Все ожидали расправы со стороны солдат Цезаря. На вопросы сенаторов, какие меры он собирается принять для защиты столицы, Помпей неуверенно ответил, что легионы, пришедшие от Цезаря, находятся в боевой готовности, и он предполагает вскоре набрать войско в количестве 30 000 человек. Тогда один из сенаторов, обращаясь к Помпею, напомнил его прежние хвастливые заявления и предложил топнуть ногой и вызвать обещанные легионы.
Помпей был захвачен врасплох неожиданным поворотом событий и в течение трех дней не принимал никакого решения: он не знал даже, какими силами располагал Цезарь и каковы его истинные намерения. По предложению Катона Гнея Помпея избрали главнокомандующим с неограниченными полномочиями, и должностные лица уехали в назначенные им провинции.
Между тем волнения, начавшиеся в Риме, распространились на всю Италию. Жители италийских городов стекались в столицу, ища там безопасности, а столичные граждане, наоборот, оставляли город, опасаясь восстания рабов и насилия со стороны городской черни. Деловая жизнь полностью приостановилась.
Помпею не удавалось справиться с волнениями и беспорядком в городе. Нередко ему приходилось в один и тот же день принимать противоположные решения, так как, имея слишком много осведомителей и советчиков, он не знал, кого слушать, и терялся в догадках, чьи известия считать достоверными. Наконец, Помпей издал декрет о чрезвычайном положении, приказав всем сенаторам, без исключения, следовать за собой, предупредив их, что будет считать всякого оставшегося врагом отечества. Считая безнадежным делом защиту столицы, Помпей покинул Рим, отправившись к своим двум легионам, расположенным в городе Луцерия '. Консулы и сенат должны были переехать в Капую и увезти туда казну.
В этот момент пришло известие, будто Цезарь во главе галльской кавалерии уже недалеко от Рима. Тогда консулы бежали, не совершив даже полагающегося по обычаю перед началом войны жертвоприношения и оставив врагу государственную казну.
Через несколько дней после отъезда Помпея Цезарь беспрепятственно вступил в Рим. Против ожидания, он обошелся со всеми милостиво, чем расположил к себе жителей. Солдаты его не совершали насилий над горожанами. Он захватил только государственное казначейство. Затем Цезарь начал преследование Помпея: он спешил изгнать его из Италии до прибытия к нему помощи из Испании.
Между тем Помпей захватил приморский город Брундизий на Адриатическом море. Потеряв надежду на спасение Италии от Цезаря, Помпей решил переправиться со своими легионами в Грецию, чтобы оттуда повести решительную борьбу с правителем Галлии. В Брундизии было собрано достаточное количество транспортных судов, и Помпей, отправив сначала консулов и многих из сенаторов, посадил на корабли войско и переправился на греческое побережье.
Цезарь хотел немедленно начать преследование Помпея, но, не имея кораблей, возвратился в Рим, чтобы затем отправиться походом в Испанию, откуда легаты Помпея угрожали Галлии. Вскоре вся территория Италии перешла в руки Гая Юлия Цезаря.
Силы соперников казались слишком неравными. У Цезаря была небольшая, но испытанная в боях и всецело преданная своему полководцу армия. В руках же Помпея был сосредоточен весь флот и богатства страны. Поэтому Цезарь, считая, что всякое промедление только усилит врага, сразу начал войну в Испании.
В течение сорока дней Цезарю удалось принудить к сдаче пять легионов противника в Испании. Помпей между тем готовился к войне. Его и без того огромный флот пополнился новыми боевыми кораблями; путем принудительных наборов создана была большая армия из одиннадцати легионов. Сам Помпей принялся за обучение этого войска. В его лагерь стекались знатные римляне со всей Италии, восточные цари и властители.
Цезарь сделал попытку примириться со своим соперником, но Помпей счел его предложение ловушкой и отказался от переговоров. После этого Юлий Цезарь решил высадиться в Иллирии, сосредоточив для этого свои легионы в Брундизии.
Обманув бдительность вражеского флота, Цезарь переправился в Иллирию с небольшим отрядом, оставив в Брундизии большую часть своих сил. Все грузы, вьючные животные и продовольствие остались в Италии и должны были быть переправлены со следующей партией солдат. Командующий флотом Помпея блокировал гавань Брундизия, и остальная часть войск Цезаря не смогла выйти в море. Цезарь остался, таким образом, с небольшим войском без продовольствия и запаса оружия лицом к лицу с превосходящими силами противника.
Но Помпей не сумел воспользоваться благоприятным случаем и разгромить врага до подхода его основных сил. Он предпочел ждать, пока голод ослабит войско Цезаря настолько, что его будет легко уничтожить. Между тем неделя проходила за неделей, а подкрепление и продовольствие из Италии не приходили, и в войске Цезаря начался голод. В отчаянии Юлий Цезарь хотел даже пойти один на небольшом суденышке в Брундизии, чтобы лично возглавить переправу из Италии своих легионов.