К мнению Фрунзе стали внимательно прислушиваться в РВС. Ленин лично одобрил его план разделения огромного Восточного фронта на два и доверил ему сложный туркестанский участок. Здесь командарму, помимо агитационного и боевого опыта, пригодилось знание местных обычаев. Фрунзе только очень переживал, чтобы его звучная фамилия не привлекла внимание белогвардейцев к матери и сестрам. Но родных красного полководца надежно укрывали в Верном друзья из местного населения. Атаман Анненков напрасно искал ценных заложников. А вскоре южной группировке Колчака стало не до поисков.
13 сентября 1919 г. после наступления 1-й армии Туркестан для белогвардейцев был потерян. К. Е. Ворошилов, оценивая проведенную Фрунзе операцию, писал: «Им задуманная, а затем блестяще проведенная операция воссоединения отрезанной и задыхающейся в тисках вражеского окружения небольшой революционной армии Туркестана с победоносными частями Восточного фронта только подтвердила и окончательно упрочила за Михаилом Васильевичем репутацию и славу подлинного полководца…»
Почти вся территория Туркестана (Узбекистан, Туркмения, Киргизия и часть Казахстана) контролировалась неуловимыми бандами басмачей. Проявляя незаурядные дипломатические качества, командарм часто мирным путем добивался от банд отказа от вооруженной борьбы. Даже Мадамин-бек, отличавшийся особым могуществом, привел в распоряжение Фрунзе свою конницу и подписал договор о подчинении Красной армии. Все злостные группировки басмачей были уничтожены или изгнаны за пределы Туркестана. Костью в горле молодой республики оставался Бухарский эмират. В тюрьмах эмира Сеид-Алима томилось мирное население близлежащей Ферганы. В августе 1920 г. вспыхнуло вооруженное восстание против эмира. 10-тысячное войско Красной армии пришло на помощь восставшим и разгромило 50-тысячную группировку Сеид-Алима.
В Туркестане люди привыкали к мирной жизни. Михаил Васильевич принял активное участие в становлении Бухарской народной республики. А еще он учился быть отцом. В 1920 г. в Ташкенте у него родилась дочь. Это была долгожданная радость в его небольшой, но дружной семье. Со своей женой Софьей Алексеевной Колтановской, приемной дочерью старого большевика, Фрунзе познакомился еще в Чите. Она последовала за ним в Минск, Шую, Иваново-Вознесенск, сопровождала по всем фронтовым дорогам, деля все трудности и опасности. Пополнению семьи командарма искренне радовались боевые соратники, наперебой придумывая экзотические имена крохе. Но Михаил Васильевич назвал дочь Татьяной в честь знаменитой пушкинской героини и в память о стипендии от «шефа-опекуна».
Мирная передышка для Фрунзе была недолгой. Воспользовавшись наступлением польской армии Пилсудского, захватившей Правобережную Украину, на просторах Северной Таврии поднял голову Врангель. Соединиться с польскими войсками он не смог: Тухачевский громил и гнал армии Пилсудского к Варшаве. Но «черный барон» захватил инициативу на юге и стремительно двигался к Запорожью и Харькову с дальним прицелом – на Москву. Совет обороны 27 сентября 1920 г. перебросил Фрунзе на этот опасный участок. Перед ним стояла задача освободить Таврию и Крым до наступления холодов, так как пережить еще одну зимнюю кампанию молодой стране Советов было не под силу. В результате тяжелейших боев Красная армия остановила наступление в районе Каховки и к 31 октября изгнала врангелевцев из Таврии. «Наши части, – вспоминал барон, – понесли жестокие потери убитыми, ранеными, обмороженными. Значительное число было оставлено пленными…» Однако войскам Фрунзе не удалось на плечах отступающего неприятеля ворваться в Крым. Противник надежно укрепился.
«Перекопский и Чонгарский перешеек и соединяющий их южный берег Сиваша представляли собой общую сеть заблаговременно возведенных укрепленных позиций, усиленных естественными и искусственными препятствиями», – писал Фрунзе. Знаменитый Турецкий вал на Перекопе (длина 11 км, высота 10 м, глубина рва 10 м) сменялся сильно укрепленными Ишуньскими позициями. И хотя советские войска имели пятикратное численное превосходство, прорвать глубоко эшелонированную оборону, где один вооруженный человек стоил десяти нападающих, казалось практически невозможным.
Фрунзе вынужден был изменить первоначальный план. Штурм на Чонгарском направлении оказался нереальным, так как Азовская военная флотилия из-за рано установившегося льда не смогла оказать поддержку. Командующему пришлось решиться на одновременную атаку двух укрепленных районов: лобовое наступление на Турецкий вал и форсирование Сиваша со стороны Литовского полуострова с заходом в тыл противника. В ночь на 8 ноября 1920 г. при сильном ветре в 12-градусный мороз красноармейцы по грудь в ледяной воде совершили восьмикилометровый переход, прорвали оборону белогвардейцев и двинулись с тыла к Ишуньским позициям.