Через несколько дней после выхода в море экспедиция добралась до острова Санта-Каталина и при курьезных обстоятельствах захватила крепость — стрельба, которую вели участники «сражения» за остров, представила собой настоящую бутафорию, так как губернатор при появлении флота решил капитулировать, но попросил флибустьеров пострелять для создания видимости крупного сражения. Холостая канонада продолжалась целый день, гарнизон капитулировал, потерь обе стороны не понесли.
Дальнейшие события разворачивались стремительно. Авангардный отряд Моргана подошел к устью реки Чагрес, с ходу захватил расположенную здесь крепость Сан-Лоренсо, уничтожив 300 солдат испанского гарнизона. Основные силы Моргана, 1400 человек, двинулись на баркасах, шлюпках и пирогах по Чагресу, углубившись в совершенно гиблые места. Чащи непроходимой сельвы, страшные болотные испарения, пронизанные миазмами, бурные пороги, ядовитые змеи, враждебные индейцы с отравленными стрелами, голод, изнуряющая дневная жара и леденящий ночной холод, бесконечные стычки с испанскими засадами — вот что ожидало пиратов на пути к золотой Панаме. Наконец 17 января 1671 года Морган добрался до города. Утром следующего дня последовал победный штурм, а затем произошла ожесточенная уличная схватка. Панама пала. Несколько недель бесчинствовали пираты в горящей столице. Пожар перекидывался от лома к дому, уничтожая складские помещения, церкви, магазины и прочие строения; на улицах правил бал сам Сатана. Безобразный дебош, дикие бесчинства, неуемная свирепая жестокость и нечеловеческие истязания людей в обстановке совершенного хаоса и погрома — таким запечатлелось в памяти современников пребывание Моргана в Панаме. Беспорядок дошел до такой степени, что пираты даже упустили из своих рук богатый галион, набитый драгоценностями, церковной утварью, на котором спаслись жены и дети наиболее влиятельных людей Панамы. В феврале флибустьеры вернулись в Сан-Лоренсо, где разделили захваченную добычу. Когда подсчеты были окончены и рядовые участники получили свои доли, оказалось, что сумма каждого составила лишь 200 пиастров. Возмущённые разбойники открыто заявили Моргану об обмане; среди флибустьеров главаря стали называть вором. Столкнувшись с угрозой бунта, «адмирал» пообешал разобраться в происшедшем. В тот же вечер он поднялся на борт флагманского судна, с наступлением темноты поднял якорь и вышел в открытое море. Вслед за ним последовало еще три судна. Через короткое время Морган пришел в Порт-Ройял. Пиратов же, брошенных в Сан-Лоренсо на произвол своим «адмиралом», ожидали различные судьбы. Часть флибустьеров, пришедших с Тортуги, решила рассчитаться с вероломным «адмиралом» и бросилась в погоню, но догнать Моргана не смогла. Другие разбрелись по побережью, ушли на самостоятельный промысел или вернулись в родные гавани.
Морган вернулся на Ямайку триумфатором. Но не прошло и нескольких месяцев, как все изменилось — губернатор Модифорд был арестован, посажен на торговое судно, перевезен в Англию и заключен в Тауэр. Ему было предъявлено обвинение в пособничестве и организации пиратства, и теперь правитель готовился дать отчет королевскому суду о своих действиях против испанцев. Весной 1672 года настала очередь и Генри Моргана предстать перед правосудием. На борту фрегата «Уелком» («Добро пожаловать») его доставили в Лондон. Началось следствие.