Построенная в петровские времена, Преображенская церковь, тем не менее, теснейшим образом связана с допетровскими традициями древнерусского деревянного зодчества. В построении основных элементов церкви видны очень старые плотницкие традиции. Здания с подобной композицией – восьмигранник с четырьмя прямоугольными прирубами – строились на Руси с глубокой древности и назывались «круглыми о двадцати стенах». А многоглавые завершения были известны русским зодчим еще во времена Ярослава Мудрого. И неверно встречающееся иногда в популярной литературе утверждение, будто Кижи не имели аналогов в русском деревянном зодчестве. За пять лет до постройки Преображенской церкви, в 1708 году, в селе Анхимове близ города Вытегры был построен 24-главый храм Покрова Богородицы, силуэт которого практически повторен мастерами-строителями Кижского храма. «Не подчиняясь никаким символам и руководствуясь, по-видимому, лишь одной идеей создать храм Божий, необыкновенный по своему величию и виду, в котором главы отмечают только святость места, строители создали два из ряда вон выходящих памятника народного искусства – храм в Вытегорском посаде и храм в Кижах. Оба они построены в начале XVIII века и в сущности тождественны по приему», – писал академик И. Э. Грабарь. Внешнее сходство, обилие общих мотивов и элементов, географическая близость двух памятников дали основание считать, что обе церкви были построены одними и теми мастерами, которые умело использовали великие традиции древнерусского зодчества. Начатое многоглавой деревянной Софией Киевской, многоглавой деревянной Софией Новгородской, древнерусское зодчество завершается волшебно-сказочным многоглавием Кижской и Анхимовской церквей.
Зодчий, создавший храм, был неподражаемым творцом форм и мотивов. Центральный объем храма образован тремя восьмериками убывающих размеров. Двадцать две крытые лемехом главы церкви ярусами уносятся в поднебесье, создавая незабываемый и уникальный, ни на что не похожий силуэт. На чешуйчатых куполах, на выступах причудливо изогнутых кровель, на ажурных крестах играют яркие пятна света и глубокие тени. Каждая деталь храма кажется вылепленной искусным ваятелем.
Размеры глав варьируются в разных ярусах – во втором ярусе главы чуть меньше, чем в первом, в третьем – больше, чем в первом и втором, а в четвертом главки самые маленькие. Над ними – крупная, примерно в три раза больше, центральная глава, увенчивающая все сооружение.
В 1970-е годы, в период поверхностных восторгов по поводу русского деревянного зодчества, в одночасье ставшего «модным», распространилось и прочно засело в головах убеждение, что церковь в Кижах якобы построена «без единого гвоздя». Неизвестно, кто придумал этот миф. На самом деле в строительстве Преображенской церкви в изобилии использованы кованые железные гвозди – ими крепились фронтонные доски-причелины.
Торжественность внутренних помещений храма соответствует величию его внутреннего облика. Огромные, залитые светом притворы, просторное помещение главного храма, широкие лавки вдоль стен напоминают о том, что Преображенский храм был центром большой округи, что здесь собиралось множество народу. Ни ярких фресок, ни затейливой резьбы, ни цветных изразцов в интерьере храма нет. Вместо них – мощные бревенчатые стены, широкие доски половиц, массивные дверные косяки.
Как и в большинстве северных церквей, главным украшением Преображенской церкви были иконостас и «небо» – роспись потолка. Но первоначальное убранство храма погибло в годы Великой Отечественной войны.
Иконостас Преображенской церкви выполнен в середине XVIII века. Покрытый сложным резным орнаментом в виде виноградных лоз, он выполнен с большим техническим мастерством. От раннего убранства храма сохранились лишь несколько икон нижнего ряда – «Зосима и Савватий Соловецкие», «Чудо Георгия о змие», «Преображение Господне».
Вторая церковь Кижского погоста, Покровская, меньше и проще Преображенской. На кубический основной объем церкви поставлен восьмигранник, увенчанный девятью главами. Сооружений такого типа на Севере много, как в Карелии, так и в других областях. Покровскую церковь отличают легкость и стройные, удлиненные пропорции. Стоящие по кругу главы образуют нарядную ажурную корону, венчающую здание.
Первоначальный иконостас Покровской церкви утрачен. Существующий иконостас при реставрации в 1956–1959 годах был собран из старинных заонежских икон XVII – начала XVIII века, в основном собранных в заонежской деревне Тамбица.
Колокольня – самое позднее сооружение кижского ансамбля. Она построена во второй половине XIX столетия, и на ней не мог не отразиться тот упадок, который переживало в ту пору русское деревянное зодчество. При желании можно найти в ней множество внутренних несоответствий и неудач, но главное – это то, что мастерам удалось удивительно точно «вписать» колокольню в старинный ансамбль. Даже в это позднее время русские плотники не потеряли чувства общей меры.