После этой победы конкистадоры решили приступить к штурму Саксауаманской крепости, стоявшей на отвесной скале и господствовавшей над всей северной частью Куско. Более отлогие подходы к ней были укреплены валами из каменных глыб. За ними находилась сама крепость – три каменные башни, захваченные теперь индейскими воинами.
Руководство этой опасной операцией Эрнандо Писарро возложил на своего брата Хуана, по словам хрониста, отчаянного, безрассудно храброго воина. Подобраться к крепости можно было только по горным тропам. Поэтому испанцы прибегли к военной хитрости: незадолго до заката они вышли из города и направились в противоположную сторону, чтобы перуанцы подумали, будто этот отряд отправился грабить какое-нибудь селение. Под покровом ночи всадники повернули обратно и, не встретив на тропах ни одного индейца, незаметно подобрались к крепостным валам. Перуанцы, не привыкшие к ночным сражениям, не выставили никакой охраны и чувствовали себя в полной безопасности.
Испанцы успели разобрать заваленный камнями проход в первом валу и подошли уже ко второму. Только тогда индейцы заметили врагов, и весь гарнизон бросился на них. Всадники спешились и под градом камней и стрел стали расчищать второй проход. Это удалось им, и в крепости завязался яростный рукопашный бой. С башен на головы испанцев летели камни и бревна. Хуан Писарро сражался в первых рядах своих воинов, пока ему в голову не угодил камень и не поверг наземь. Тяжело раненного командира перенесли в город, где через две недели он скончался.
После ранения брата Эрнандо Писарро сам возглавил нападавших. В конце концов в руках перуанцев осталась только одна башня, защитниками которой командовал знатный инка – человек огромного роста, облаченный в испанские доспехи и вооруженный громадной боевой палицей. Этот великан своим страшным оружием отбивал все атаки и убивал тех из своих воинов, которые хотели сдаться. Эрнандо решил взять башню штурмом, но как только испанцы приставляли к ней лестницу, индейцы опрокидывали ее вместе с солдатами. Тогда нападавшие приставили лестницы сразу со всех сторон и бросились наверх. Последние защитники башни пали под ударами их мечей. Перуанского вождя Эрнандо велел взять живым, но тот, видя, что все потеряно, отбросил свою палицу и, завернувшись в плащ, бросился с башни. По словам хрониста, он умер, как древний римлянин, до последнего вздоха сражаясь за свободу своей страны и предпочтя смерть постыдному плену.
Крепость была захвачена, но проходили неделя за неделей, а помощь не приходила. Перуанцы решили взять осажденных измором. Воды в городе было достаточно – там было много ручьев, а вот запасы продовольствия кончались. Испанцы рылись в сгоревших складах, разыскивая зерно, совершали вылазки в окрестные селения, сопровождавшиеся яростными стычками. Ряды испанцев понемногу таяли. Они были отрезаны от всего мира и уже теряли надежду когда-нибудь выбраться отсюда.
Вся страна была охвачена восстанием: перуанцы перебили несколько сот испанцев и даже осадили Лиму. Франсиско Писарро очень беспокоился за судьбу гарнизона Куско, и он выслал на помощь ему, один за другим, четыре отряда – в общей сложности, четыреста всадников и пехотинцев. Но ни одному из этих отрядов не удалось добраться до Куско. В узких горных ущельях на конкистадоров нападали индейцы и уничтожали всех до последнего человека.
Узнав об этом разгроме и угрожающем положении во всей стране, Франсиско Писарро не на шутку встревожился. Начались разговоры, что в порту достаточно кораблей и, пока не поздно, надо бежать в Панаму. Но Писарро расстроил замыслы малодушных, отправив на этих кораблях гонцов в Панаму, Никарагуа и Мексику с известием о тяжелом положении в Перу. Апеллируя к чести и совести испанцев, он просил срочно прислать помощь, иначе будет потеряна такая огромная и богатая страна, как Перу, Аналогичное послание было отправлено и дону Педро де Альварадо в Гватемалу, хотя всего несколько месяцев назад от него с трудом избавились, уплатив богатый выкуп.
Наступил август, а перуанцы все еще осаждали Куско. Они твердо решили взять гарнизон измором. Однако и у индейцев запасы продовольствия подходили к концу – осада затянулась, а снабжать такую огромную армию было нелегко, так как испанцы опустошили продовольственные склады инки. К тому же подошло время сева. Поэтому инка распустил большую часть своего войска, чтобы люди могли засеять поля и снова вернуться к осажденному городу. Сам он с большим отрядом разбил лагерь в Тамбо, к югу от Юкайской долины, а в окрестностях Куско оставил отряды, которые должны были следить за противником и блокировать дороги.
Испанцы, заметив, что число осаждающих уменьшилось, стали все чаще предпринимать вылазки, чтобы добыть провизию. Однажды им удалось пригнать в Куско около двух тысяч лам. Теперь голод уже не угрожал, осажденным.