В 1813 г. Григорьев был определен архитектурным помощником в только что организованную Комиссию для строения в Москве и стал одним из активных участников восстановления города после пожара 1812 г. Основными задачами комиссии, куда входили крупные планировщики и архитекторы С. С. Кесарино, О. И. Бове, Ф. К. Соколов, В. Балашов, Ф. М. Шестаков и другие, были разработка и осуществление генерального плана города с созданием новой застройки центра и, главное, помощь жителям при осуществлении строительства жилых домов.
Огромный город, который насчитывал 250 тысяч жителей, был оставлен при подходе неприятеля. Бывший в армии Наполеона писатель Стендаль (Анри Бейль) писал о Москве: "В Европе не знали этого города. В нем было шестьсот или восемьсот дворцов, каких нет и в Париже". В огне погибли целые районы, выгорело более б тысяч домов.
Деятельность архитектора комиссии была разносторонней: он должен был снабжать чертежами строящиеся жилые дома, наблюдать за выполнением строительных правил "против выданной фасады", т. е. за соблюдением намеченных новых красных линий, за выравниванием очертаний улиц и переулков, разрывов между зданиями и пр.
Как помощник архитектора Комиссии для строения, обладавший большим профессиональным опытом, Д. Г. Григорьев вел архитектурный надзор за строительством общественных зданий. Можно предположить, что он был связан с восстановлением главного здания университета и, как свидетельствуют документы, вел строительство комплекса "большого университетского двора".
В 1817 г. в Москве начались большие работы по восстановлению здания Московского университета. Главным архитектором этих работ был назначен Д. И. Жилярди. Очевидно, вместе с ним к этим работам был привлечен и Д. Г. Григорьев.
В архивах Москвы и Ленинграда хранятся чертежи, выполненные Д. Г. Григорьевым; они фиксируют состояние здания, повторяют проекты перестройки, созданные Д. Жилярди; возможно, есть и чертежи с собственными предложениями зодчего. Уже в этих чертежах Д, Григорьев предстает перед нами как прекрасный мастер графического искусства. Их отличает четкий, уверенный рисунок и тонкая гамма отмывки тушью и акварелью. Они могут быть поставлены в одном ряду с лучшими образцами архитектурной графики мастеров начала XIX века О. И. Бове, А. Н. Воронихина, К. И. Росси.
В июле 1819 г. после окончания восстановления главного здания университета, Григорьева назначают университетским архитектором. Он проявляет себя на этом поприще одаренным мастером и вполне сложившимся архитектором, продолжает строительство отдельных корпусов, входящих в комплекс большого "университетского двора". Он вносит значительные изменения в оформление фасадов, исходя из необходимости единого художественного решения всей композиции, разрабатывает детали интерьеров. Например, заканчивая строительство корпуса хирургического и акушерского институтов, он изменяет дорический ордер портика на ионический и создает тем самым более легкую композицию фасада. По проекту Григорьева была выполнена отделка интерьеров того же клинического, а также анатомического корпусов (не сохранились). Проект анатомического корпуса был предложен Д. И. Жилярди. Им же были подписаны сметы на каменные и плотничные работы, но строительство и отделку интерьеров вел Д. Г. Григорьев. Особый интерес представлял, по-видимому, анатомический корпус или, как его называли тогда, театр. Наряду с прожектерскими и прочими помещениями он включал большую аудиторию, где были «пестумские» колонны, фриз и другие элементы классического ордера.
Полностью по проектам Д. Григорьева в 1822 г. были построены здание университетской аптеки, находившейся на Моховой улице (разобрано в 1912 г.), и один из корпусов университетской типографии, располагавшийся на большой Димитровке (ныне здание Всесоюзного театрального общества на Пушкинской улице).
Аптечный корпус, выходивший главным фасадом на красную линию улицы, входил в композицию университетского комплекса. Небольшие размеры двухэтажного здания отвечали его назначению. Спокойное решение фасада создавалось равномерным распределением горизонтальных и вертикальных членений. Свободная плоскость стены подчеркивалась незначительным декором в виде львиных масок на замковом камне окон первого этажа и небольших скульптурных рельефов над окнами второго этажа; повторялись мотивы лепнины главного здания университета. Отвечал масштабам здания и его положению на узкой улице примененный ордер — дорические трехчетвертные колонны тесно прижатого к стене портика.
Второе творение Григорьева — Типографский корпус — одно из лучших производственных зданий эпохи. Рустованные боковые части здания подчеркивают спокойную гладь стен центрального ризалита, выделяя его из всей композиции. Ту же роль выполняли сочные формы наличников окон нижнего этажа с пальметтами и барельефный фриз под аттиком, венчающим здание.