Впрочем, многое заказывалось и за рубежом — особенно препараты тропических животных. «Будьте столь любезны выслать парочку засоленных гиен!», «Какова теперь пометровая стоимость питонов и акул? Телеграфируйте!» — такие тексты летели из Москвы в разные концы мира. Иногда производители сами предлагали товар: «Имеются прекрасные сумчатые волки, крысы и куницы, но особенно рекомендуем квашеных морских слонов и замороженного бегемота!» Закупочные расходы многократно превышали средства, которые могли выделить на эти цели курсы, и большинство экспонатов приобреталось на собственные деньги небедного Котса.
С 1908 года к работе над экспозицией подключился Василий Ватагин — недавний выпускник естественно-математического факультета Московского университета и одновременно ученик известного художника Константина Юона. Зоологу-живописцу предстояло «досказать холстом и кистью» то, что невозможно было представить в виде подлинных препаратов. Василий Алексеевич проработал на музей более 40 лет, став главой отечественной школы анималистов.
Федулова и Ватагина Котс впоследствии называл сооснователями музея. Этим же титулом он отметил еще одного человека: курсистку Надю Ладыгину, которая в 1911 году стала его женой, а позднее — известным зоопсихологом, одним из первых попытавшимся «научить» детеныша шимпанзе человеческой речи. Впрочем, это совершенно отдельная история. А тогда, в первые годы существования музея, профессор просто нашел в Наде тот же интерес к знанию и просвещению, которым отличался сам.
В 1913-м, когда собрание, по мнению его создателя, уже в полной мере заслуживало общественной демонстрации (к этому времени оно насчитывало несколько тысяч экспонатов и оценивалось в 15 тысяч рублей), Александр Федорович официально подарил его Высшим женским курсам — они как раз переехали на Девичье поле и располагали теперь достойным помещением. Подарок сопровождался двумя непременными условиями: пожизненное директорство Котса (без оплаты) и ставка для препаратора. Последняя предназначалась специально для Филиппа Федулова, который после смерти Лоренца окончательно перешел на работу в музей.
Национализацию своего детища в 1918 году профессор встретил без неприязни и даже с радостью: новая власть не только не препятствовала его деятельности, но и открывала новые возможности. Музей был обособлен от курсов и стал самостоятельным учреждением со штатным расписанием и государственным финансированием. Котс с энтузиазмом читал лекции красноармейцам, преподавал одновременно в нескольких вузах (а в 1912—1923 годах он был и директором Московского зоопарка), ставил эксперименты и пополнял коллекции. О соленых гиенах и квашеных морских слонах пришлось, конечно, забыть, как и о длительных поездках за границу. Зато музей пополнился национализированным имуществом известного московского коннозаводчика и натуралиста-любителя Алексея Хомякова: обширной коллекцией птиц и насекомых, а также ценнейшей библиотекой.
Как и во всех музеях, здесь высоко ценят подлинность экспоната, но при необходимости используют и слепки
Куда более регулярный и соответствующий замыслу музея источник его пополнения открылся с централизацией мехового промысла. Среди огромного количества сырья, поступавшего ежегодно на склады «Союззаготпушнины», всегда попадалось некоторое количество шкурок с нетипичной окраской. С точки зрения скорняков, они имели немногим большую ценность, чем обрезки: как бы ни был красив и необычен мех, из одной лисы или белки ничего не сошьешь, а в следующий раз зверь такого «цвета» попадется лет через десять. Поэтому Котсу довольно легко удалось договориться с руководителями производственного гиганта, чтобы такие шкурки по символической цене продавались музею. Результатом этой договоренности, действовавшей десятилетиями, стала уникальная по богатству коллекция «разноцветных» пушных зверей: тут и черная, белая, дымчатая рыси, и белые, медово-желтые, «голубые», бежевые, пегие соболя и множество других необычных животных, видовую принадлежность которых не сразу определит даже зоолог. В витринах они выстраивались в четкие «гомологические ряды Николая Вавилова», демонстрируя строгую закономерность в том, что по отдельности кажется «ошибкой природы».
Но времена менялись, и первооткрыватель закона гомологической изменчивости вскоре стал жертвой идеологизации науки. А музей, можно сказать, преодолел тяжелые годы с минимальными потерями: никто из четверки его основателей не попал в мясорубку террора, не погиб потом под бомбежками Великой Отечественной, не был уволен с волчьим билетом при лысенковских чистках. Но и им пришлось пережить гибель друзей, разгром отечественной биологии, торжество воинствующего невежества.
Александр Котс оставался директором музея до самой своей смерти в 1964 году. Тогда же, буквально в течение нескольких лет, ушли из жизни все соратники: Федулов — в 1961-м, Надежда Николаевна — в 1963-м, Ватагин — в 1969-м.