Уехав с Кипра, Брут посетил Афины, где усердно изучал труды греческих философов. Затем он занял пост квестора в римской провинции Киликия (Малая Азия), Его состояние к этому времени еще более возросло: он занимался ростовщичеством, и среди его должников были царьки малоазийских государств. Он вернулся в Рим (52 г. до н. э.) одним из самых богатых людей в государстве. Когда вспыхнула новая гражданская война и Помпеи и Цезарь скрестили оружие, можно было ожидать, что Брут присоединится к Цезарю. Ведь отец Брута – его тоже звали Марк Юний,- народный трибун, участвовал в борьбе против Суллы и был убит по приказу Помпея, который тогда поддерживал аристократов – сулланцев. Однако Брут примкнул к убийце отца. Все, кто знал Брута, были поражены этим поступком, но для Брута защита дела Помпея была обороной республики против тирана, и он считал это дело выше личных обид. Брут подчинился Помпею, в котором видел вождя родины, и отбыл в Малую Азию для выполнения его поручения. В Киликии Брут в короткий срок собрал крупные силы: он сформировал легион пехоты, снарядил мощный флот, собрал большие запасы оружия и скопил много денег в казне. Он привел собранные им войска в Македонию, где располагались главные силы Помпея. Вскоре подошла армия Цезаря. 9 августа 48 г. до н. э. оба войска встретились в Фессалии у города Фарсалы. Сражение закончилось разгромом войск Помпея. Армия Помпея погибла, а он бежал к морю и вскоре был убит при попытке высадиться в Египте. Брут, как и многие уцелевшие от разгрома помпеянцы, укрылся в фессалийском городе Ларисе. Отсюда он написал Цезарю, и тот немедленно пригласил его к себе. Брут прибыл в лагерь победителя и был встречен с почетом. Цезарь ласково принял Марка Юния и предложил ему высокий пост. Почести, оказанные Бруту, изумили и его друзей, и врагов. Говорили, будто этот почет объясняется тем, что Брут – внебрачный сын Цезаря, но подтверждений этим слухам никто не мог привести. Брут поступил на службу к Цезарю, заняв место легата-правителя провинции Цисальпинская Галлия. Обаяние сильной личности Цезаря, его острый ум, обширные знания и железная воля покорили Брута, и он честно служил своему недавнему врагу. Вскоре Брут сдал управление Цисальпинской Галлией и при покровительстве Цезаря был избран претором. Цезарь обещал поддержать его кандидатуру в консулы. Диктатор осыпал его дарами и открыто выражал ему любовь и доверие. Брут становился в Риме вторым человеком после Цезаря. Власть Цезаря все возрастала. Он сделался пожизненным трибуном и обладал полномочиями цензора, что позволило ему назначать сенаторов по своей воле из числа преданных ему офицеров. Цезарь носил постоянный титул – императора верховного командующего римской армией (обычно полководец слагал титул императора после триумфа). Он имел право объявлять войну, распоряжаться казной. Статуи Цезаря помещались рядом с изваяниями богов. Он появлялся в пурпурной тоге, подобно древним римским царям. Никто не удивился, когда в 44 г. до н. э. распространились слухи о том, что сенат предложит Цезарю царскую корону. Такой огромной власти, как Цезарь, не имел никто из царей древних держав.
Но не все склонились перед всевластным диктатором. Было немало недовольных Цезарем. Еще больше имелось сторонников олигархической республики, а также тех, кто считал себя обиженным Цезарем и искал возможности отомстить ему.
Зима 45/44 г. до н. э. приближалась к концу, когда в глубокой тайне созрел заговор на жизнь Цезаря. Заговорщиков было несколько десятков, главными из них были Кассий и… Брут.
Не сразу склонился Брут на сторону заговорщиков. Он долго верил в Цезаря, не видел или не замечал, что его покровитель раздавил республику и установил военную диктатуру, беззастенчиво используя высшую власть в личных интересах.
Рассказывают, что Кассий, товарищ Брута по претуре, услышав, что Цезаря собираются провозгласить царем, положил свою руку на плечо Брута и спросил его: "Что мы будем делать в сенате, если льстецы Цезаря предложат объявить его царем?" Брут на это ответил, что он не явится в сенат.
Кассий вновь задал вопрос: "А что мы сделаем, славный Брут, если нас позовут в сенат, как преторов?" "Я,- ответил Брут,- буду защищать свободу отечества до своей смерти". Кассий обнял товарища и открыл ему тайну о существовании заговора.
Колебания Брута кончились. Всей душой он отдался делу защиты республики от тирана, вербуя новых участников заговора. Более 60 сенаторов согласились отдать свои силы для уничтожения тирана.
Заговорщики решили убить Цезаря в сенате в день мартовских ид, когда сенаторы, как всегда, собирались на заседание.
В носилках появился Цезарь. Шесть силачей-рабов сняли носилски с плеч, и диктатор сошел на землю. Он направился к своему креслу. Заговорщики стеной окружили диктатора, и один из них обратился к Цезарю с просьбой вернуть из ссылки брата. Цезарь ответил отказом. Тогда на диктатора посыпались удары кинжалов.