Вернувшись поздно вечером домой, Бхактивинода Тхакур стал снимать судейскую одежду и вдруг почувствовал острую боль в правой стороне груди. Ночью боль усилилась. Тхакура это не испугало, однако он не был уверен, что в таком состоянии сможет прийти в суд и написать приговор. Наутро ему так и не стало лучше. Наконец, около десяти утра боль немного стихла, и Шрила Бхактивинода был готов вынести окончательное решение по делу Бишикишены. Поскольку Тхакур не мог идти, в суд он отправился на паланкине. В этот день многочисленные последователи йога, вновь собравшиеся у здания суда, подняли оглушительный шум. Несмотря на это, заседание продолжалось как обычно. В конце Бхактивинода Тхакур зачитал приговор: «Бишикишена обвиняется в политическом заговоре против национального Британско-индийского Правительства и Правительства штата Орисса. Он приговаривается к восемнадцати месяцам лишения свободы и исправительных работ в тюрьме строгого режима». Услышав приговор, толпа на улице начала скандировать: «Позор! Позор!»
Когда Бишикишену уводили из здания суда, судебный врач мистер Уолтерс подбежал к нему сзади с большими ножницами и срезал его длинные спутанные волосы. Мистер Уолтерс знал, что йоги обычно накапливают мистические силы в волосах. Лишившись волос, Бишикишена и в самом деле утратил все свои колдовские чары. Он упал на пол и из зала суда его вынесли на носилках. В автобиографии Бхактивинода Тхакур пишет: «Когда Бишикишене обстригли волосы, его сторонники поняли, что он обманщик, и отказались от него». Боль, все это время мучившая Тхакура, сразу прошла, и он с чувством выполненного долга вернулся домой. После ареста Бишикишены Тхакур взял под стражу самозваных Брахму и Шиву, которые сознались, что йог угрозами заставил их играть эти роли.
Бишикишена провел три месяца в тюрьме Пури, после чего его перевели в центральную тюрьму города Мединипура. В 1873 году в тюрьме он отравился. Уместно вспомнить, что в свое время Дурваса Муни решил преподать урок чистому преданному Махарадже Амбарише, но вместо этого сам понес наказание.
Подобная попытка была предпринята и в отношении Бхактивиноды Тхакура, однако милостью Господа он остался цел и невредим и одержал над своим противником победу.
После завершения процесса над Бишикишеной Бхактивинода Тхакур написал письмо редактору выходящей в Катаке газеты «Прогресс», в котором рассказал о злодеяниях секты атибари и подверг уничтожающей критике самозванцев, объявляющих себя Богом. Это письмо было опубликовано в журнале «Хармонист» за ноябрь 1928 года.
Прожив в Джаганнатха Пури пять лет, Бхактивинода Тхакур был вынужден уехать оттуда по неотложным семейным делам. В последующие годы его переводили в разные районы Бенгалии, благодаря чему он побывал во многих местах паломничества. В Ра-нагхате у Тхакура родился пятый сын Варада Прасад. Затем Тхакур отправился в Калькутту, где встретил своего старого знакомого мистера Хейли, который в то время был главным инспектором тюрем. Несмотря на болезнь и слабость, мистер Хейли радушно встретил Тхакура и долго беседовал с ним о жизни. В то время между чиновниками шла своего рода борьба за Бхактивиноду Тхакура, поскольку каждый из них хотел получить его в свое распоряжение. В результате по настоянию мистера Хейли Тхакур был переведен в Аррарию. Там у него началось заболевание мочевых путей. Тхакур взял двухмесячный отпуск по болезни. Постепенно состояние его здоровья улучшилось. В ноябре 1877 года Тхакура перевели в находящийся недалеко от Калькутты город Махибарекху, где остро стояла проблема коррупции среди полицейских. Как обычно, после переезда Тхакур не упустил возможности посетить расположенные поблизости святые места. Затем его опять перевели на новое место, на этот раз в Бхадрак, и повысили в чине. В Бхадраке Бхактивинода Тхакур получил письмо от мистера Роббинса, который буквально умолял его вернуться в Ориссу.
11 июля 1878 года правительство наделило Бхактивиноду Тхакура дополнительными полномочиями и перевело его в Нараил, где он вскоре завоевал большую популярность у местного населения. Когда Тхакур по своему обыкновению отправлялся в поездку по округу, жители деревень встречали его пением святого имени.