С исчезновением Янтарной комнаты связано множество историй. Согласно одной из них, сразу после подписания «Пакта о ненападении» (1939 год) Сталин общался с группой деятелей литературы и искусства. После общего разговора Иосиф Виссарионович пригласил в свой кабинет А. Н. Толстого и обратился к нему за советом: как укрепить намечавшуюся дружбу с Германией. Алексей Толстой предложил преподнести в подарок немцам Янтарную комнату. Однако, несмотря на убеждение Толстого, что комната находится в плачевном состоянии (в ХХ веке проводились только небольшие реставрационные работы), Сталин не решился расстаться с оригиналом. Вместо этого был приглашен замечательный реставратор и резчик по камню Анатолий Осипович Барановский. Ему было предложено сделать копию Янтарной комнаты. Художник предупредил, что точно воссоздать знаменитое творение Растрелли в сжатые сроки невозможно. Но Сталина это не остановило. Были привезены все необходимые материалы. В окружении учеников и помощников Барановский день и ночь трудился над заказом Сталина. Работа шла медленно, к Барановскому приходили многочисленные заказчики, желающие заказать украшения работы талантливого мастера. После жалобы Толстого Сталину этот поток прекратился, а многие из заказчиков бесследно исчезли. У Барановского случился инфаркт, однако он продолжил работу. По словам свидетелей, одновременно создавались две янтарные комнаты: копия, над которой трудился Барановский, и макет в масштабе 1:1, который делали его ученики. В мае 1941 года, когда обе комнаты были готовы, у Барановского случился второй инфаркт, и его отправили на отдых в Сочи.
За 20 дней до начала войны подлинник Янтарной комнаты разобрали, а на его месте установили копию Барановского. Ее тщательно сфотографировали, размонтировали, уложили в ящики и опустили в подвалы Екатерининского дворца. А макет, собранный учениками, установили в зале, где Янтарная комната находилась уже два века. Таким образом, в Царском Селе оказались три комнаты: оригинал, копия Барановского и установленный на месте подлинника макет, сделанный учениками. Дальнейшая судьба всех трех комнат неизвестна.
Когда началась Вторая мировая война, из Екатерининского дворца стали эвакуировать музейные ценности. Янтарную комнату из-за хрупкости было решено не вывозить, как другие музейные экспонаты, в глубь страны, а произвести ее консервацию на месте. Так ли это было, или в суматохе бесценные панели не успели эвакуировать – точно неизвестно. Зато известно, что ящики с Янтарной комнатой были вывезены фашистами в Кенигсберг. Ее демонтаж осуществили всего за 36 часов силами солдат строительного батальона. При этом отдельные фрагменты убранства пострадали.
В 1942 году Янтарная комната была выставлена в Кенигсбергском замке. В дарственной книге Кенигсбергского музея под номером 200 было записано, что комната подарена музею Германским государственным управлением дворцов и садов. Директор музея Роде в 1944 году писал, что Янтарная комната, вернувшись на свою родину, стала лучшим украшением Кенигсбергского музея. Мнения очевидцев расходятся: по словам одних, комната сохранилась в первозданном виде. Другие отметили, что на резьбе имелись значительные повреждения. При отступлении фашистов панно снова были разобраны и не позднее 6 апреля 1945 года вывезены в неизвестном направлении. С этого времени следы комнаты теряются.
В мае 1945 года из Москвы в Кенигсберг приехала правительственная комиссия, начавшая поиски Янтарного кабинета. Директор Кенигсбергского музея Роде рассказал профессору Брюсову о том, что все янтарные панно сгорели. Однако проведенная ленинградскими искусствоведами экспертиза доказала: в пожаре сгорели только отдельные детали интерьера. То, что на пепелище не нашли ни кусков оплавившегося янтаря, ни остатков бронзового убранства, ни осколков зеркал (и даже химических следов всего этого), наводило на мысль, что сокровище успели вывезти.
Для того чтобы установить, куда исчезла Янтарная комната, следственный отдел Смерш обратился к бывшему заведующему музеями Кенигсберга доктору Альфреду Роде. Но он внезапно исчез прямо из своего особняка. Когда оперативная группа приехала в дом Роде, дверь оказалась открыта, всюду царил беспорядок, а соседи сообщили, что супругов Роде забрали в больницу. Визит в больницу только укрепил подозрения в том, что акция была тщательно спланирована. Оперативникам предъявили записи, что супруги скончались от желудочного кровотечения, и даже сообщили место захоронения. На кладбище среди новых могил отыскался холмик с деревянным крестом, на котором химическим карандашом было выведено: «Эльза и Альфред Роде». Однако могила оказалась фальшивой.