Состояние Панамского правителя росло не только за счет операций с наркотиками Он занимался еще и контрабандой оружия, используя в качестве посредника одного из своих ближайших помощников — израильтянина Майка Харрари.
В 1979 году Харрари ушел с поста руководителя израильской разведслужбы в Центральной Америке и Мексике и стал консультантом Норьеги по военным вопросам.
С начала 80-х годов он был торговым атташе Панамского генерала и почетным консулом в Тель-Авиве.
Несмотря на ценность Норьеги как агента американской разведки и как канала для перекачки денег «контрас», постоянно росшее число сообщений о нарушении прав человека в Панаме, нашумевший скандал с убийством политического противника Норьеги Хуго Спадафора и вопиющие свидетельства его широчайшей торговли наркотиками привели к прекращению всей американской финансовой помощи Панаме в 1987 году и замораживанию панамских активов в банках США. После избрания в 1988 году президентом США Джордж Буш предпринял активное наступление на своего бывшего союзника, призвав панамцев изгнать Норьегу.
После проведения в Панаме в мае 1989 года президентских выборов оппозиция и международные наблюдатели выступили с рядом заявлений о фальсификации итогов голосования. В ответ правительство Панамы по указке Норьеги аннулировало результаты выборов, ссылаясь на «иностранное вмешательство», а на кандидата от оппозиционного блока Г. Эндару и двух его коллег были совершены покушения. Полиция разогнала организованную оппозицией демонстрацию.
Военнослужащие и вооруженные «пронорьеговские» группировки подавили массовые манифестации протеста. Тюрьмы были переполнены. Арестованных жестоко пытали, применяя электрический ток. Власти оказывали мощное давление на панамские суды.
Неугодные, «проявляющие самостоятельность и не подчиняющиеся приказам» судьи немедленно заменялись. Происходило разложение структур власти как естественное следствие того, что вся политика строилась на силе штыков и пулеметов.
Безразличие «народного генерала» к нуждам народа, его постоянно меняющиеся обещания, бесконечная смена президентов и правительств привели к равнодушию и политическому нигилизму большинства населения. Происходил массовый отход людей от правящей Революционно-демократической партии.
Соединенные Штаты организовали неудачное покушение на генерала. В ответ Норьега предпринял абсолютно безрассудный шаг: 15 декабря 1989 года объявил войну США. 16 декабря панамскими войсками был застрелен американский солдат, а 20 декабря 1989 года вооруженные силы США вторглись в Панаму, прежде всего с целью ареста Мануэля Норьеги по обвинению в политическом рэкете, терроре и торговле наркотиками. В операции «Справедливое дело» США задействовали 24 000 своих военнослужащих. Из них 26 человек погибли и 300 получили ранения. Среди панамских граждан жертвы исчислялись тысячами. Когда американские части вошли в Панама-сити, Норьега успел укрыться в резиденции папского нунция. Вместе с ним там оказались еще 30 беженцев: представители командования СНО, члены правительства и руководства ряда политических партий, в нунциатуре Норьега провел 10 дней. Весь район папской миссии был тотчас же блокирован военными. В Панаму для переговоров прибыл министр обороны США Р. Чейни. Переговоры интенсивно шли также в Вашингтоне и Риме.
К 27 декабря договаривавшиеся стороны сформировали три варианта решения проблемы: вывоз Норьеги в США, выдача его панамским властям, выезд генерала в третью страну. Последний вариант отпал, так как ни одна из третьих стран не соглашался принять у себя Норьегу. Новое правительство Панамы мечтало избавиться от Норьеги. Президент Эндара заявлял, что Панама не может гарантировать должного суда над генералом. Обстановка вокруг папской миссии накалялась. Сам Норьега находился в таком угнетенном состоянии, что даже не мог говорить. Большую часть времени он проводил в одиночестве. Папский нунций доказывал, что не может передать генерала против его воли американским войскам, равным образом как не может и принудить Норьегу покинуть миссию, поскольку это, во-первых, противоречило бы международному праву, а во-вторых, шло бы вразрез с традициями церкви.
3 января 1990 года, после настойчивых уговоров папского нунция, Норьега решил сдаться. Вечером он надел парадный мундир со всеми регалиями, взял в руки Библию и вышел к воротам миссии. Генерал М. Сиснерос препроводил пленника на американскую военную базу Говард, а оттуда его доставили в Майами в тюрьму строгого режима.
Суд над Норьегой начался осенью 1991 года. Большинство свидетелей обвинения ничем не отличались от Норьеги, но за показания против генерала освобождались от уголовной ответственности. В ходе судебного процесса всплыло немало неприятных для американской администрации фактов. Так, например, получило широкую огласку то, что в 1983 году Норьега прибыл в США с официальным визитом для встречи с тогдашним вице-президентом Джорджем Бушем на самолете, который был загружен кокаином, предназначенным для продажи в США.