План Мичурина явился основой для дальнейшего упорядочения застройки Москвы и послужил отправным документом для архитекторов, трудившихся над ее совершенствованием. Так вместе с составлением мичуринского плана в московское зодчество вошла главнейшая тема русской архитектуры XVIII — начала XIX столетия — новое регулярное градостроение, получившее здесь местное истолкование, претворенное на почве древнего традиционного строительства Москвы.
При выполнении столь сложного, громадного по объему работ предприятия, каким было снятие плана города, Мичурин расширил и укрепил свою архитектурную команду. Он добился постоянного помещения для изготовления чертежей, увеличения числа учеников и помощников. К ним принадлежали Д. Ухтомский, В. Обухов, И. Евлашев и другие зодчие Москвы уже следующего поколения. Мичурин организовал московскую Архитектурную контору, положившую начало собиранию сил для формирования новой московской архитектурной школы, с развитием которой был связан значительный этап в истории московского зодчества.
Мичурин и его помощники продолжали и начатую Мордвиновым работу по поддержанию и восстановлению некоторых ветхих строений Москвы и Подмосковья. Зодчий выезжал также с этой целью в Тверь, Владимир, Коломну, Кострому и другие города. В числе видных архитекторов того времени — М. Земцова, И. Коробова, И. Шумахера и И. Бланка — он участвовал в освидетельствовании возводимой по проекту Г. Шеделя колокольни Киево-Печерской лавры.
Некоторые ремонтные и восстановительные работы перерастали в крупные проекты (реставрационные), в которых Мичурин проявлял себя не только как опытный инженер-строитель, но и как одаренный архитектор.
Таким проектом был замысел Мичурина, связанный с восстановлением рухнувшего в 1723 г. каменного шатра Воскресенского собора (1658–1685) в Новом Иерусалиме. Зодчие, осматривавшие поврежденный собор, предлагали разобрать его до основания и строить заново. Мичурин же, Исследовав в 1733 г. сооружение, пришел к заключению, что этот замечательный памятник русского зодчества можно восстановить в первоначальном виде, сохранив стены и возведя на них новый каменный шатер.
Предложение Мичурина не встретило возражений, но средства из казны перестали отпускаться, и начатые работы прекратились, когда над ротондой еще не был выстроен шатер. Восстановление собора было закончено позднее, по проекту Б. Растрелли, в соответствии с которым вместо каменного шатра, как это предусматривалось Мичуриным, был воздвигнут деревянный, а изразцовая облицовка — исключительный образец художественной отделки интерьера — заменена декоративной лепниной в духе барокко тех лет [Собор был разрушен во время Великой Отечественной войны].
Творчески отнесся Мичурин к возможности восстановления древнего дворца на Воробьевых горах. Дворец, основанный в селе Воробьеве в XV веке, был перестроен в конце XVII века, когда "под деревянные хоромы" был сделан каменный подклет (цокольный этаж). К началу XVIII в. деревянные части дворца совершенно развалились, и в 1737 г. Мичурину было поручено снять чертежи и выполнить модель дворца, а затем, по возможности, приспособить его для проживания.
Представленные Мичуриным чертежи были не только точной фиксацией фасада здания, но и, как полагают исследователи, являлись проектом его восстановления, в котором зодчий несколько переработал наружную отделку дворца.
Проект Мичурина не был осуществлен. Растрелли, осмотрев дворец, распорядился разобрать его деревянную часть. Был сохранен лишь фундамент, на котором позднее поставили перевезенный сюда Пречистенский дворец, построенный в 1774 г. М. Ф. Казаковым [В конце XVIII века дворец был разобран, деревянный материал взят для строительства в Кремле, а каменный фундамент употреблен при закладке А. Л. Витбергом храма на Воробьевых горах].
Уже в чертеже Воробьевского дворца можно заметить характерную для Мичурина склонность к сочетанию системы построения и правил классического ордера с формами и деталями старого московского зодчества.
На формирование творческой индивидуальности Мичурина повлиял не только технический характер его обучения за границей, но и деловая бюргерская архитектура Голландии и особенно утилитарное направление раннего строительства Петербурга, где проходили его молодые годы.
Свои технические знания Мичурин еще в ученический период стремился дополнить изучением собственно "Науки архитектуры". После смерти Петра I, будучи в Голландии, он вместе с Коробовым и Мордвиновым ходатайствовал о разрешении закончить архитектурное образование во Франции или Италии. Эта просьба не была удовлетворена, но Мичурину удалось продлить свое «пенсионерство» еще на два года. Он возвратился в Россию строителем, стоявшим на уровне современной ему западноевропейской техники, и хорошо подготовленным архитектором, осведомленным в теории архитектуры, как было отмечено в аттестате, выданном ему после проведенных испытаний.