Только 7 июля началось дальнейшее продвижение пруссаков. Мольтке направил 2-ю армию в заслон против Бенедека, устраивавшего у Ольмюца свою армию, а остальные силы направил прямо к Дунаю, на Вену. Судьба австрийской столицы, казалось, была предрешена. Военная партия в Пруссии требовала обязательного ее взятия и триумфального парада на главной площади. Хотел этого и обычно скромный начальник генштаба, и еще недавно сомневавшийся в успехе Вильгельм I. Но против был хитрый Бисмарк. Он отлично понимал, что унижение Австрии может привести к нежелательным для Пруссии последствиям. Во-первых, в побежденной империи Бисмарк видел будущего союзника в европейских делах, поэтому вызывать сильные реваншистские настроения, возбуждать ненависть австрийцев канцлер не хотел. Кроме того, уже выступил с предложениями о посредничестве Наполеон III – разгром Вены стал бы для него личным оскорблением. Да и остальные европейские державы вряд ли бы положительно восприняли неумение Пруссии умерять свои амбиции. В прусских верхах, таким образом, шла жесткая борьба между умеренной и милитаристской партиями, которую выиграл Бисмарк. Рассказывают, что он чуть ли не валялся в ногах у короля со слезами на глазах и кричал: «Не трогайте Вену!» Впрочем, уже скоро он с гордостью писал в одном письме: «Я побил их всех! Всех!! Всех до одного!!!», имея в виду не австрийцев, а Вильгельма, Мольтке и др. 23 августа в Праге был заключен мир, исключивший Австрию из Германского союза. Пруссия удовольствовалась ограниченными приращениями, Бисмарк убедил Вильгельма отказаться от аннексии Саксонии и Баварии. Австрия уступила Венецию Италии, а Гольштейн – Пруссии, уплатила небольшую контрибуцию. Ганновер (которым до 1837 правил английский король), Кургессен, Нассау, Гессен-Гомбург и Франкфурт-на-Майне были присоединены к Пруссии, которой теперь принадлежало две трети территории и населения германских государств (не считая Австрии). 21 государство севернее Майна вошло в новый Северогерманский союз под эгидой Пруссии. В ведение прусского короля как главы союза были переданы внешняя политика и военные вопросы. Он был наделен полномочием объявлять оборонительную войну. Четыре других германских государства (Бавария, Вюртемберг, Баден и Гессен-Дармштадт) были обязаны выплатить небольшие контрибуции и заключить военные союзы с Пруссией. Окончательное объединение Германии было не за горами.
С каждым днем столь успешной для Пруссии войны Гельмут Мольтке и его ведомство приобретали все больший вес в глазах прусских военных и монарха. В течение межвоенного периода 1866–1870 годов «великий молчальник» стал управлять большинством процессов в армии. Этой цели послужило и быстрое изложение им самим выводов из войны 1866 года. Сразу после заключения Пражского мира Мольтке поставил перед своими подчиненными задачу: собрать архивные документы, оставленные войной, и приступить к их разработке. Полностью объективно осветить ход кампании не удалось, недаром во главе армий стояли столь влиятельные лица. Так, принц Фридрих Карл, конечно, не хотел видеть в официальной истории войны негативную оценку своих действий во время марша на Гичин или подробный рассказ о том, как во время битвы, не понимая целей Мольтке, нервничая, забыв о масштабах – временных и пространственных – сражения, пытался бросить в ненужную атаку на австрийцев тысячи людей. Так что для составления официальной истории войны 1866 года, предназначавшейся для печати, Мольтке дал директиву: «Правда, только правда, но не вся правда». Эта история вышла уже в 1867 году. Но одновременно генеральный штаб в лице, например, Верди-дю-Вернуа и графа Вартенслебена вел научное исследование и «для себя» – более тщательно, не останавливаясь перед критикой собственных действий. На основе этого исследования в 1868 году Мольтке составил и представил королю «Мемуар об опыте, вытекающем из рассмотрения кампании 1866 года». Через год переработанный мемуар был разослан всем начальникам, начиная с командира полка и выше в виде «Инструкции для высших строевых начальников». Считается, что именно эта инструкция позволила во время франко-прусской войны избежать имевшихся до того ошибок в использовании кавалерии и артиллерии.
Генеральный штаб захватил в свои руки высший арбитраж в вопросах стратегии и тактики. В течение четырех лет прусское военное устройство было распространено на все государства Северогерманского союза и на вновь присоединенные к Пруссии территории. Вопросы вооружения, образования запасов, постройки крепостей, увеличения штатов войсковых частей, размера призыва в ряды армии, формирования новых частей, поскольку они затрагивали численность и боеспособность действующей армии и влияли на быстроту ее сосредоточения, вошли в сферу компетенции генерального штаба как составные части плана войны. На генеральный штаб пала ответственность за руководящие директивы. Военный министр в Пруссии сохранил всю полноту власти лишь в отношении проведения их в жизнь.