Взаимоотношения капитана и команды отражали старые морские традиции, когда для принятия решения хозяин советовался с бывалыми моряками. Жизненный опыт команды и капитана был определяющим при решении насущных вопросов. В ряде случаев агрессивность, всеуничтожающая воля капитана подавляли сопротивление разношерстной команды, могли запугать ее и заставить отступить. Однако подобные «победы» были эфемерны, так как накапливаемое раздражение против главаря в любой момент могло плачевно окончиться для нарушителя кодекса. Ссора с потенциальными претендентами на виселицу, коими были все пираты, таила немалую опасность. Капитана могли сместить за трусость или жестокость, он мог стать жертвой «несчастного случая». Известны случаи, когда команда скинула капитана за то, что он отказался напасть на английское судно; другой предводитель пиратов пострадал оттого, что вел себя
Механизм прямых выборов и насильственное уничтожение капитана были крайними, но не единственными средствами давления команды на главаря. Большую роль во взаимоотношениях капитана и команды играл квартирмейстер. Он выступал посредником в сложных цепочках взаимоотношений, связывавших обе стороны. Будучи представителем команды и выполняя роль второго человека на корабле, квартирмейстер должен был следить, чтобы капитан не нарушал интересы братства. В его лице капитан всегда имел потенциального конкурента в борьбе за власть над кораблем, представителя команды в управлении судном.
Правосудие
Пиратский кодекс чести определял систему правосудия разбойного мира. Описывая процесс судопроизводства, Эксквемелин подчеркивал:
Правосудие вершил суд, составленный из представителей «пиратского братства». Случаи предательства, дезертирства и нарушений дисциплины в условиях «военного времени» также карались беспощадно. Нередко пиратам удавалось сохранить верность принципам даже в самых чрезвычайных ситуациях. Весной 1697 года, во время Войны Франции против Аугсбургской лиги, богатый город Картахена был захвачен французской военной экспедицией, возглавляемой капитаном 1-го ранга бароном де Пуэнти. В составе эскадры находились флибустьерские суда, команды которых согласились участвовать в операции на заранее обговоренных условиях. В Картахене начались повальные конфискации. Безжалостно разграбленный город выплатил огромную денежную сумму. Однако при разделе добычи флибустьеров обманули, и выплаченная им доля оказалась мизерной в сравнении с тем, на что они рассчитывали. Разъяренные разбойники готовились напасть на флагманский корабль де Пуэнти и отстоять свои права на добычу. Неизвестно, чем могло бы закончиться дело, если бы волну ярости не удалось направить на уже разграбленную Картахену. Обозленное воинство вновь ринулось на город и организовало в нем новый денежный сбор. В несколько дней назначенный выкуп был собран. Тогда-то и произошел эпизод, описанный историком пиратства Ф. Архенгольцем: