30 июля 1903 года «Правительственный вестник» сообщил об учреждении на Дальнем Востоке отдельного наместничества со штаб-квартирой в Порт-Артуре. Наместник подчинялся непосредственно царю, а для координации своих действий с Комитетом министров имел в Петербурге Особый комитет по делам Дальнего Востока, который возглавлял приятель Безобразова контр-адмирал А.М. Абаза. Поборника мира на Дальнем Востоке С.Ю. Витте убрали с поста министра финансов, недовольный А.Н. Куропаткин, занимавший пост военного министра, подал прошение об отставке.
В день учреждения на Дальнем Востоке наместничества возобновились переговоры между Россией и Японией о разделе сфер влияния в Корее и Маньчжурии. Россия требовала от Японии решительного заявления о том, что «Маньчжурия находится за пределами японских интересов». Переговоры шли через наместника на Дальнем Востоке Е.И. Алексеева и российского посла в Токио Р.Р. Розена. Правительство микадо настаивало на включении в соглашение особого пункта о Маньчжурии, тем более что 8 октября (н. ст.) 1903 года по российской договоренности с Китаем истекал срок эвакуации оттуда русских войск. Однако в конце концов Николай под влиянием «безобразовцев» принял решение оставить войска в Маньчжурии еще на три года, а если и отводить их, то не на территорию России, а в полосу отчуждения КВЖД. Из Порт-Артура в корейский порт Чемульпо, или иначе – Инчхон, были высланы военные корабли российского флота с заданием обеспечить охрану находящегося там русского консульства, а заодно и посольства в Сеуле. Алексеев предложил даже атаковать японский флот в случае высадки войск микадо в Корее, но Николай на это не согласился.
Поздней осенью 1903 года Россия и Япония еще обменивались нотами, однако последняя посчитала, что переговоры больше не имеют смысла. Наместник Е.И. Алексеев доносил в Петербург о создании в Японии Главной квартиры и других мерах по подготовке нападения на Россию. 15 декабря царь созвал совещание, чтобы обсудить предложение Алексеева, который предлагал прервать переговоры из-за неуступчивости японцев. И на этот раз Куропаткину и Ламздорфу удалось отстоять курс на продолжение поисков компромисса. Японии были сообщены измененные предложения, содержавшие некоторые уступки. Но очередная японская нота от 31 декабря 1903 года была больше похожа на ультиматум: Россия должна исключить Корею из сферы своих интересов и признать территориальную неприкосновенность Маньчжурии и Китая. «Мы сидели после завтрака в кабинете государя, курили и разговаривали о незначительных вещах, – вспоминал великий князь Александр Михайлович. – Императрица была беременна, и Никки надеялся, что на этот раз родится мальчик. Он ни слова не говорил о положении на Дальнем Востоке и казался веселым. Это была его обычная манера избегать разговоров на неприятные темы. Я насторожился. „В народе идут толки о близости войны, – сказал я. Государь продолжал курить. – Ты все еще намерен избегнуть войны во что бы то ни стало?“ – „Нет никакого основания говорить о войне“, – сухо ответил он. „Но каким способом ты надеешься предотвратить объявление войны японцами, если ты не согласишься на их требования?“ – „Японцы нам войны не объявят“. – „Почему?“ – „Они не посмеют“. – „Что же, ты примешь требования Японии?“ – „Это становится наконец скучным. Я тебя уверяю, что войны не будет ни с Японией, ни с кем бы то ни было“. – „Дай-то Бог!“ – „Это так и есть!“
Чтобы лишить японцев удобного повода к войне, царское правительство послало в Токио ответную ноту. Россия соглашалась признать особые права Японии на Корею, однако решительно отказалась исключить ее из сферы своих интересов и по-прежнему требовала ее демилитаризации. 15 января в Зимнем дворце был большой бал, на котором присутствовал японский посланник Мотоно. «В обществе было так велико возбуждение против Японии, – вспоминал один из придворных, – что на Мотоно смотрели не то как на шпиона, не то как на предателя, который готовит нам каверзы, как будто японец должен был стоять за интересы России». «Не всегда военные действия начинаются с пушечных выстрелов. По-моему, война уже началась. Только слепые этого не видят!..» – сказал за день до этого лейтенанту В.И. Семенову контр-адмирал З.П. Рожественский, провожая его в Порт-Артур.