С тех пор Бхактивинода Тхакур стал каждую субботу приезжать в Навадвипу и искать место рождения Чайтаньи Махапрабху. К сожалению, местные жители ничего не знали о находящихся в тех краях святых местах либо вообще не проявляли к ним никакого интереса. Большинство из них считало, что место рождения Господа Чайтаньи находится в самой Навадвипе, но у Тхакура имелись сомнения на этот счет. Другие утверждали, что место это было утеряно, после того как Ганга изменила русло. Неудовлетворенный результатами своих исследований, Шрила Бхактивинода продолжал поиски. Однажды вечером он вместе с Камалой Прасадом и знакомым клерком отдыхал на плоской крыше постоялого двора в Навадвипе. Небо затянули тучи. Стояла непроглядная тьма. То, что произошло потом, Тхакур описывает так: «На другом берегу Ганги к северу от нас я вдруг увидел огромное здание, залитое светом. Я спросил Камалу, не померещилось ли мне, и он подтвердил, что видит то же самое. Клерк же уверял нас, что ничего не видит. Меня это поразило. Поднявшись утром на ту же самую крышу, я стал осматривать место, где было видение. Там росла высокая пальма. Я выяснил, что это место, которое называется Баллалдигхи, расположено неподалеку от развалин крепости царя Лакшманы Сены». От местных жителей Бхактивинода Тхакур узнал, что неподалеку от Баллалдигхи находится большой пруд, выкопанный в XII веке отцом Лакшманы Сены, царем Баллалом Сеной, в честь которого это место и получило свое название. Кроме пруда, там больше не было ничего примечательного. В следующую субботу Тхакур отправился в Баллал-дигхи, где ночью его глазам снова предстало необычное видение. Весь следующий день Тхакур ходил по окрестностям и беседовал с местными старожилами. Они уверяли его, что Шри Чайтанья родился именно здесь. Точное место явления Господа, по их словам, находилось на большом холме, поросшем деревцами туласи.
Чтобы убедиться в правильности своих предположений, Бхактивинода Тхакур изучил древние рукописи «Чайтанья-бхагаваты», «Бхакти-ратнакары», «Навадвипа-парикрама-паддхати», а также старинные карты. На одной из карт второй половины XVIII века Бхактивинода Тхакур обнаружил название «Шри Майяпур» на том самом месте, которое позднее стали называть Баллалдигхи. Работая с картами и расспрашивая местное население, он узнал много интересного. Например, он выяснил, что город Навадвипа на западном берегу Ганги насчитывал к тому времени не более ста лет. В Навадвипе Тхакур встречал тех, кто еще помнил, как в юности они переехали в новый город из Баллалдигхи. А некоторые старожилы по привычке продолжали называть Баллалдигхи Майяпуром. Кроме того, Тхакур прочитал, что Господь Чайтанья явился на восточном берегу Ганги, а посему современная Навадвипа не может быть местом Его явления. Наконец, в «Бхакти-ратнакаре» он нашел стих, который окончательно рассеял его сомнения: «В центре Навадвипы есть место, называемое Майяпуром. Там родился Верховный Господь Гаурачандра».
Так, подобно Рупе и Санатане Госвами, которые нашли забытые места игр Кришны во Вриндаване, Бхактивинода Тхакур обнаружил забытое место явления Гауранги в Навадвипе. Это выдающееся открытие, сделанное в начале 1888 года, стало эпохальным событием в истории гаудия-вайшнавизма, поскольку точное место явления Шри Чайтаньи Махапрабху до этого не было известно. Некоторое время спустя, желая еще раз удостовериться в том, что Господь Чайтанья родился именно в Баллалдигхи, Бхактивинода Тхакур пригласил гуда Джаганнатху даса Бабаджи. Бабаджи, которому в то время было более ста двадцати лет, настолько ослаб, что не мог самостоятельно ходить, поэтому один из учеников носил его на спине в корзине. Глаза у Бабаджи не открывались, и если ему требовалось посмотреть куда-то, он поднимал веки руками. Оказавшись на месте, которое обнаружил Бхактивинода Тхакур, Бабаджи вдруг выпрыгнул из корзины и стал в восторге кричать: эй то нимай-джанма-бхуми – «Воистину, Господь Нимай родился здесь!» Таким образом, достоверность сделанного Тхакуром открытия подтвердилась как с исторической, так и с духовной точки зрения. Оно положило начало дальнейшим исследованиям, в результате которых были обнаружены многие другие места, связанные с Господом Чайтаньей. Бхактивинода Тхакур описал их в книге «Шри Навадвипа-дхама-махатмья», изданной в 1890 году.