Опасность превращения в бесправных рабов государственной системы, сложившейся в условиях многовекового ига и государственной необходимости, была главной заботой казаков на протяжении всего последующего их существования. Сближаясь с русскими князьями, находясь в составе Российской империи, они сумели сохранить и пронести сквозь долгие века свои воинские традиции и свою независимость. Состоя на службе царей–ханов — казаки во внутренней жизни были свободны и пользовались известными льготами. Характер московских князей, выходивших из‑под власти монгол, и начинавших восстанавливать независимое государство, проявлялся в исключительной жестокости. Примером могло служить присоединение Новгорода. Новгородская земля в 1478 году признала /под военным давлением Москвы власть московского князя. Но вскоре новгородцы почувствовали тяжесть системы московского правления и решили возвратиться к старине. Московский князь двинул против Новгорода большую рать и произвел жестокую расправу с недовольными. Митрополит был отправлен в Москву и заменен московским. Много новгородских бояр было казнено и еще больше было переселено на восток, в московские земли. Все лучшие люди новгородские были выведены из Новгорода, и земли их были взяты государем и розданы московским служилым людям, которых великий князь в большом числе поселил в новгородских пятинах. «Таким образом, — пишет ак. Платонов, — исчезла новгородская знать, а с нею исчезла и память о новгородской вольности». Вечевой колокол был увезен в Москву и туда же была отправлена семья влиятельных бояр Борецких,. во главе которой стояла вдова посадница Марфа. Авторитет и характер московских князей, а также их система воссоединения русских земель проявлялись в худшей форме, нежели монгольских ханов. Монголы, покоряя народы, подвергали их жестокому истреблению в процессе сражений, при захвате городов, но это были чуждые им народы, и, самое главное после покорения их монголы строго сохраняли национальные особенности покоренных, и старались, чтобы они не поглотились государством.
В этих условиях казаки неизбежно ощущали себя чужими среди общей покорной и безропотной массы холопов. Даже укрепившееся за ними название «казаки», не служило средством сближения между ними и их соплеменниками, которых разные условия жизни сделали так непохожими друг на друга…
Потребность в организации вооруженных сил ставила московских князей в необходимость идти на большие уступки казакам и ставить казачьи войска, принимаемые на службу, в исключительные условия. Казачьи войска на службе московского князя сохраняли внутреннее войсковое устройство; весь командный состав ставился, по установившемуся обычаю, казаками; военное обучение и тактика также сохранились привычные казакам,'и во внутреннем быту казаки сохраняли полную автономию.
Одним из трудно разрешимых вопросов при переходе казачьих войск на службу московских князей — было их содержание. Главные и единственные средства московских князей для содержания постоянных войск — были земельные наделы. Но земельные наделы не могли удовлетворять казаков, так как они, состоя на службе ханов, земледелием не занимались, оно отвекало бы их от их прямого назначения — военного дела.
Постепенно в решении этого вопроса нашелся компромисс. Казачьи части, поступавшие на службу московского князя, превращались в полки, внутренняя организация которых не менялась, каждый полк по лучал земельный надел и жалованье.
Служба в полках была наследственной. Казаки пользовались многими материальными и политическими привилегиями, сохраняли право выбора начальников, за исключением — старшего, который назначался князьями. Принимая эти условия службы, казачьи полки теряли свое название «полков казачьих» и превращались первоначально в части «пищальни–ков», а потом в «полки стрелецкие» и их начальники назначались князем и в руской военной истории получили название — «Стрелецкий Голова». Сохраняя внутреннюю автономию, стрельцы на слубжу князч приносили присягу. Стрелецкие полки — это была первая и одна из лучших организаций «нарочитых» или постоянных войск московского государства. Они просуществовали около двухсот лет.