Во главе этого корпуса Богарне перешел Неман. Несмотря на свое нерасположение к Мюрату, он энергично и искусно поддерживал его 12–14 июля в бою под Островной, а во время Бородинского сражения войска Евгения действовали против «батареи Раевского» и овладели ею.
Когда началось отступление Великой армии, Богарне шел в авангарде и, заняв Малоярославец, с 18 тысячами человек держался в нем целый день против армии Кутузова. Под Вязьмой Богарне спас корпус Даву от уничтожения, своевременно придя ему на помощь. Не доходя до Духовщины, окруженный казаками и не имея более запряжек, Богарне был вынужден бросить часть своих орудий в реку Вопь.
4 ноября, пробившись после целого дня боя к Орше, он на следующий день повернул назад, чтобы идти на помощь корпусу Нея, отрезанному под Красным, и привел остатки его к императору.
23 ноября после переправы через Неман Наполеон покинул армию, поручив командование Мюрату. Но 5 января 1813 года Мюрат также уехал в свое королевство, сдав командование Богарне, на плечи которого лег тяжелый труд по собиранию того, что осталось от Великой армии. Он должен был отвести войска в Магдебург, заготовить продовольствие для крепостей на реке Одер, устроить магазины в Глогау и Кюстрине и сосредотачивать польские войска.
19 апреля Богарне двинулся на соединение с Наполеоном к Лейпцигу. С непрерывными боями он подошел 26 апреля к Дрездену, но в самый день занятия его получил от императора приказ отправиться в Италию и сформировать там армию. Исполнив это поручение, Евгений Богарне в июле с новой армией (45 тысяч пехоты и 1, 5 тысячи конницы) направился к восточной границе Итальянского королевства и здесь выдержал несколько боев с австрийскими войсками.
Но главным было то, что вокруг Богарне была измена. Его тесть Максимилиан Баварский перешел на сторону союзников. Мюрат, стремясь сохранить свою неаполитанскую корону, начал действовать против Богарне. Французские офицеры, бывшие в Итальянской армии, покидали ее. Один Богарне оставался верен своему императору. Окруженный австрийцами, он с последними остатками войск заперся в Мантуе. Но 3 апреля 1814 года пришло известие о капитуляции Парижа и отречении Наполеона. Богарне было предложено отправиться с французскими войсками во Францию. Ему пришлось повиноваться.
Падение Наполеона решило и судьбу Богарне. В апреле в Милане вспыхнуло восстание против французов, во время которого был убит министр Прина – соратник принца в период его активной административной деятельности. Богарне поспешно бежал сначала в Тироль, а затем в Баварию, где стал ожидать решения своей участи. Но Людовик XVIII и союзные монархи сохранили за ним титулы, заслуженные храбростью и благородством, а в лице императора Александра I Евгений Богарне нашел не только покровителя, но и друга Российский император обещал выхлопотать принцу независимое княжество.
После Венского конгресса Евгению было выдано денежное вознаграждение в 5 миллионов франков. За эту сумму его тесть Максимилиан предоставил принцу княжество Эйхштедтское и даровал ему титул герцога Лейхтенбергского.
Внезапное возвращение Наполеона с острова Эльбы несколько расстроило планы Евгения, но в период Ста дней он не принимал никакого участия в событиях, окончательно решив посвятить себя всецело частной жизни. Он занялся упрочением своего благосостояния и подготовкой выгодных браков для своих детей.
Последние годы жизни принц Евгений Богарне жил в своем имении или в Мюнхене, где в построенном им дворце разместилась галерея картин, собранных в Италии, и другие предметы изящных искусств. В начале 1823 года Богарне поразил первый приступ болезни. Это случилось в Мюнхене, и в течение шести недель практически во всех церквах города проходили молебны о даровании ему выздоровления, что наглядно показывает, насколько Евгений был любим людьми. Болезнь отступила, и врачи предписали ему пройти лечение на мариенбадских водах. На какое-то время это помогло, и Евгений вернулся в Мюнхен. Но к концу года его состояние снова ухудшилось – он стал жаловаться на участившиеся головные боли. В ночь на 21 февраля 1824 года Евгений Богарне скончался.
Он похоронен в мюнхенской церкви Св. Михаила. На его памятнике из белого каррарского мрамора работы скульптора А. Кановы высечен данный ему Наполеоном девиз «Честь и постоянство», который Евгений оправдал всей своей жизнью.
Четыре дочери Богарне вышли замуж за представителей царствующих фамилий. Одна из них стала в дальнейшем королевой Швеции, а другая – Бразилии. Старший сын стал мужем королевы Португалии, хотя этот брак был недолгим – через несколько месяцев после свадьбы он скоропостижно скончался.
Другой его сын, Максимилиан, унаследовавший титул герцога Лейхтенбергского, стал в 1839 году мужем дочери императора Николая I великой княжны Марии Николаевны и был включен в число членов российской императорской фамилии.