На фоне весьма интенсивной и плодотворной работы экспедиции вырастает, однако, один факт из личных взаимоотношений ее участников, который, без сомнения, сильно снизил эффективность работ 1900—1901 годов. Из оставшихся после экспедиции кратких отчетных сводок самого Толля трудно установить, что, собственно, произошло между ним и капитаном «Зари» лейтенантом Коломейцевым, но последний вынужден был сдать командование судном своему старшему помощнику Матисену и, в самый разгар экспедиционных работ, покинуть судно.
Официально Толль мотивировал уход Коломейцева необходимостью командировать его на юг для закупки угля и устройства угольных баз для «Зари». С этим объяснением можно было бы согласиться, если бы на юг выехал любой член экспедиции, но только не командир корабля. То упорство, с каким Толль «откомандировывал» именно Коломейцева, свидетельствует о происшедшей между ними размолвке, о причинах которой можно только строить догадки. Мне лично кажется, что на «Заре» столкнулись два больших «авторитета» — начальника экспедиции и командира корабля. Оба носителя этих званий были далеко не заурядными людьми, но им нехватало еще одного только качества — умения понимать друг друга. Это непонимание, повидимому, и решило судьбу Коломейцева. Его отчет о работе и путешествии с места зимовки «Зари» в Дудинку характеризует Коломейцева как человека сильной воли и преданности своему долгу. Несмотря на безусловно тяжелое моральное состояние, Коломейцев блестяще справился с поставленной перед ним Толлем задачей и создал для «Зари» угольную базу, воспользоваться которой, однако, кораблю не пришлось. Отчет Коломейцева интересен еще и тем, что ярко рисует обстановку и средства, с которыми экспедиции приходилось проводить свои полевые работы.