Троя VI была не просто крепостью. Внешний город имел форму эллипса, вытянувшегося на юг от цитадели до конца плато, и занимал большую часть западной трети римского города. По площади (200 гектаров) он был сравним с микенскими городами в Арголиде и, если вся эта территория была заселена, мог иметь население в 5000–6000 человек.
Серьезным пробелом в наших знаниях о Трое VI всегда было отсутствие сведений о религиозных культах. Дёрпфельд полагал, что нашел один из храмов в доме с колоннами в пределах цитадели, а главный городской храм снесли римляне при выравнивании вершины холма под постройку храма Афины и общественного центра. Однако последние находки ниже стен Трои VI на западной стороне предлагают другие варианты. Здесь была обнаружена микенская культовая статуэтка — первая подобная находка на Гиссарлыке. Но откуда она? Из храма иноземного сообщества в Трое? Или это был иноземный божок в троянском храме? Возможно и то и другое: приблизительно в это время больной хеттский царь Мурсили просил, чтобы ему прислали идолов с Лазпы (Лесбоса) и из самой Аххиявы.
Вместе с микенским идолом найден и традиционный анатолийский культовый предмет — часть бронзового вола, известного также по находкам в центральной Анатолии, в Алача-Уюке. Самое поразительное, что оба предмета — с площадки, где в эллинские времена была культовая зона и где разворачивалась самая мистическая из всех троянских историй: странный обычай искупления локридскими девушками через тысячу лет после войны вины их предка. Если святилище бронзового века было в этой части города, то возникает аналогия с Микенами, где главные культовые сооружения располагались под горой и за пределами дворцовой зоны.
Наконец, именно здесь команда Корфмана нашла свидетельства того, что не было разрыва в поселениях на Гиссарлыке между концом бронзового века и ионийским греческим поселением VIII в. до н. э. В районе святилищ вскрыли следы нового слоя, промежуточного между Троей VIIb 2 и Троей VIII, из чего можно заключить: обнищавшее население упорно оставалось как минимум в этой части нижнего города. Если это место не превратилось в безжизненные руины ко времени поселения здесь ионийских греков в VIII в. до н. э., то Гомер вполне мог иметь доступ к местным преданиям, передававшимся из уст в уста.
Поэтому теперь мы видим, что Троя, которую раскапывали Шлиман, Дёрпфельд и Блеген, была цитаделью немаленького города, который сам по себе был основан, возможно, еще в 1500 г. до н. э. Это означает, что Троя VI была царским замком, местом пребывания правящего клана. В этой связи следует помнить, что ни одно другое поселение в западной Анатолии не может сравниться с Гиссарлыком. Там расположено более сорока культурных слоев и почти 70 футов наслоений, а возле него находилось уникально долго существовавшее и сильно укрепленное поселение. Нигде к северу от Микен в позднем бронзовом веке не было таких укреплений. Учитывая все это, можно уверенно говорить о том, что Троя VI была столицей важного анатолийского царства, вполне возможно, одной из региональных столиц, упоминаемых в хеттских архивах. Это становится очевидным, если вспомнить, что Троя-Гиссарлык была также одним из наиболее древних поселений в западной Анатолии, с впечатляющей непрерывностью местных традиций, особенно в архитектуре. Можно считать, что здесь была столица долго существовавшей династии могучих троянских царей. О том же гласило греческое предание.