Не симпатизируя нацизму, он тем не менее уважал Гитлера за быстроту ума, цепкую память и энергию, но недолюбливал за безмерное самомнение, критиковал за нежелание идти на риск в нужный момент, за непонимание многого в военных вопросах. У Гитлера, неприязненно относящегося к Фричу, их дружба с Манштейном вызывала подозрение. Поэтому когда в 1936 г. Фрича убрали с поста главкома, то со своими постами расстался и Манштейн. Его направили в Силезию командовать 18-й дивизией. В 1938 г., перед вторжением в Чехословакию, он находился на посту начальника штаба армии фон Лееба, а в следующем – перед польской кампанией – был назначен начальником штаба группы армий «Юг» фон Рундштедта. Они быстро нашли общий язык и великолепно дополняли друг друга в разработке тактических и стратегических вопросов. Зачастую командующий защищал своего начальника штаба при стычках с берлинским начальством. Так случилось в сентябре 1939 г., когда Гитлер на совещании объявил о намерении напасть на Францию через нейтральные страны – Голландию, Бельгию и Люксембург. План кампании, составленный главкомом сухопутных войск фон Браухичем и начальником генштаба Гальдером, являлся повторением плана Шлиффена от 1914 г. Манштейн выступил против этого, считая, что надо вынудить англичан и французов первыми нарушить нейтралитет Голландии, Бельгии и Люксембурга. Он предложил свой план, основанный на применении глубоких охватывающих ударов, который поддержали Гудериан и фон Рундштедт. И Гитлер согласился. С небольшими изменениями план Манштейна был принят, что дало ошеломляющий результат в блицкриге в мае-июне 1940 г. Но успех Манштейна имел и оборотную сторону: его самого назначили командиром 38-го корпуса, которому в этой кампании отводилась лишь вспомогательная роль.
В момент нападения Германии на СССР в июне 1941 г. Манштейн командовал 56-м танковым корпусом, наступавшим из Восточной Пруссии. Его корпус в первые же дни войны вырвался вперед, опережая другие части 4-й танковой группы генерала Хёппнера на 80—120 км. Это заставляло Хёппнера, опасавшегося фланговых ударов противника, постоянно сдерживать Манштейна. Вскоре началось наступление на Ленинград. 56-й корпус двигался через леса и болота. В июле он попал в окружение, но Манштейну удалось вывести его из критической ситуации. Ленинград с ходу взять не удалось. Тогда Манштейн вновь стал критиковать Верховное командование, предлагая все силы бросить на взятие Москвы. После этого его самого в сентябре 1941 г. срочно перевели на другой край фронта – в группу «Юг» Рундштедта, командующим 11-й армией. В ее состав входили два немецких корпуса и румынская армия. Целью его армии было взятие Крыма. После ожесточенных боев немцы через Перекопский перешеек ворвались в Крым.
После этого 11-я армия стала проводить очистку захваченной территории от войск противника. Эти действия в 1949 г. стали предметом разбирательства Британского военного суда. Вопрос стоял об обращении с советскими военнопленными и о деятельности эйнзацкоманд, занимавшихся на основании приказа Гитлера уничтожением евреев. Хотя в ходе разбирательства с Манштейна сняли обвинение в причастности к нарушению Женевской конвенции о допустимых нормах ведения войны, но признали виновным в использовании русских военнопленных для строительства фортификационных сооружений и очистки минных полей, в попустительстве депортации гражданского населения на работы в Германию и непринятии мер для пресечения беспорядков в зоне его командования.
Весной 1942 г., отразив контрудар Красной армии на Керченском полуострове, Манштейн сосредоточил усилия на взятии Севастополя. Сюда было стянуто большое количество тяжелой артиллерии, включая 600-мм мортиру «Карл» и 800-мм пушку «Дора». 4 июля Севастополь пал. Вскоре Манштейн был произведен в фельдмаршалы.
С августа по ноябрь 1942 г. полководец руководил боевыми действиями под Ленинградом. Здесь его застало известие о гибели сына, который воевал в соседней армии. В ноябре резко обострилась обстановка на южном фланге Восточного фронта. В окружение попали 6-я полевая армия Паулюса и 4-я танковая – Гота. Манштейну поручили создать группу армий «Дон», чтобы пробиться к армии Паулюса. Вот здесь и разгорелся спор между Гитлером и Манштейном по поводу целей этой операции. Фюрер даже слушать не хотел об оставлении Сталинграда, а фельдмаршал считал, что 6-я армия должна уйти и прорываться навстречу группе «Дон», чтобы ее в дальнейшем можно было использовать на других направлениях. Ведь если этого не сделать, могут быть отрезаны немецкие войска на Северном Кавказе и в Крыму. Манштейн отдал Паулюсу приказ прорываться навстречу группе «Дон», но тот, ссылаясь на решение Гитлера, отказался это сделать. В январе 1943 г. Манштейн предложил фюреру отвести войска группы армий «А» с Кавказа и часть их перебросить под Сталинград. Он докладывал, что если ему не будут даны резервы, может случиться катастрофа. И вновь получил отказ Гитлера. Столкновения между ними по поводу стратегии не прекращались вплоть до отставки Манштейна в марте 1944 г.