Так судьба приготовила Королёву предельно тяжелое испытание: руководство не оценило перспективу жидкостных ракет — ее действительно тогда было трудно разглядеть, к тому же, это время совпало с разгаром большой сталинской чистки. Практика того времени была простой: независимо мыслящих и неугодных объявляли вредителями и врагами народа. В отличие от Глушко, который был арестован ранее, но вскоре после ареста сразу попал в шарашку, Королёву привелось пройти по самому длинному и опасному пути. По–видимому, он оказался менее сговорчивым при проведении следствия, во втором заходе к нему, похоже, применялись жестокие методы. Невозможно без содрогания смотреть на его фотографии, на глаза человека, как будто только что вытащенного из застенка.
В результате многократных заявлений, а также обращений его матери, поддержанных знаменитыми летчиками того времени М. Громовым и В. Гризодубовой, избранными в Верховный Совет СССР, в 1939 году образовался благоприятный шанс по пересмотру дела. Когда Берия, слывший одним из самых жестоких руководителей НКВД, сменил Ежова, он и его подчиненные несколько изменили свое отношение к арестованным, и прежде всего к специалистам и интеллигентам. Так или иначе, к июню Королёв оказался кандидатом на пересмотр приговора. К несчастью, он был уже в пути на Колыму, и быстро его отыскать не удалось. Тем не менее, несмотря на дополнительные тяжелейшие испытания, именно этот шанс спас его от неминуемой гибели той зимой, уже стоявшей на пороге.
В течение двух лет после ареста судьба водила молодого ракетчика по самому краю пропасти, не раз подводя его к критической черте на пути в Магадан, по дороге туда и особенно обратно в Москву: в пересылочных тюрьмах, в поездах и на пароходах и, конечно, в зоне на золотых приисках. Осенью 1939 года, незадолго до того, как его отозвали в Москву, уже полного доходягу буквально спас от неминуемой гибели М. А. Усачев, бывший директор авиационного завода, физически очень сильный человек, которого арестовали в связи с гибелью Чкалова.
Несмотря на все испытания, судьба действительно хранила Королёва, а в 1940 году привела его в шарашку (к Туполеву, руководившему его дипломным проектом в МВТУ), которую эвакуировали вскоре после начала войны в Омск. Сам Туполев проявил о вновь прибывшем, который все еще находился в плохом состоянии, особую заботу. По воспоминаниям одного из очевидцев, уже тогда он разглядел в Королёве качества, очевидные в те годы немногим: трудолюбие, ответственность и интерес к творческим решениям. Еще через два года его, по личной просьбе, перевели в другую шарашку, на этот раз — к ракетчикам, которые работали в Казани под руководством другого ракетного зэка — Глушко. Стремление Королёва туда, где снова начали работать ракетчики, очень показательно: надо было действительно иметь очень сильное стремление заниматься делом всей жизни, чтобы уйти от своего маститого учителя, да еще в такое лихолетье. К тому же на новом месте, по сравнению с РНИИ, относительная позиция этих двух очень честолюбивых людей поменялась, позднее Глушко очень гордился тем, что Королёв работал тогда в его подчинении.
В Казани эту группу ракетчиков освободили уже в августе 1944 года за успех по разработке ракетного двигателя и его установке на пикирующий бомбардировщик Пе-2Р. Не исключено также, что органы к этому времени начали присматриваться к кадрам новых разделов техники, которой все больше появлялось в качестве трофеев, отбитых у немцев, включая реактивную технику. Вскоре появились также первые практические сведения о немецких ракетах, когда наступающие войска захватили пусковую площадку Фау-2 в Польше, о которой Черчилль сообщил Сталину в июле 1944 года (у англичан, как теперь хорошо известно, были очень веские причины проявлять к ним повышенный интерес).
Королёв провел в заключении целых шесть лет (с 1938 по 1944 год), и все?таки по большому счету это были не совсем потерянные годы, хотя, на первый взгляд, это звучит парадоксально. Однако нередко тяжелые испытания делали из сильных людей — очень сильных, и не только это. Можно привести ряд примеров того, как сильные целеустремленные люди порой становились гигантами. Так нередко формировались личности.
Шарашка тоже была уникальной школой, она учила работать и мечтать, объединяя людей, близких по духу и по общему делу. В этих КБ и НИИ за колючей проволокой, которые базировались на интеллектуальном, хотя и рабском труде, и аналогов которым нет в истории современной цивилизации, можно было научиться многому, в том числе различать, кто есть кто в этой необычной арестантской жизни. Для многих шарашки становились еще одними ни с чем не сравнимыми университетами, а освобождение усиливало жажду жизни и творчества. Такие люди начинали заново осознавать цену жизни и свою цену.
4. Освобождение
Как уже упоминалось, в Казани группу ракетчиков во главе с Глушко освободили уже в августе 1944 года, и они продолжили работать уже как вольнонаемные специалисты.