Вскоре дворяне, купцы, сельский податной люд в полной мере ощутили тяжесть реквизиций новой власти. Уже в первые месяцы 1609 года от тушинцев отпадают многие северные и верхневолжские города и уезды. Там создаются местные ополчения, не имевшие поначалу единого командования и стержня. Им стала армия во главе с юным князем Михаилом Скопиным-Шуйским, сформировавшаяся в Новгороде. Помимо русских стрельцов, дворян из Новгорода и соседних областей, в нее вошел корпус наемников из Швеции в обмен на территориальные уступки по февральскому договору 1609 года. Весной 1610-го, очистив от тушинцев север и центр страны и сняв осаду со столицы, армия князя Скопина-Шуйского торжественно вступила в Москву.
Еще осенью 1609 года началась открытая интервенция Речи Посполитой. Предлогом для нее Сигизмунд посчитал русско-шведский договор. На самом же деле он спешил воспользоваться слабостью России. Рассчитывал он и на поддержку польско-литовских отрядов из Тушина. Хотя Сигизмунд не получил одобрения сейма на войну, он во главе большой армии вторгся в пределы России и осадил Смоленск. К лету 1610 года в стране было уже три политических центра: Лжедмитрий II с частью тушинских отрядов в Калуге, Сигизмунд III под Смоленском и Василий Шуйский в Москве. Все изменилось 24 июня, когда армия во главе с бездарным Дмитрием Шуйским (младшим братом царя) потерпела полное поражение от наспех собранного походного корпуса гетмана Жолкевского. Мятеж москвичей, возмущение дворян из разбитой рати, заговор бояр привели к неизбежному: 17 июля 1610-го Василий Шуйский был свергнут. К Москве устремились отряды Самозванца из Калуги и корпус Жолкевского из-под Можайска. Перед Боярской думой — а именно она стала временной верховной властью — встал выбор. Колебались бояре недолго: 17 августа (по старому стилю) они подписали договор с гетманом. Московским царем становился королевич Владислав — при условии его перехода в православие и сохранения российского суверенитета и государственно-политического устройства. В сентябре для решения спорных вопросов к королю под Смоленск было отправлено «великое посольство», состоявшее из представителей всех ведущих сословий во главе с ростовским митрополитом Филаретом (в миру Федор Романов) и князем Василием Васильевичем Голицыным.
В ночь на 21 сентября в столицу под ложным предлогом защиты от Тушинского вора (он давно уже вернулся в Калугу) вошли войска Речи Посполитой. Вскоре выяснилось, что Сигизмунд видит на московском троне себя, а не сына; что августовский договор его не устраивает; что реальные переговоры с «великим посольством» ему не нужны (кстати, оно вскоре распалось, а главные послы несколько лет провели в заточении); что он не хочет прекращать военных действий под Смоленском, воюя земли своего же сына! Управление страной и Москвой оказалось в руках командования гарнизона и немногих королевских сторонников среди русских (Салтыков, Андронов и др.). Боярская же дума превратилась в ширму. В октябре—ноябре 1610 года режим приобрел оккупационный характер. Вся артиллерийская обслуга, все караулы на башнях, стенах и у ворот Кремля, Китай-города и Белого города Москвы формировались только из солдат гарнизона, включая европейских наемников. Все арсеналы перешли под контроль интервентов. Стрельцы были разосланы в другие города. Москвичам запрещалось носить оружие, ходить ночью по городу, «порядок» наводили патрули гарнизона. Так армия Речи Посполитой утвердилась в Москве, пытаясь управлять оттуда всей страной. Ответная реакция была неизбежной. В первые же месяцы 1611 года родилось мощное национально-освободительное движение. Отряды ратных людей из разных городов спешат к столице. Они не успели поддержать мартовское восстание москвичей, жестоко подавленное интервентами. Первое ополчение занимает частью сохранившиеся укрепления Белого города и окружает польско-литовский гарнизон в Китай-городе и Кремле.
С весны 1611 года действия под Москвой свелись к блокаде города. У ополченцев не хватало сил для штурма мощных укреплений, ставка делалась на истощение ресурсов польско-литовских войск в Москве. С июня 1611 года они испытывали постоянную нужду в провианте и боеприпасах. Смоленск пал летом 1611 года, но у Сигизмунда не было ни денег, ни военных возможностей для завоевания России, а оппозиция его «московской» политике усиливалась. Двум корпусам интервентов, действовавшим в России, до весны 1612-го с огромным трудом и перебоями удавалось обеспечивать столичный гарнизон необходимым. К лету же его положение стало критическим.