Всего этого хватило ненадолго. Отгремели пушки на Сенатской площади, под охраной жандармов увезли в Сибирь декабристов, и шпики из Третьего отделения неслышно, крадучись, повели слежку за профессорами. Преподавание должно было вестись в духе «православия, самодержавия и народности» — того требовал министр просвещения Уваров. Его устами говорил «самодержец всея Руси», достопечально известный под именем Николая Палкина.
Новый устав, высочайше утвержденный в 1835 году, лишил университет даже той скромной видимости самостоятельности, которая была дана ему в 1804 году. Злой ветер реакции забушевал в полную силу. Он изгнал, как «пагубное», изучение философии и принес в университетские стены богословие, церковную историю, церковное право. Закон божий насаждается на всех без исключения факультетах. Нравится или не нравится, но постигай! Только под бдительным оком церкви и жандармов могли входить в науку русские студенты. Трудно студентам, тяжело и профессорам, но черный ураган смерчем кружится над русской наукой; и кажется, нет силы, которая могла бы его остановить.
Жуковский был еще гимназистом, когда после поражения в Крымской войне Россия увидела всю гнилость самодержавия. Черный ураган как-то сразу сник, бессильный, захлебнувшийся в собственной ярости. И на растрепанном бурей корабле науки вновь наполнились добрым ветром надежды широкие паруса.
В 1861 году пало крепостное право. Вскоре подвергся реформе и университет. 10 июня 1863 года был утвержден новый устав, возвращавший право выборности ректора, деканов, профессоров, увеличивавший число кафедр, упрочавший роль естественно-математических наук.
Свежий ветер крепчал, выдувая из университета затхлый дух закона божьего.
Лучшие профессора, выстоявшие под напором черного урагана, приветливо встретили новых слушателей, в числе которых был и Николай Жуковский.
Эти профессора любили университет. Они отдавали ему все лучшее, чем горели их сердца, чем был наполнен разум. Они щедро делились своими знаниями с юношами, заполнившими аудитории. Профессора вели молодежь в верхние этажи великого здания науки, из которого становится таким ясным весь окружающий мир, мечтая сделать зеленых юнцов подлинными людьми науки, не дать им превратиться в охотников за чинами и орденами.
Как и его товарищи по студенческой скамье, Жуковский не мог не впитать в себя то лучшее, что несли передовые ученые. Именно им обязан Николай Егорович тем, что, далекий от политики, ой стал за годы учения материалистом. И пусть этот материализм был стихийным, неосознанным до конца, но именно он направил будущего ученого по нужному пути.
Самые разные предметы составляли программу первого курса. Здесь были астрономия и богословие (увы, еще не до конца выкорчеванное из университетских программ), математика н русская словесность, физика и французский язык. Жуковский с наслаждением отдавался милым его сердцу наукам. В отличие от честолюбцев, алчущих места первого ученика и равнодушно зазубривающих конспекты по всем без исключения предметам, Жуковский быстро проявил симпатии и антипатии к разным наукам.
Богословие вызывало у него чувство брезгливости. Не волновал французский язык — больших лингвистических талантов у Николая Егоровича не было, и языки давались ему с трудом. Не будила воображения и русская словесность, хотя юноша с детских лет пристрастился к чтению, даже пописывал на досуге стихи. В центре внимания студента оказались физика, математика, астрономия. Жуковский изучал эти науки с подлинной страстью, не пропуская ни одной лекции.
Худощавый смуглый первокурсник далеко опережает своих товарищей. Так же как и в гимназии, ему тесны рамки программы.
Юноше всего лишь восемнадцать лет, но он хорошо знает, что такое труд, понимает и ценит его великую силу, способную творить чудеса. Перед Николаем Жуковским распахиваются двери в новый, удивительный мир…
Профессору астрономии Хандрикову не раз доводилось задумываться над вопросами, которые задавал студент Жуковский. Вопросов было много, и они позволяли безошибочно заключить, что студент учится усердно, много знает, а хочет знать еще больше. Не раз после лекции, когда расходилась по домам шумная студенческая ватага, в опустевшей аудитории можно было увидеть две фигуры. Это Хандриков, быстро набрасывая на листке бумаги схемы и формулы, удовлетворял любознательность своего ученика.
Но однажды вопрос задал не студент, а профессор;
— Что делает сегодня юноша? Свободен ли он вечером? Особых дел нет? Вот и отлично…
Жуковский запомнил этот вечер на всю жизнь. Хандриков привел его (об этом мы знаем из воспоминаний племянницы Николая Егоровича Е. А. Домбровской) в дом отставного профессора Николая Дмитриевича Брашмана. Труды этого человека с почтением изучали математики и механики всей России, да, пожалуй, не только России.