Лейтвайну не удавалось подавить восстание. 12 января 1904 года отряды Махареро блокировали Виндхук. Гереро наносили колонизаторам одно поражение за другим. Женщины помогали мужчинам в бою. Если гереро и германские войска находились друг от друга в пределах слышимости, африканские женщины скандировали по-немецки: «Кому принадлежит земля гереро? Нам принадлежит земля гереро! Нам принадлежит земля гереро!» Никогда еще империя, ставшая со времен Седана суперсилой, не получала такого отпора и не испытывала такого унижения. Вильгельм II послал в Юго-Западную Африку войска с артиллерией, аэростатами и новейшим саперным оборудованием. Лейтвайна сместили как размазню. На его место назначили генерала Лотара фон Троту.
Генерал уже сделал себе имя в подавлении «боксерского» восстания в Китае, а также в Восточной Африке. Его поведение здесь, в Юго-Западной Африке, Август Бебель позднее охарактеризовал в рейхстаге как «действия мясника».
Трота прибыл с твердым намерением уничтожить гереро. Основную массу племени он загнал в Ватерберг, горный массив на краю пустыни Омахеке. К началу августа 1904 года войска оттеснили туда, по данным Генерального штаба, «от 50 до 60 тысяч голов, включая женщин и детей». 11 августа началось наступление. Кроме пехоты и конницы, использовалось 30 орудий и пулеметов.
Битва длилась два дня. В последнюю ночь Самуэль Махареро прорвал кольцо. Сколько гереро погибло в этом прорыве, неизвестно. Осталось свидетельство лейтенанта Болье: «Сцены, которые происходили у меня на глазах, незабываемы. Краали, находившиеся на большом расстоянии друг от друга, были пристанищем тысячам людей и скота. Там, где побывали наши артиллеристы, все превращалось в руины».
Но «работа» Троты на этом не завершилась. После неудачной попытки уничтожить гереро в Ватерберге он начал планомерно загонять их в пустыню. Потом он «запер» Омахеке и издал листовку: «Внутри германских границ каждый гереро с оружием или без оного будет расстрелян. Мне больше не нужны женщины и дети. Я возвращаю их племени или стреляю в них».
Это означало приговор народу гереро. Трота знал об этом. В одном из сообщений в генштаб он обвинял прежнего губернатора в том, что тот пытался заключить с гереро «всякие там соглашения». «Я совсем другого мнения, — писал генерал. — Такой народ, как этот, должен быть полностью уничтожен. Они все подохнут в пустыне Омахеке. Это восстание есть начало расовой борьбы». Генштаб полностью присоединился к решению генерала.
В то время, как специальные воинские части сравнивали с землей селения гереро, расстреливая всех, кто там оставался, основная масса народа укрывалась в пустыне. С несколькими спутниками Махареро достиг границ британских владений, где и скрылся. Из 80 тысяч гереро, живших до восстания в Юго-Западной Африке, уцелело 15 тысяч. Сообщение в немецкий генштаб о боевых операциях заканчивается так: «Возмездие наконец свершилось. Гереро перестали существовать как самостоятельное племя».
Но Трота поспешил с выводами.
На юге страны поднялись готтентоты нама. Снова возникла на арене событий могучая фигура Генрика Витбоя, избежавшего смерти еще в 1893 году. Готтентоты не пошли, как гереро, на бой в открытом поле, а стали активными партизанами. Трота затребовал новое подкрепление. Число военных втрое превысило количество штатских. Генерал использовал старый метод — пытался загнать народ в пустыню. Он приказал блокировать все источники воды в районе и стрелять в каждого, кто к ним приблизится. Несмотря на обещанную премию в 5 тысяч марок за голову вождя, Витбоя никто не выдал. Он погиб в бою 29 октября 1905 года в возрасте 80 лет. Вскоре Троту отозвали.
Рейхсканцлер Бюлов не захотел продолжать истребительные акции. Причины решения он сформулировал так. «Полное уничтожение восставшего коренного населения создаст трудности для дальнейшего развития колонии, — писал он кайзеру, — ибо в земледелии и скотоводстве аборигены незаменимы...»
Новый губернатор Фридрих фон Линдеквист издал для выживших гереро листовку, где им даровалась жизнь при добровольной сдаче в плен. «Вам также выдадут мелкий скот для содержания ваших семей, — говорилось в послании, — если таковые еще имеются».
Из буша возвратилось 15 тысяч гереро, две трети — женщины и дети. Все живые скелеты. Их заперли в лагерях и использовали на строительстве железной дороги. А готтентотам нама все же полагалось наказание: их свозили на известный дурной славой Акулий остров в бухте Людерица, где они умирали от холода, голода и сырости. В апреле 1907 года полковник Эшторф, военный распорядитель, направил в Берлин письменный протест. «С сентября 1906 года по сегодняшний день, — говорилось там, — из 1795 аборигенов умерло 1032. За такие злодеяния я не хочу нести ответственности».
Выживших переправили на материк. Из 17 тысяч пленных гереро и готтентотов, по данным охранной службы, умерло 7682, то есть ровно 45 процентов. Германские потери в боях 1904—1907 годов составили 1447 человек, включая умерших от болезней. Расходы на войну равнялись 400 миллионам золотых марок...