В 1804 году один из генералов освободительной армии негр Ж.Ж.Дессалин провозгласил себя императором, заменив при этом синюю полосу флага на черную. При нем была организована массовая резня белых и мулатов и узаконенно господство негров, отражением которого фактически и стала черная полоса. Два года спустя после убийства чернокожего императора мулатами-заговорщиками страна распалась на две части — государство Гаити на севере во главе с генералом-негром А.Кристофом и Республику Гаити во главе с генералом-мулатом А.Петионом на юге. В этот период черная полоса окончательно стала считаться символом власти негров, а синяя — мулатов. Поэтому государство Гаити сохранило черно-красный флаг, а Республика Гаити восстановила флаг из синей и красной полос, которые располагались сначала вертикально, а с 1807 года — горизонтально. Иногда на нем изображался республиканский герб, похожий на современный. Существовавшая на юге в 1810 — 1811 годах еще одна мулатская республика пользовалась флагом из синей и красной вертикальных полос, пока не воссоединилась с Республикой Гаити. После преобразования в 1811 году государства Гаити в королевство в центре его черно-красного флага стал изображаться королевский герб.
В 1820 году страна стала единой республикой под сине-красным с горизонтальными полосами флагом. С 1843 — 1844 годов в центре этого флага стал помещаться республиканский герб на белом прямоугольнике. В 1844 году к власти на 15 лет вновь пришли негры, однако попытка восстановить непопулярный у большинства населения черно-красный флаг не увенчалась успехом. Сначала в президентском кресле с калейдоскопической быстротой сменили друг друга три неграмотных и дряхлых марионеточных президента, а потом власть захватил негритянский генерал Ф.Сулук, который, будучи поклонником Наполеона, и, следовательно, Франции, сохранил на флаге синюю полосу. Так была прервана на 120 лет дурная традиция менять цвет государственного флага в зависимости от цвета кожи правителя страны. Впрочем, флаг при Сулуке все же изменился. Установив режим массового террора, он провозгласил себя в 1848 году императором и заменил республиканский герб на флаге вновь изобретенным императорским гербом. Новоявленная империя просуществовала до свержения ее создателя в 1859 году, а два года спустя был вновь восстановлен флаг 1843 года с республиканским гербом. Он просуществовал практически без изменений более ста лет.
Однако в 1964 — 1976 годах, в период кровавой диктатуры негритянского семейства Дювалье, правившего с 1957 года, синяя полоса флага была вновь заменена на черную, полосы стали вертикальными, а традиционные пропорции флага 2:3 изменены на 1:2. При этом красная полоса впервые приобрела темный, кровавый оттенок. Эти изменения были не случайны: в основу идеологии дювальеристской диктатуры были положены черный расизм и местная негритянская мистика, а политическая практика режима, основанная на самом изуверском кровавом терроре, фактически превратила страну в залитое кровью кладбище, в своего рода пугало для всего цивилизованного мира. В официальной же трактовке черный цвет флага означал «происхождение, традиции и культуру» большинства населения, а красный — «дювальеристскую революцию и борьбу за независимость». В период правления основателя диктатуры Франсуа Дювалье (до 1971 года) внутри Гаити на флагах вместо герба часто изображался портрет диктатора, любимым изречением которого было: «Я — знамя Гаити, единое и неделимое».
Противники диктатуры вели борьбу за освобождение под прежним сине-красным флагом, считающимся символом свободы страны и единства всех групп населения, и после ее падения в 1976 году этот флаг был восстановлен в качестве государственного в прежних цветах и пропорциях. На национальном флаге, в отличие от государственного, белый прямоугольник и герб во все периоды отсутствовали.
Герб Гаити в XIX веке многократно менялся. Частые перевороты и гражданские войны, смены форм правления и расколы страны оставили после себя самые разные эмблемы. В их числе — республиканский ликторский пучок с фригийским колпаком свободы, монархическая птица феникс с короной и крестами, местный пейзаж с восходящим солнцем и множеством звезд и другие. Гербом королевства Гаити во втором десятилетии XIX века был поддерживаемый двумя львами щит с возрождающимся из пепла фениксом, а гербом второй империи в середине века был орел над пальмой и скрещенными орудийными стволами.