5 июля 1439 г. (второго индикта 6947 г.) большинство представителей византийской делегации под давлением Императора и константинопольского Патриарха подписали орос Собора («Флорентийскую унию»). Среди не подписавших были: митрополит Марк Эфесский (при поддержке брата императора, который был против унии), митрополит Иверский Григорий из Грузии (притворился сумасшедшим), митрополит Нитрийский Исаакий, митрополит Газский Софроний и епископ Ставропольский Исайя (тайно бежал из Флоренции и позднее получил защиту брата императора). Судя по всему, в подписании унии особая роль принадлежала московскому митрополиту Исидору, которого поначалу прочили в преемники скончавшемуся во время собора константинопольскому Патриарху Иосифу. Во всяком случае, русское «Слово о составлении осьмаго собора» всю вину за подписание унии возложило на Исидора, обращаясь к нему с укоризнами:
Пред отправлением в обратный путь Исидор получил от Евгения ІV сан кардинала-пресвитера и звание папского легата в Литве, Ливонии, всей Руси и Польше. В конце 1439 г. он отправился на Русь через Венецию; затем морем до хорватского берега; отсюда через Загреб, Будапешт и Краков в Литву. Из Вильны Исидор ездил в Киев, где Киевский князь Александр Владимирович дал «отцу своему Сидору» особую грамоту, которой подтверждались все права митрополита в «области киевской».
Исидор, Митрополит Киевский и Всея Руси.
Только весной 1441 г. Исидор приехал в Москву, где великий князь Василий II, московское правительство и духовенство уже выработали свою позицию по отношению к случившемуся во Флоренции. Дело в том, что ближний боярин Великого князя Московского по имени Фома (также побывавший в Ферраре и Флоренции) и иеромонах Симеон (входивший в суздальскую делегацию) открыто рассорились с митрополитом Исидором еще в Венеции и ранее других поспешили в Москву уведомить великого князя об обстоятельствах заключения унии. Вслед за ними, 19 сентября 1440 г. в Москву возвратились и другие русские спутники митрополита во главе с епископом Авраамием. По мнению историков, «Москва, к приезду Исидора, уже могла исполниться решимостью встать на защиту православия и отвергнуть изменника митрополита. Конечно, в необыкновенное затруднение ставило великого князя и русских епископов то обстоятельство, что, восставая против Исидора, им приходилось отвергать и авторитет уполномочившей его Константинопольской патриаршей власти, признавать тем самым и ее еретической».
Митрополит Исидор приехал в Москву 19 марта 1441 г. и проследовал прямо в Успенский собор для богослужения. На литургии он велел поминать на первом месте не имя Константинопольского патриарха, а имя папы Евгения IV. После литургии митрополит приказал своему протодиакону прочесть во всеуслышание с амвона Соборный акт 5 июля 1439 г. об унии. Затем передал великому князю послание от папы, в котором Василий II приглашался быть усердным помощником митрополиту в деле введения унии. Быстрота и натиск, с каким действовал Исидор, настолько смутили князя, бояр и епископов, что они в первый момент растерялись:
Великий князь Василий II отвергает Флорентийскую унию.
Лишь через три дня, собравшись с духом, Василий II объявил Исидора еретиком и приказал арестовать его и заключить в Чудовом монастыре. Состоявшийся вскоре Собор русского духовенства, обличив ересь Исидора, увещевал его раскаяться, однако, ввиду непреклонности Исидора, его держали в заключении несколько месяцев, а потом «позволили бежать»: Исидор бежал через Тверь к литовскому великому князю Казимиру, а оттуда в Рим. Судьба епископа Авраамия Суздальского, сначала подписавшего Флорентийскую унию, а затем отрекшегося от нее, сложилась благополучно. Его верный человек в русской делегации на Соборе в Италии, иеромонах Симеон Суздалец, официально показал, что Авраамийде не хотел подписывать унию, но отступник Исидор посадил его
Василий Богданович Лихачев