В составе первого отдела находились офицеры СС, ответственные за вербовку агентов из числа военнопленных (подотдел Z1А). За организацию специальных лагерей для отобранных лиц отвечал подотдел Z1B. За вопросы транспортировки агентуры в сборные и подготовительные лагеря, а позже — к пунктам перехода линии фронта, подбора проводников и старших перевозочных средств отвечал подотдел Z1C. Различные вопросы обеспечения агентуры (создание хорошей обстановки, выдача новой одежды, обеспечение бельем, мылом, бритвенными принадлежностями, прививки, питание, техническое оснащение засылаемых групп и их вооружение) входили в круг обязанностей подотдела Z1D. Поскольку «посещение лагерей ораторами-пропагандистами, экскурсии групп военнопленных в города и деревни с целью показа преимуществ жизни в Германии в противоположность русской обстановке требуют наличия большого транспортного парка», организовывался подотдел Z1E, ответственный за транспортные средства.
Второй отдел подразделялся на подотделы Z2A (русские), Z2B (казаки), Z2C (кавказцы) и Z2D (среднеазиаты). Общая подготовка этих контингентов включала в себя политическое образование (критика большевизма, антисемитизм, вопрос истории народностей), а также лекции по вопросам культуры, экономики и религии. Специальная подготовка состояла в изучении того задания, которое подлежало выполнению (политическая разведка, террор, пропаганда). Особой задачей отдела был подбор и обучение преподавателей для указанных контингентов.
Структура третьего отдела была аналогична второму. Задачей подразделения была обработка получаемых материалов, а также учет операций по разложению и специальных террористических заданий. С этой целью создавалась картотека агентуры и предметная картотека.
Первоначальные штаты руководящего штаба «Цеппелина» включали 19 офицеров СС, 26 унтерфюреров СС (сержантов) и вспомогательных служащих (специалистов), 5 управляющих-чиновников, 25 машинисток, 4 посыльных, 16 переводчиков и 10 шоферов [61].
В марте — апреле 1942 г. сотрудники РСХА, ответственные за проведение операции «Цеппелин», приступили к развертыванию сил и средств. Так, в соответствии с планом X. Грейфе, были созданы особые команды «Цеппелина» при четырех айнзатцгруппах (А, В, С, D) полиции безопасности и СД, с начала войны выполнявших «специальные задачи» в военной зоне оккупации. Особые команды были насыщены русскими офицерами и специалистами из числа эмигрантов, связанными с эсэсовской разведкой еще с довоенной поры. К примеру, соответствующее подразделение при айнзатцгруппе А (действовала на территории Прибалтики, Белорусской ССР, Ленинградской и Калининской областей РСФСР) некоторое время возглавлял оберштурмфюрер СС Аркадий Николаевич Кочубей — потомок первого министра внутренних дел Российской империи [62]. Главными обязанностями особых команд был отбор агентуры в лагерях для советских военнопленных, а также непосредственная заброска подготовленной агентуры в тыловые районы СССР.
Вальтер Шелленберг пишет:
После поражения в Сталинграде была проведена реорганизация «Цеппелина», выразившаяся, в частности, в создании на базе четырех особых команд двух главных команд: «Россия-Центр» и «Россия-Юг» (сформированы в марте 1943 г.). После поражения вермахта на Курской дуге первое подразделение сосредоточило основные усилия на подрывной работе в северных регионах СССР, поэтому с августа 1943 г. оно было переименовано в Главную команду СС «Россия-Север» [64].