Самые трудные дни войны миновали. Университет, эвакуированный в Ашхабад, находился в крайне стесненном положении, что не могло не сказаться на качестве учебного процесса. Было принято решение о перемещении МГУ из Ашхабада в Свердловск, где условия для продолжения занятий и научной работы считались более благоприятными. В августе 1942 года университет закончил переезд в Свердловск, разместившись на базе Уральского индустриального института. Новый учебный год начался с опозданием – 15 октября, поскольку большая часть студентов занималась разгрузкой эшелонов с прибывающим научным оборудованием. К этому моменту были пересмотрены учебные планы, в которых большое внимание уделялось физической и военной подготовке студентов, срок обучения в университете увеличился до 4, а на некоторых факультетах до 5 лет. Многие из студентов и преподавателей жили тогда впроголодь, ютились по чужим углам, часто болели, что становилось причиной ухода из университета. Из-за неуспеваемости в конце 1942/43 учебного года были отчислены очень многие первокурсники – в тот год в университет принимали без вступительных экзаменов и начальная подготовка новоиспеченных студентов оказалась слишком низкой.
В Москве постепенно восстанавливались разрушенные и поврежденные во время бомбежек университетские здания (вторая фугасная бомба, упавшая в феврале 1942 года во двор МГУ, нанесла значительный урон лабораториям), увеличивалось количество студентов. Очевидные успехи Красной Армии на фронте заставили поторопиться с возвращением многих предприятий из эвакуации. Настала пора закончить свои скитания и Московскому университету. В июне 1943 года в старые здания на Моховой вернулись все, кто учился и работал в МГУ.
Прошло еще долгих 2 года войны, за время которых МГУ, несмотря на многочисленные трудности, рос и развивался столь быстро, что уже в 1945 году был поставлен вопрос о необходимости строительства целого комплекса новых университетских зданий, которые отвечали бы всем потребностям одного из крупнейших образовательных и научных центров. В сентябре 1945 года в аудитории МГУ пришли почти 8 000 студентов, из них 1 800 – первокурсники, среди которых 1 300 были зачислены в университет без вступительных экзаменов – вернувшиеся с фронта отличники прошлых лет и золотые и серебряные медалисты, окончившие школу в год Победы. Все факультеты были переведены на 5-летний срок обучения, их число достигло 11 (к существовавшим 10 добавился юридический факультет). В 1945 году к научной работе и занятиям со студентами приступили 19 академиков, 318 профессоров и 264 доцента.
…На высоком правом берегу излучины Москвы-реки, что у Воробьевского шоссе, располагалось капустное поле. Неподалеку начинались кривые переулки села Воробьева, деревянные домишки которого стояли в окружении огородов да пустырей. С некоторых пор к капустным грядкам зачастили какие-то важные люди – приезжали на больших черных машинах, долго что-то рассматривали вокруг, спорили, размахивая руками, а потом садились в свои сияющие черной краской автомобили, которые стремительно уносили куда-то своих загадочных пассажиров. Вскоре на месте патриархального сельского пейзажа развернулась грандиозная стройка – началось возведение новых зданий МГУ.
Университетский квартал на Моховой уже не мог вместить всех своих обитателей. Расширился объем научной и педагогической работы, не хватало места для лабораторий, проведения лекций, старые здания обветшали, все коммуникации требовали капитального ремонта, негде было разместить увеличившиеся фонды научной библиотеки, новое оборудование. Администрация МГУ не раз обращалась в правительство с просьбой кардинально решить проблемы университета. В начале 1948 года ректор МГУ академик А.Н. Несмеянов собрал руководство университета и сообщил: «Я был у товарища Сталина. Он согласен, что по существу надо строить новый университет. С оборудованием и общежитиями. Вы знаете, что недавно было постановление о строительстве высотных зданий в Москве. Одновременно с ними строить и новые здания университета правительство считает невозможным. Это слишком дорого стоит. Поэтому предлагается на наше усмотрение или выбрать любое высотное здание из числа спроектированных и рядом с ним построить дополнительные корпуса, если в этом возникнет потребность, или подождать, когда будут построены высотные здания и после этого приступить к строительству нового университетского городка».