Конец Государя Всея Руси (лже)Дмитрия Ивановича наступил через несколько дней после коронования Марины Мнишек в качестве российской императрицы. Являлся ли приход в Москву сотен поляков из ее свиты фитилем, поджегшим пламя народного гнева, или же он был всего лишь поводом для начала восстания, организатором которого считают Шуйских (хотя участие других кланов, включая Романовых, историки также не исключают), — вопрос неясный.
Свержение Самозванца и воцарение Василия Шуйского не поколебало положения митрополита ростовского, удалившегося в свою епархию. Между тем к границам Московского княжества стали приближаться войска (лжеЩмитрия Второго, ставшие лагерем в 12 верстах от стольного града, в Тушине. Армия Самозванца, в русской истории называемая польской, в действительности состояла из русских, донских, запорожских и волжских казаков, шляхтичей и татар—тушинский лагерь многонационален. С другой стороны, и противостоявший тушинцам царь Василий Шуйский пытался найти помошь отнюдь не в России, а в мусульманском Крыму. По его призыву на Русь прибыл Кантемир-мурза с 10 000 всадников. Крымцы прошли мимо Тулы и устремились к Оке. Навстречу союзникам царь выслал гонца с богатыми дарами. По русским источникам, татары (!) атаковали тушинцев, и те едва "усидели в своих таборах на реке Нара". Таким образом, разделение на сторонников Шуйского и сторонников (лже)Дмитрия проходило отнюдь не по национальному признаку, как нас учат.
При взятии Ростова Филарет то ли арестован тушинскими отрядами, то ли просто примкнул к ним. Впоследствии Филарет Никитич удерживал свою епархию в повиновении Шуйскому, но напавшие на Ростов переяславцы сорвали с него, молившегося, святительские одежды, надели на страдальца сермягу, покрыли ему голову татарской шапкой и повезли в Тушино, в насмешку посадив с ним на воз какую-то девку. В Тушино же (лже)Дмитрий II, признанный к этому времени самодержцем российским многими русскими городами, встретил захваченного в плен (привезенного в таком непотребном и унизительном виде) Филарета с почестями и объявил патриархом.
Однако все это как-то не очень стыкуется между собой, и каноническая история с сермягой и татарской шапкой вызывает сомнения, поскольку патриаршество Филарета у Самозванца сомнений не вызывает.
Находясь в Тушино и исполняя обязанности второго российского патриарха при втором российском царе, Филарет сумел одновременно и пользоваться доверием Самозванца, и сохранять репутацию польского пленника в Москве (польского, а не казацкого!) В 1610 году он (по официальной версии) был отбит ("отполонен") у тушинцев, принял участие в свержении Василия Шуйского и стал активным сторонником Семибояршины.
Присвоение (лже)Дмитрием II Филарету Никитичу сана патриарха Всея Руси вряд ли напоминало опалу. Юрисдикция нового патриарха распространялась на обширные территории, контролируемые тушиниами. Таким образом, на Руси оказалось не только две власти и два признанных государя, но и два патриарха. Однако — внимание! — перед врагами Самозванца патриарх представлял себя как его "пленник" и не настаивал на своем патриаршем сане. При этом — что поразительно — тушинского патриарха Филарета считали "своим" и находившийся в Кремле патриарх Гермоген, непримиримый враг (лжеДмитрия, и сам Лжедмитрий. Что говорите совсем незаурядных его дипломатических качествах. Запомним эту двойственность в восприятии Федора Никитича Филарета владыкой и мучеником, повелителем и узником, ибо с ней русская история повстречается еще раз, причем в этом втором случае вынести решение, был ли он узником или активно действующим политиком, будет еще сложнее.
В июле 1610 года Филарет вместе с войсками (лжеЩмитрия II участвует в свержении, по другим версиям — переговорах с позиции силы о добровольном отречении от власти Василия Шуйского и находится в самых дружественных отношениях с Семибоярщиной. И вдруг неожиданный поворот! Вместо ставки на Самозванца "семибоярщина" решает призвать на российский престол польского королевича Владислава. Тотчас как по команде, разумеется, по команде. Владиславу присягнула на верность Москва, а следом за ней и другие русские города. После чего именно Филарет Никитич (как он подписывал официальные документы) возглавил "великое посольство" (состоявшее из 1200 человек!) в осажденный поляками Смоленск, целью которого было заключение соглашения о призвании на русский престол Владислава в качестве конституционного, то есть ограниченного кондициями, государя.
Одним из главных условий при этом было принятие юношей православия.
Надо сказать, что крайне отрицательное отношение русской идеологии, начиная с XVIII века и по сей день, к Семибоярщине и так называемому "Смутному времени" не находит рационального объяснения.