Лечил он арестантов в Полицейской больнице («больнице для бесприютных всех званий и без платы»), где сам жил на казенной квартире, за неимением собственной жилплощади. При этом ворочал огромными деньгами, которые доверяли ему благотворители, особенно купцы-старообрядцы. К зданию был пристроен флигель, куда приходили все, кого не взяли в другие больницы. Здесь в любое время оказывали помощь раненым, обожженным, укушенным; Гааз лично патрулировал город, свозя в больницу упавших на улице — всех, кого прохожие принимали за пьяных. Не в состоянии платить санитарам-мужчинам, Фёдор Петрович стал принимать на работу и обучать женщин: их труд стоил дешевле, нередко они были честнее и добрее. В Полицейской больнице с 1845 г. проходили обучение первые русские медсестры.
Новому генерал-губернатору Алексею Щербатову жаловались на то, что в Полицейской больнице постоянно превышают нормы приема пациентов. Алексей Григорьевич вызвал пожилого доктора на ковер и категорически приказал «не сметь принимать новых больных». Тогда старик, ни слова не говоря, опустился на колени и горько заплакал. Генерал-губернатор бросился его поднимать. Больше об ограничении до нормы речи не было. За восемь лет при Гаазе через больницу прошло 30 тысяч человек, из которых 21 тысяча выздоровела.
Коллеги спрашивали Гааза, как благородный человек может унижаться перед власть имущими. Доктор отвечал: «Унизительно бывает просить на коленях милостей для себя, своей выгоды, своей награды, унизительно молить недобрых людей о спасении своего тела, даже своей жизни. Но просить за других, за несчастных, страдающих, за тех, кому грозит смерть, не может быть унизительно, никогда и никак».
В 1848 г. генерал-губернатором Москвы назначили заклятого врага Гааза — бывшего министра внутренних дел Закревского. Новый генерал-губернатор сейчас же объявил, что полномочия Фёдора Петровича — «ничто». Но Гааз продолжал ходить в пересыльную тюрьму как на работу: там нижние чины, веровавшие в Страшный суд, нарушали порядок и перековывали арестантов в легкие кандалы.
Тогда Гааза решили уличить в том, что он покрывает симулянтов из числа заключенных, и назначили доктора Николая Кетчера контролировать его решения. Но Кетчер тут же перешел на сторону противника. Гааз действительно задерживал здоровых ссыльных — к одним должны были приехать родственники, за других мог успеть попросить ходатай. Надзиратели носили из больницы записочки с именами этих людей, при рукопожатии передавали их Кетчеру, а тот на глазах у комиссии подсматривал в шпаргалку и говорил: «Не слишком здоров». Гааз тут же восклицал: «Оставить! Оставить! В больницу!»
Вверху: Гааз возвращается к полицейскому чиновнику с нужными справками, промокнув до нитки под дождем (1852).
Внизу: Перековка в индивидуальные кандалы под наблюдением Гааза. Одноногий ссыльный на переднем плане носит положенные ему кандалы в мешке, поскольку на этапе нужно тащить на себе эти три фунта железа: таков порядок
Подчиненные Закревского, угождая своему шефу, не жаловали Фёдора Петровича. Молодых и равнодушных было не пронять слезами и Страшным судом. Но и к ним старик нашел подход. Один полицейский чиновник рассказывал, как в дождливый осенний день 1852 г. обратился к нему Гааз: «У меня было много работы; сообщенные мне им сведения оказались не довольно полными, и я с некоторым нетерпением сообщил об этом доктору. Тот, ничего не сказав, торопливо поклонился и вышел; но каково же было мое удивление, когда спустя три часа явился ко мне промокший до костей Фёдор Петрович и с ласковой улыбкой передал самые подробные, взятые из части, сведения о том же деле; он нарочно за ними ездил под дождем и чуть ли не в бурю на другой конец города. После этого я не смею никому отказывать в справках об арестантах».
Это один из последних подвигов Гааза. Через несколько месяцев его тело стало покрываться карбункулами. Доктор не жаловался на боль и только раз сказал лечившему его профессору Полю: «Я не думал, чтобы человек мог вынести столько страданий». Каких именно страданий, неизвестно. На этом разговор окончился, больной заснул и больше не проснулся.