Этого, конечно, было мало, требовалось создать систему подготовки людей иного мировоззрения, строителей нового мира. И добиться этого можно было, только взяв в свои руки преподавание общественных и гуманитарных дисциплин. Началась реорганизация университета, коснувшаяся в первую очередь юридического факультета. Он был попросту упразднен, а на его базе создали факультет общественных наук, в который со временем влился и историко-филологический факультет. Наркомпрос стал требовать включения в список преподавателей университета своих назначенцев, среди которых было немало деятелей коммунистической партии, вдруг получивших звания профессоров. В основном это касалось факультета общественных наук, откуда пришлось уйти значительной части старой профессуры. О том, насколько острыми порой бывали столкновения при формировании этого факультета, свидетельствует эпизод с попыткой включения в число его будущих преподавателей Н. Бухарина. Профессор С.Н. Покровский, бывший тогда деканом юридического факультета, заявил: «Я не знаю такого экономиста, прошу назвать его ученые труды». Приказом Наркомпроса в состав Правления университета включались представители коммунистического студенчества, канцелярских служащих, обслуживающего персонала. В сентябре 1920 года состоялись окончательные похороны университетской автономии, когда постановлением Наркомата просвещения был распущен Совет университета, а высшим органом учебного заведения стал Временный президиум, подчинявшийся научному сектору наркомата. В Президиум помимо представителей профессуры и студенчества вошли не имевшие никакого отношения к университету партийные и советские чиновники. С этого момента университет перешел под контроль партийной организации. Председателем Президиума стал коммунист Д.П. Боголепов, которого вскоре сменил профессор-коммунист В.П. Волгин. С 1921 года в учебные планы вводились такие обязательные дисциплины: исторический материализм, пролетарская революция, развитие общественных форм.
Высокий уровень преподавания в Московском университете в эти трудные годы сохранялся только благодаря чувству долга старой профессуры. Многие из университетских преподавателей не приняли новых порядков и покинули Россию. Для тех же, кто остался, мотивы сотрудничества с властью были различны. Кто-то искренне приветствовал Октябрьскую революцию, кто-то подчинился страху, для кого-то важнее была возможность сохранить дело всей своей жизни, кого-то удалось соблазнить посулами материального благополучия. Положение университетской профессуры было тогда необычайно тяжелым – зарплаты хватало только на хлеб, из-за отсутствия отопления лекции порой читали при –10°С, ученые с мировым именем в Ботаническом саду выкапывали корни одуванчика, чтобы приготовить цикорий, не доставало лекарств, теплой одежды. Все это усугублялось регулярными обысками в квартирах профессоров, арестами. Только за 1919/20 учебный год умерли 12 профессоров МГУ. Из воспоминаний М.М. Новикова: «Я помню, как А.Н. Сабанин, один из… основателей почвоведения, ослабевший от недоедания, поскользнулся на улице, упал, был принесен к себе на квартиру и скоро скончался от повреждений…
Однажды меня известили о смерти профессора физиологии, любимца студенческой молодежи, Л.З. Мороховца, и я нашел его тело лежащим на ящиках, в сарае на задворках… Жалкую картину представляли похороны этих заслуженных работников науки. На простой, громыхающей телеге отвозился скромный гроб на кладбище». Находящиеся на грани отчаяния профессора попытались в середине января 1922 года устроить забастовку. Властям вскоре удалось уговорить преподавателей вернуться к занятиям со студентами, пообещав повысить зарплату, что действительно было сделано. Но вслед за этим последовали аресты и высылка из советской России профессоров МГУ. Из статьи В.В. Стратонова: «В последний день сентября 1922 г. германский пароход „Обербюргермейстер Гакен“ увозил из Петрограда в Штеттин… группу высланных из Москвы вместе с их семьями. Из профессоров собственно Московского университета были высланы: А.Л. Байков, Н.А. Бердяев, И.А. Ильин, А.А. Кизиветтер, М.М. Новиков, С.Л. Франк, В.В. Стратонов».