В ходе проведенных археологических работ удалось восстановить планировку некрополя монастыря, основные этапы расширения его территории. В некрополе оказалось более 600 захоронений, погребения в деревянных долбленных колодах были расположены в четыре яруса. При расчистке захоронений сделаны редчайшие находки: нательные резные деревянные кресты и керамические, стеклянные, металлические сосуды — слезницы для благовонного миро. Найдены и уникальные ткани, шитые шелками, причем, благодаря особенностям грунта, отличающегося особой кислотностью, они сохранили первозданный цвет. В работах по исследованию некрополя участвовали антропологи, судебные эксперты, лучшие реставраторы России. Исследования проводились при поддержке правительства Москвы и большом внимании мэра города Ю. М. Лужкова.
А по завершении раскопок останки были эксгумированы и перезахоронены в ближнем Подмосковье — по согласованию с Московской патриархией погребение совершено в специально сооруженном склепе на ближнем подмосковном кладбище в Ракитках, по древнему обряду, с отпеванием, которое совершил настоятель Казанского собора на Красной площади отец Аркадий Станко.
Свыше ста архитектурных сооружений выявлено при археологических работах в котловане, но главное открытие — комплекс белокаменного Воскресенского моста XVI века. Мост этот изображен на многих планах города — с высокой аркадой по сторонам парапетов. На «Сигизмундовом плане» 1610 года он опирается на семь каменных арок. Облик сооружения, одного из чудес зодчества Москвы, в разное время менялся, а когда после Отечественной войны 1812 года река Неглинная была убрана в «трубу», мост частью разобрали, но устои остались в земле. В дальнейшем не однажды прокладывали тут в разных направлениях инженерные коммуникации; оказалось, однако, что кладки выдержали испытание временем.
Сначала под верхним балластом были открыты белокаменные кладки устоев моста, сооруженного по проекту архитектора Петра Гейдена в 1741 году. А далее в ходе раскопок выяснилось, что котлован этого относительно позднего сооружения впущен в насыпь ранней плотины, в конструкции прослеживались соединенные в шахматном порядке деревянные клети. Системы их перекрывали мостовую из широких плах. Именно она археологически интерпретирована как Тверская царская дорога XVI — XVII веков, по которой из Белого города въезжали на Воскресенский мост, а затем через Воскресенские же ворота — на Красную площадь. И вот здесь, в нижнем горизонте, было открыто белокаменное основание шестидесятисаженной протяженности моста 1603 года, признанной достопримечательности древней Москвы. Возрождение Воскресенского моста, показ его «в натуре» после консервации и музеефикации, новая археологическая экспозиция в комплексе подземного пространства Манежной площади — все это позволяет нам, потомкам древних строителей, представить живую связь времен в историческом ядре Москвы. Впервые в столице создан подземный Археологический музей (филиал Музея истории Москвы).
Но какая же археологическая экспозиция может обойтись без кладов? Чрезвычайный интерес в музее на Манежной вызовут подлинные древние клады, обнаруженные в исторических недрах столицы.
Археологические исследования принесли в последние годы много находок, ценнейших и для истории города, и для истории искусства, и для нумизматики. Таковы монетные клады. На Большой Никитской улице обнаружили клад времен Ивана Грозного, в котором было много монет, чеканенных в Новгороде Великом, и это объясняется тем, что именно здесь размещалась Новгородская слобода. В Замоскворечье, на торговой Пятницкой, найден клад «Смутного времени». В нем — уникальные золотые монеты Василия Шуйского. Большой научный интерес представляет клад из недр Солянки с монетами удельных княжеств.
Но главной сенсацией московской археологии стал клад серебряных монет и великолепных сосудов, обнаруженных при раскопках на Старом Гостином дворе, который расположен близ Кремля и Красной площади и сооружен по проекту знаменитого Джакомо Кваренги московскими зодчими С. Кариным и М. Селеховым на рубеже XVIII — XIX веков.
Кладовый комплекс Старого Гостиного двора включал: 16 серебряных сосудов, 335 западноевропейских монет и 95429 русских монет — «чешуек», относящихся ко времени от Ивана IV до царя Михаила Федоровича, первого из династии Романовых.
Гостиные дворы, как свидетельствуют летописи, ставились тут со времен великого князя Ивана III.
В результате многовекового освоения территории здесь отложились горизонты культурного слоя, достигающего мощности 10 метров. Охранные работы Центра археологических исследований, которые ведутся на Гостином дворе третий год, от начала его реконструкции, дали результаты исключительного научного значения.