В 1908 году Бхактивинода Тхакур отрекся от мира, получив посвящение у Шрилы Гауракишоры даса Бабаджи. Было это так: однажды Тхакур, провожая Гауракишору даса Бабаджи до переправы через Гангу, попросил у него посвящение в бабаджи. Шрила Гауракишора считал себя падшим и, кроме того, относился к Тхакуру как своему духовному наставнику. Поэтому он ответил ему отказом. Через некоторое время Бабаджи догадался, что Бхактивинода Тхакур не отказался от своего намерения и собирается приехать к нему в Навадвипу. Чтобы избежать встречи с Тхакуром, Бабаджи, который тогда был уже в весьма преклонном возрасте, пришел к проститутке, жившей недалеко от рынка, и укрылся на веранде ее дома. Бабаджи знал, что Тхакур будет искать его повсюду, даже на берегу Ганги, но никогда не зайдет в дом проститутки.
Тем временем Шрила Бхактивинода, нигде не обнаружив Бабаджи Махараджу, вернулся в Годрумадвипу. А Бабаджи, выйдя из своего укрытия, принялся оглушительно смеяться. Когда его спросили о причинах такого необычного веселья, он ответил: «Сегодня я перехитрил Кедаранатху Датту, спрятавшись в доме продажной женщины. Кедаранатха Датта не нашел меня и вернулся с пустыми руками».
Несколько дней спустя Бхактивинода Тхакур попросил одного из своих сыновей привезти Бабаджи Махараджу в Свананда-сукхада-кунджу. Шрила Гауракишора согласился приехать и, проведя у Тхакура несколько дней, посвятил его в бабаджи. По приказу Шрилы Гауракишоры Тхакур надел старую набедренную повязку и фартук для сбора милостыни, принадлежавший его шикша-гуру Джаганнатхе дасу Бабаджи, который к тому времени уже завершил свой земной путь. Затем с согласия и в присутствии Шрилы Гауракишоры Бхактивинода Тхакур принял его своим веша-гуру, то есть гуру, который дает посвящение в бабаджи. Бхактивинода Тхакур безукоризненно сумел соблюсти традицию гаудия-вайшнавов, последовав примеру Санатаны Госвами, который в присутствии Господа Чайтаньи и с Его согласия отрекся от мира, облачившись в старые белые одежды Тапаны Миш-ры. Приняв отречение, Бхактивинода Тхакур продолжал повторять святое имя и заниматься литературным творчеством, иногда пребывая в Годрумадвипе, а иногда – в Бхакти Бхаване в Калькутте.
Отрекшись от мира, Бхактивинода Тхакур принял несколько учеников, один из которых, Кришна дас Бабаджи, стал его слугой еще в Пури. Чувствуя настоятельную необходимость полностью сосредоточиться на духовном бытии, Тхакур в 1910 году уединился в Бхакти Бхаване, где ничто не мешало его божественному служению Радхе и Кришне. Разбитый параличом, он окончательно погрузился в самадхи, или духовный транс.
23 июня 1914 года солнце начало двигаться на юг. В тот же самый день четырьмя с половиной столетиями раньше ушел из этого мира Гададхара Пандит, который считается воплощением Радхарани. Ровно в полдень Бхактивинода Тхакур покинул тело и вошел в вечные игры Господа, недоступные взору обусловленных душ этого мира.
Погребальную церемонию Бхактивиноды Тхакура отложили, пока солнце не начало движение на север. Тогда прах Тхакура был перевезен из Бхакти Бхавана в Годрумадвипу. Там под звуки оглушительного киртана, устроенного учениками и друзьями Тхакура, его прах поместили в серебряную урну и предали земле. В церемонии участвовали сотни человек, и каждый из них явственно ощущал присутствие Тхакура. Поистине, известную строфу Бхактивиноды о Харидасе Тхакуре можно отнести и к ее автору: «Неправда, что вайшнавы умирают! Оставшись жить в том мире, что и мы, нас мудрыми словами наставляют и помогают путь найти из тьмы».