Тогда разработчики снова «обратили взор к небесам». Но не на звезды, а на спутники. Собственно, без спутниковой разведки, связи, спутниковых карт местности применение КР в любом случае было бы затруднительно. Но первый опыт боевого применения ускорил реализацию программы, разработанной еще в 1980-е годы. Речь шла о коррекции траектории по сигналам космической радионавигационной системы NAVSTAR (GPS), позволяющей с высокой точностью определять координаты и скорость движения объекта. На «Томахоук» начали ставить приемники GPS, сопрягая их с имеющейся системой наведения. Выбор траекторий упростился, сократилось электромагнитное излучение ракеты на основной части траектории, всепогодность сохранялась, а нанесение высокоточного удара стало возможно в любой точке земного шара. Одновременно совершенствовали боевые части. На «Томахоук», например, унитарную боевую часть облегчили, сделали прочнее и ввели замедление подрыва — для поражения заглубленных объектов, защищенных толщей бетона. Ставили также боевые части, наводящиеся на радиоизлучение цели.
Но когда в сентябре 1996 года по различным объектам Ирака выпустили 44 КР воздушного и морского базирования, точность ударов оказалась невысокой. Из 16 выпущенных AGM-86С в цели попало только 5 — результат не назовешь впечатляющим. На AGM-86С также начали ставить приемники GPS. Модификация AGM-86D получила проникающую боевую часть и дальность пуска до 1 320 км. Для большей глубины проникновения ракете придали способность пикировать на цель практически вертикально.
Модернизированные КР нашли применение в операции «Лиса пустыни» (Desert Fox) в декабре 1998 года. Предварительно была создана плотная группировка космических средств различного назначения, по информации с разведывательных спутников результаты ударов оценивали в реальном масштабе времени. Примерно по 100 военным и гражданским объектам Ирака запустили 415 ракет, причем часть из них (впервые) с бомбардировщиков В-1В. Доля крылатых ракет в авиационно-ракетных ударах возросла до 72%. Достичь этого позволило как совершенствование «навигационного обеспечения» самих ракет, так и наличие единой системы планирования полетных программ. Не поразили назначенные цели якобы лишь 13 ракет. Остальные же «влетали» не только в военные и промышленные объекты, но и в жилые дома, школы и т. п.