Дико живущие шиншиллы в своей натуральной среде обитания имели практически стерильные условия жизни, поскольку из-за довольно высоких температур им не приходилось сталкиваться с грибковыми плесенью и бактериями, а питались они сухим, с пониженной влажностью кормом. Такие условия создали за века популяцию редко болеющих и неприхотливых зверьков. Шиншиллы должны были постоянно находиться в движении, что в значительной степени повышало из аппетит и улучшало пищеварение. Поэтому же у них не было каких-либо характерных болезней. В условиях же искуственного выращивания, когда они целиком зависят от фермера и едят то, что им дают, их природный иммунитет, конечно, понижен.
Если их кормить заплесневелой, гнилой либо зараженной пищей, они весьма быстро начнут болеть, а затем и умирать. Но даже доброкачественные корма. Скомбинированные в неправильных пропорциях, могут привести к плохим последствиям, например, если давать сочных кормов более 10 г в день, может наступить смерть. Корма поэтому надо смешивать осторожно, а то и совсем не смешивать. Сено одного типа, например, клевер, также может вызвать расстройства, подобно тому, как и сено с переудобренных или подвергшихся химической обработке лугов. Им также может повредить хлорированная или загрязненная отходами грызунов и птиц вода (особенно вредны бактерии рода Streptococcus).
Шиншиллы – типичные травоядные, о чем свидетельствует строение их пищеварения, а также зубов. Они имеют 4 резца, 4 предкоренных и 12 коренных зубов, что способствует хорошему перетиранию растительной пищи. Дальнейшая переработка пищи происходит в относительно длинном тракте, в 12 раз длиннее туловища. Главное пищеварение происходит не в желудке (емкостью около 50 куб. см и простого строения), а в кишечнике, причем основную роль играет хорошо функционирующая прямая кишка. В отличие от слепой кишки других млекопитающих, она лучше приспособлена для использования бедных питательными веществами растительных кормов, состоит из многих выпуклостей, ее емкость у взрослых особей около 70 куб. см, длина – 38 см (27,8–42,9), диаметр 2,4 см (1,7–2,8 см). в слепой кишке пища переваривается благодаря богатой бактерийной флоре. Впитывание воды и составных частей пищи происходит в толстом кишечнике. Здесь же происходит, также с участием флоры, отделение жидкостей от твердых масс. Толстый кишечник у шиншилл очень длинный, в 2,5 раза длиннее тонкого. Его внутреннее строение способствует ресорбции воды, что обусловливает физиологическую адаптацию организма к жизни в условиях хронического недостатка воды (высоко в горах).
В последнее время стали появляться сообщения о зубных заболеваниях шиншилл. Это неровный прикус, повреждения твердых тканей и т. д. тем не менее их можно вовремя распознать. Важной особенностью зубов шиншиллы (так же, как и у других грызунов) является постоянный рост резцов, обусловливающий необходимость постоянного стирания. С этой целью зверькам надо давать грызть твердые кусочки дерева, ветки фруктовых деревьев, сухие корки хлеба и т. д.
В своей натуральной среде шиншиллы съедали любые высокогорные растения, поэтому научились извлекать максимум из этой убогой пищи. Современные исследования позволили досконально определить степень усвоения различных составляющих кормов. Белок из сена усваивается ею на 60 %, из зерна овса – на 65–67 %, из сочных кормов – на 65–70 %, из полнорационных сыпучих – около 70 %, из гранулированных кормов – на 75–77 %. Усвоение жиров – около 85 %, а углеводов – на 80 %. Клетчатка, несмотря на то, что усваивается всего на 35–50 %, должна присутствовать в кормах в большом количестве (12–16 %), способствуя улучшению процессов пищеварения и вследствие этого положительно влияя на продуктивность (плодовитость) зверьков. На практике применяют усредненные показатели усвояемости: для белков 75 %, жиров – 80 %, углеводов (с клетчаткой) – 70 %.
Шиншилла производит кал двух видов: первый, богатый азотом, съедается ею вновь; второй, бедный азотом, устраняется. Явление копрофагии, т. е. поедания собственных экскрементов, является у зверьков естественным и очень важным физиологическим процессом. Шиншиллы съедают до 50 % своего ночного, мягкого кала, по составу близкого к содержимому слепой кишки. Благодаря копрофагии, а особенно второму попаданию кала в желудок, зверьки значительно улучшают деятельность своего кишечника и усвоение им пищи, особенно белков микробиологического происхождения и витаминов.