Интеллектуальное влияние Лесгафта на Цвета, по-видимому, было сильным. На деньги Иннокентия Михайловича Сибирякова, крупного сибирского промышленника и мецената, для Лесгафта была создана Биологическая лаборатория (и М. С. был приглашен в нее) для проведения занятий ботаникой со слушательницами и слушателями лесгафтовских курсов и для руководства исследованиями прикомандированных к лаборатории лиц.
Здесь и в лаборатории Фаминцына Цвет продолжил свои исследования хлоропластов. Одновременно ему пришлось готовиться к магистерским экзаменам и защите магистерской диссертации. Экзамены он сдал в 1899 году, а магистерскую диссертацию защитил в Казанском университете в сентябре 1901 года.
Почти налаживалась жизнь. Но 4 марта 1901 года на площади перед Казанским собором в Петербурге прошла бурная демонстрация студентов — они выступили против взятия в солдаты студентов в Киеве и других городах в наказание за участие «в беспорядках». Полиция и казаки, как обычно в то время, зверски расправились со студентами. Лесгафт был свидетелем этой расправы и, как позднее, в 1905 году, Н. К. Кольцов, выступил с протестом: организовал подписи под протестом девяносто девяти профессоров и литераторов. После ряда обысков Лесгафта выслали в Финляндию на года, а Биологическая лаборатория почти прекратила работу.
Цвет вынужден был искать место для работы и продолжения исследований. Он прошел но конкурсу на должность ассистента кафедры анатомии и физиологии растении в Варшавском университете. (Эту кафедру возглавлял упомянутый выше Д. И. Ивановский.) Но прежде чем уехать в Варшаву, на XI съезде естествоиспытателей и врачей в Петербурге 30 декабря 1901 года Цвет сделал доклад, в котором впервые сообщил о методе адсорбционной хроматографии.
Таким образом, метод хроматографии был открыт и применен Цветом в период его работы в лабораториях Фамннцына и Лесгафта, в период интенсивного дружеского общения с выдающимися деятелями российской науки и просвещения.
Исследовательница жизни и деятельности М. С. Цвета Е. М. Сенченкова озаглавила раздел его биографии, посвященный жизни и работе в Варшаве, «Вершина творчества». И это верно. С января 1902 года до июня 1915 года — интенсивная и плодотворная жизнь в Варшаве. Мне только важно отметить, что восхождение на вершины зависит от множества условий. Восхождение Цвета было обусловлено годами в Швейцарии и общением с ботаниками Женевского университета, общением с петербургскими ботаниками, с Ивановским, Бородиным, Бекетовым, Фаминцыным, Лесгафтом — это (неполное!) перечисление имен лишь иллюстрация потенциала российской науки того времени.
В Варшаве основные усилия Цвета направлены на совершенствование хроматографического метода и его примелете для разделения пигментов зеленого листа. В марте 1903 года — доклад на заседании ботанического отделения Варшавского общества естествоиспытателей, где впервые он обстоятельно изложил принцип своего метода адсорбционного анализа.
Польша — это уже Европа. Почти каждое лето Цвет бывает в разных университетах Германии. Летом 1902 года он был командирован туда для ознакомления с постановкой преподавания ботаники в немецких университетах. Избран действительным членом Немецкого ботанического общества. Принципиальное значение имели опубликованные в 1906 году в немецком ботаническом журнале две статьи, где впервые был введен термин «хроматография».
В 1907 году выступил на заседании Немецкого ботанического общества с сообщением об открытии хроматографии, где демонстрировал первый хроматограф и принцип его действия. Позже он посетил Берлин, Париж, Амстердам, Лейден и Дельфт, где имел возможность общаться со многими иностранными коллегами. Все это свидетельства полной доступности работ М. С. Цвета для европейских исследователей.
Не забывает он и Россию. На XII съезде русских естествоиспытателей и врачей (1909 год) он сделал доклад о своем методе исследования хлорофилла и демонстрировал действие хроматографической установки. Активно участвовал М. С. Цвет и в работе XIII съезда русских естествоиспытателей и врачей, состоявшегося в 1913 году в Тифлисе.