С 1668–1669 годов Левобережная Украина входит в состав московской империи. Черниговский полковник Демьян Игнатович Многогрешный задумал воспользоваться обстоятельствами в свою пользу, т. е. стал домогаться для себя гетманства. Он вступил в переговоры с Московским правительством о возвращении в его подданство восточной Украины; но при этом просил утвердить за ней права и вольности, которые были установлены при Богдане Хмельницком, и вывести московских воевод. Посредником в сих переговорах явился черниговский архиепископ Лазарь Баранович, который поддерживал его просьбу и умолял царя согласиться на нее ради того, чтобы все казачество не обратилось в мусульманское подданство. С такими просьбами приехало в Москву посольство от Многорешного и Барановича в январе 1669 года. Но протопоп Адамович извещал о действительном состоянии умов и о том, что ни войско, ни горожане отнюдь не добиваются вывода московских воевод. По решению государя была назначена черная казацкая рада в начале марта в Глухове, куда прибыли и московские уполномоченные: князь Гр. Ромодановский, стольник Артамон Матвеев и дьяк Богданов. Многогрешный и старшина несколько дней препирались с ними о своих правах и вольностях и выводе московских воевод. Наконец сговорились на том, чтобы воеводы с ратными людьми оставались в Киеве, Переяславе, Нежине, Чернигове и Остре, чтобы число реестровых казаков было 30 000 с жалованием по 30 золотых польских в год (а гетману и старшине, конечно, особое приличное жалование); чтобы взамен частых посланцев гетману иметь в Москве ежегодно сменяющееся выборное лицо; чтобы казацкие дворы были свободны от постоя ратных людей; чтобы гетман, хотя и выборный, не мог быть сменен без царского указа, а резиденцию свою имел в Батурине и пр. После того рада собралась на площади перед собором и на вопрос, кого хочет в гетманы, выкрикнула Демьяна Игнатовича. Так смута, учиненная Дорошенко и Брюховецким, только вновь подтвердила неудержимое тяготение левобережной Украины к Московскому государству. И Дорошенко оказался бессильным помешать ее воссоединению с Москвой.
Со своей стороны и Польша не в состоянии была воссоединить с собой всю предоставленную ей Андрусовским договором западную Малороссию, т. е. смирить непокорного Дорошенко, получавшего помощь от татар. Польские гарнизоны держались только в некоторых пунктах, каковы в особенности Белая Церковь и Каменец‑Подольский. Но около того времени здесь во главе польского войска явился коронный гетман – знаменитый Ян Собесский, который с небольшими силами умел давать отпор многочисленным неприятелям. В конце сентября 1667 года в местечке Подгайцах он был окружен казаками Дорошенко и крымскими татарами. Когда осада угрожала затянуться, а у поляков уже истощились все запасы, к осаждающим пришла весть, что Урус‑шайтан Иван Серко, верный России, бросился в Крым и что запорожцы производят там страшное опустошение. А Собесский тут же искусно пустил слух о движении к нему на помощь самого короля. Встревоженные царевичи склонились к заключению мира. К нему же принужден был приступить и Дорошенко, который снова присягнул на верность польскому королю. Подгаецкий договор очень прославил Собеского и доставил ему большую гетманскую булаву. Демьян Многогрешный был утвержден на гетманство в Москве, проводил независимую политику. Ему удалось навести порядок на Украине. Однако постоянные конфликты Многогрешного с казацкой старшиной привели к тому, что в конце концов он был арестован московской властью. Следующим гетманом был Иван Самойлович (1672–1687). Чтобы получить поддержку казацкой старшины, он раздавал им земли. Он пытался распостранить свою власть на всю Украину. Он усилил свой контроль над запорожцами и с 1674 года боролся против Дорошенко и турок. Он поддерживал переход людей с запада на Левобережье и Слобожанщину. Московско‑польский договор 1686 года подтвердил принадлежность Правобережья к Польше и подчинил Запорожье напрямую царю, а не гетману. Разочарованный Самойлович не принял активного участия в московском походе в Крым, за что был арестован и сослан в Сибирь. Более сильное влияние России на Украину сказалось в подчинении Москве Украинской православной церкви. В 1685–1686 годах Киевская православная митрополия была подчинена Московской патриархии. Теперь фактически Гетманщина состояла из 10 полков. В конце XVII века большое влияние стала играть казацкая старшина, которая по сути являлась управляющим сословием. Рядовые же казаки от постоянных войн разорялись, казацкое войско сокращалось. В 1700 году насчитывалось только 20 000 казаков. Кроме того, вооружение их устарело, и они уже не играли той роли, как в XV–XVII веках.Иван Мазепа. Северная война