В 1809—1810 годах Кювье был отправлен для организации университетов в Генуе, Пизе, Парме, Флоренции, Сиенне и Турине, завоеванных Наполеоном; в 1811 году он отправился с тою же целью в Голландию и ганзейские города. В Голландии Кювье обратил особое внимание на прекрасную постановку элементарного народного образования, – предмет, всегда его занимавший. В 1813 году Кювье находился в Риме тоже для организации университета. В том же году Наполеон назначил его рекетмейстером в Государственном совете, а в конце года дал ему довольно странное поручение, а именно: отправил его в качестве чрезвычайного комиссара в Майнц для устройства защиты от неприятельского вторжения. Видеть ли в этом знак особого внимания или просто бесцеремонность, с какою Наполеон относился к людям, – мы не беремся решить.
Как бы то ни было, Кювье не пришлось выступить в роли защитника отечества. Прежде чем он успел доехать до места назначения, союзники вторглись во Францию, и комиссар должен был вернуться.
Незадолго до своего падения Наполеон хотел назначить Кювье членом Государственного совета. Падение его отсрочило это назначение лишь на несколько месяцев, так как Людовик XVIII вскоре по восшествии на престол дал Кювье эту должность. С возвращением Наполеона Кювье потерял было ее, но после окончательного водворения Бурбонов получил обратно.
С восстановлением древней монархии началась жестокая реакция против либеральных идей. Лично Людовик XVIII был человек умеренный и вовсе не жестокий; но он не мог долго сдерживать сдавленные, гонимые и потому страшно озлобленные силы роялистов. Началась расправа, напомнившая времена террора. Целый ряд наполеоновских генералов и офицеров был осужден на смерть; некоторым удалось спастись бегством, другие – Ней, Лабедойер, Мутон Дювернэ – были казнены. Многие – Брюн, Рамель, братья Фоше – были без суда убиты роялистами, причем убийства остались безнаказанными. В Марселе была истреблена целая колония магометан, с женами и детьми, за то только, что этих несчастных привез из Египта Бонапарт. В Ниме в течение нескольких месяцев убивали протестантов, жгли их дома и грабили имущество. Доносы, отставки, тюремные заключения, изгнания, ссылки сыпались градом: в течение 10 месяцев около 70 тысяч человек подверглись тюремному заключению за политические убеждения. В Гренобле между прочими расстреляли десятилетнего мальчика-инсургента (!); в Париже троих несчастных казнили смертью отцеубийц, то есть им сначала отрубили правую руку, а потом голову за то, что они слушали шпиона, предлагавшего взорвать Тюильри. Доходило до курьезов: в учебниках истории упоминали не об императоре Наполеоне, а о генерале Бонапарте, главнокомандующем войск его величества короля Людовика XVIII; в Орлеане торжественно сожгли на площади книги, рисунки, портреты, изображавшие лица или события императорской эпохи (при этом погиб знаменитый портрет Наполеона, писанный Жераром и стоивший городу 20 тыс. франков).
В эту мрачную эпоху Кювье вместе с Ройе-Колларом, Серром и другими либеральными членами Государственного совета старались смягчить крайности реакционной политики. Так, в 1815 году он оказал услугу Франции при учреждении превотальных судов, которые должны были в каждом департаменте судить безапелляционно все политические дела и немедленно приводить в исполнение свои приговоры. Приведем его собственный рассказ об этом.
«В то время я имел случай оказать Франции большие услуги, о которых не было напечатано; но мне было бы неприятно, если бы они остались неизвестными. Ройе-Коллар поддерживал меня во всех смягчениях, которые мы старались внести в свирепые законы, внушаемые духом времени; но изменения, которым подвергся закон о превотальных судах, обязаны своим существованием только мне одному. По первоначальному проекту, им хотели предоставить право юрисдикции не только над явными и вооруженными восстаниями, но и над тайными заговорами, и притом не только над теми, которые случатся после обнародования закона, но над всеми, без различия эпох… После одного из заседаний Государственного совета, под председательством герцога Ришелье, я просил его устроить обсуждение этого закона в своем присутствии в новом соединенном заседании комитетов. Мне кажется, что я никогда не говорил с такой силой, и, несмотря на горячность противников, мне удалось добиться устранения пункта о тайных заговорах. Оставалось обратное действие. Серр нападал на него в комиссии палаты; другие его защищали… Меня пригласили присоединиться к ним, что я должен бы был сделать в качестве королевского комиссара, но я отказался, и закон не мог пройти. Превотальные суды сделали достаточно зла и в той форме, в которой были учреждены; но я смею сказать, что их действия были бы еще гораздо вреднее, если бы не удалось устранить два вышеупомянутые пункта».