанище те, кто приходил к нему, и Тхакур немедленно все устроил.
Бхактисиддханта Сарасвати Тхакур уже в двенадцатилетнем возрасте был сведущ в астрономии. Услышав об этом, Махарадж позвал его однажды к себе и велел составить вайшнавский календарь, в котором указывались бы дни явления и ухода всех спутников Шри Чайтаньи Махапрабху и Вишнуприи Тхакурани. Бхактисиддханта Сарасвати Тхакур произвел необходимые расчеты и начал издавать «Шри Навадвипа-панчаку».
Жизнью и душой Джаганнатхи даса Бабаджи было повторение святого имени и служение вайшнавам. Он жил на этой земле 135 лет (согласно «Гаура-паришада-чаритавали») и нес всем благую весть о святом имени Шри Чайтаньи Махапрабху. Хотя в старости он согнулся почти пополам, тем не менее во время киртана он распрямлялся и его рост значительно увеличивался. В этот момент он напоминал танцующего Шри Чайтанью.
Его любимым учеником был Бхагавата дас, получивший от него посвящение в бабаджи. Впоследствии учеником Бхагаваты даса Бабаджи стал Гауракишора дас Бабаджи. Последователями Джаганнатхи даса Бабаджи были также Гаурахари дас Бабаджи, Рамахари дас Бабаджи и Нитьянанда дас Бабаджи – все родом из Варшаны, расположенной во Враджа-Ман-дале. Другой его ученик по имени Кришна дас Бабаджи был из Кадамкханди.
Личным слугой Джаганнатхи даса Бабаджи был его ученик Шри Бихари дас, отличавшийся крепким телосложением. От старости Бабаджи Махарадж не мог ходить, и Шри Бихари дас обычно носил его на спине в бамбуковой корзине. Однажды во время путешествия богатый человек пожертвовал Бабаджи Махараджу одну рупию, и тот отдал ее Бихари на хранение. Но после того как они прошли несколько километров, Шрила Бабаджи Махарадж велел слуге нести его обратно к жертвователю и вернул тому его рупию, сказав: «Я знаю, что у тебя очень много денег. Я не смог нести даже такую тяжесть, как одна рупия, как же ты несешь такое бремя?»
Бабаджи Махарадж иногда принимал пожертвования, чтобы иметь возможность служить вайшнавам, но при этом проявлял полнейшую отрешенность, обучая своим примером, насколько надо быть осторожным, принимая подаяние от богатых людей.