Для Колчака, привыкшего всякую, даже не имевшую к нему прямого отношения неудачу воспринимать как личную, это было очень нелегкое время. От лейтенанта, служившего в Порт-Артуре сначала на крейсере «Аскольд», затем командовавшего небольшим и не слишком современным миноносцем «Сердитый», а в конце осады переведенного на берег руководить артиллерийской батареей, конечно, мало что зависело. Неудивительно, что, по свидетельству очевидца, Колчак все время пребывал в мрачном настроении. Старался сделать все, что было в его силах. Несмотря на болезнь и ранение, он оставался в строю вплоть до сдачи крепости, после чего попал в госпиталь. А потом только в июне 1905-го вернулся из японского плена в Петербург.
Больше полугода ушло на то, чтобы прийти в себя и наконец разобрать отложенные на время войны материалы полярной экспедиции. В стране шла революция. Еще одним ударом по престижу флота стало восстание на броненосце «Потемкин». В ноябре взбунтовалась уже добрая половина черноморских матросов. В этой обстановке несколько молодых младших офицеров создали «Петербургский военноморской кружок». Именно им принадлежал почин — сформулировать принципы военноморских реформ. Заручившись поддержкой на самом «верху», у императора, Колчак и его единомышленники сумели добиться создания Морского генерального штаба, которому предстояло заниматься стратегическим планированием. Александр Васильевич стал его деятельным сотрудником.
«Рассерженная молодежь» дала восстановлению флота очень серьезный импульс. В Морском Генеральном штабе Колчак доказал себе и окружающим, что способен и решать самые сложные интеллектуальные задачи, и быть настойчивым в отстаивании своих идей. «Его сухое, с резкими чертами лицо дышало энергией, — вспоминал депутат III Думы Никанор Савич, — его громкий мужественный голос, манера говорить, держаться, вся внешность — выявляли… волю, настойчивость в достижении, умение распоряжаться, приказывать, вести за собой других, брать на себя ответственность».
Недостатки — всегда оборотная сторона достоинств. Порывистому и горячему Колчаку явно не хватало терпения, готовности к компромиссам, способности к «обходным маневрам». Собственно, он никогда и не считал себя политиком, предпочитая воинское достоинство. Сталкиваясь с инертной и анонимной бюрократической машиной, с сопротивлением не открытым, а глухим, он нередко терял терпение и выходил из себя. Бросаться на врага с открытым забралом, встречать трудности лицом к лицу — этим принципам Колчак остался верен до конца.
В борьбе с бюрократией победитель всегда известен заранее. Устав от нее, в 1909—1910 годах Александр Васильевич вернулся к полярным исследованиям, а в 1912-м принял приглашение командующего Балтийским флотом адмирала Николая фон Эссена служить под его началом. Из столицы пришлось переехать, а между тем еще в 1910-м в его семье появился первенец — сын Ростислав. Отношения супругов стали непростыми: чрезмерная, как казалось Софье Федоровне, увлеченность мужа делом, готовность ради него в любой момент ехать на край света вызывали у нее немалое внутреннее сопротивление.
Начало мировой войны не стало для Колчака сюрпризом: к ней готовились, ради будущей победы он сам работал много лет. Правда, Балтийский флот по-прежнему рассматривался Ставкой как сугубо вспомогательная сила, призванная прикрывать Петербург и побережье. Сухопутное командование не верило во флот. И все же 1914—1916 годы не были похожи на тяжкое порт-артурское «сидение»: многое удавалось, да и сам Александр Васильевич стал другим. Возглавив дивизию миноносцев, самого активного и подвижного тогда типа кораблей, контр-адмирал Колчак явно оказался на своем месте. За одну из операций он получил высшую боевую награду империи — Георгиевский крест.