Царь Пётр I встретил Франца Лефорта в Немецкой слободе и сразу же сблизился с ним. Лефорт стал для Петра проводником в новом и привлекательном мире слободы. В доме Лефорта Пётр I впервые встретил своего будущего «друга сердечного» Александра Меншикова. Лефорт познакомил Петра I с Анной Монс. Много лет длилась история любви молодого царя и первой красавицы немецкой слободы. Доподлинно известно, что царь засыпал свою возлюбленную щедрыми подарками. Построил ей за счёт казны неподалеку от лютеранской кирхи дом.
Так после знакомства с царём к Лефорту пришли отличия и пожалования: он получил чин генерал-адмирала, и для него царь стал строить роскошный дворец на правом берегу Яузы, по улице, которая до 1933 года называлась Коровий брод.
Возводился дворец по проекту русского архитектора Дмитрия Васильевича Аксамитова. По документам того времени, Дмитрий Васильевич именовался «каменных зданий художником» и «постельничьим истопником» – так звучало придворное звание мастера печного дела. Как «каменных зданий художник» Аксамитов работал в стиле московского барокко.
Дворец Лефорта отличался от всех зданий слободы. Это было великолепное сооружение с высокими крышами, украшенными резными гребнями. Оно представляло собой удивительную смесь западноевропейского стиля с типичными для Руси палатными постройками с многочисленными элементами московского барокко.
Дворец на Яузе стал первой в русской архитектуре попыткой отхода от вековых традиций национального зодчества. Во дворце находился огромный зал высотой десять метров и площадью более трёхсот квадратных метров, украшенный портретом Петра I, картинами и множеством зеркал, обитый шпалерами и английским красным сукном. Этот зал мог одновременно вместить полторы тысячи гостей. По описанию современника, одна из комнат «обита зелёной кожей и уставлена ценными шкафами, вторая содержит предметы китайской работы, третья украшена серебряной дамасской парчой и здесь находится кровать трёх локтей высотой с красноватыми занавесями; четвёртую комнату его величество сверху донизу украсил маринами, а с потолка свешивались галера и корабли».
Как и большинство архитектурных сооружений Петровской эпохи в Немецкой слободе, главный фасад дворца обращён не на улицу, а на реку. Вокруг сооружения на галереях должны были быть поставлены пятьдесят небольших пушек.
Новоселье в новом дворце состоялось 12 февраля 1699 года. Освящал дворец думный дьяк Никита Моисеевич Зотов. Освящение делалось во имя Вакха – бога вина и веселья, а Никита Моисеевич, бывший учитель царевича Петра, выступал в роли «патриарха всея Яузы и Кукуя». Всем приглашённым на новоселье было запрещено покидать дворец в течение трёх суток, спать велено было по очереди, сменяя тех, кто водил хороводы. А через две недели хозяин роскошных палат на 46-м году жизни скончался. Лефорта похоронили в присутствии Петра I в лютеранской кирхе на Немецкой улице. После смерти хозяина дворец на берегу Яузы стал служить то помещением для приезжих иностранных послов, то домом приемов и празднеств, устраиваемых Петром I.
В этом дворце Пётр I собственноручно укорачивал платья и брил бороды. В центральном зале Лефортовского дворца были организованы ассамблеи, в которых впервые приняли участие русские женщины.
После того как в 1706 году сгорел дом Александра Даниловича Меншикова в Семёновской слободе, Пётр I пожаловал ему Лефортов дворец. И подарил две тысячи рублей на достройку.
Новый хозяин поручил достроить дворец архитектору Марио Фонтана, чтобы тот смог «выказать свой талант на фасаде дома в Немецкой слободе».
К дворцу на берегу Яузы Фонтана пристроил ряды двухэтажных флигелей в виде незамкнутого квадрата, которые соединялись с главным зданием переходами, и соорудил большой замкнутый прямоугольный двор с открытыми внутрь аркадами.
На втором этаже флигелей располагались многочисленные жилые комнаты, а на первом – всевозможные хозяйственные помещения. В торцевой части южного флигеля была устроена домовая церковь. Так в России появился первый городской ансамбль в стиле раннего классицизма.
Пётр I пользовался дворцом Меншикова для встреч с послами и устройства всякого рода празднеств.
После опалы Меншикова в 1727 году Лефортовский дворец отошёл в казну.
Здесь остановился император Пётр II, прибывший в Москву на коронацию, которая совершилась 24 февраля 1727 года. В этом же дворце умерла его пятнадцатилетняя сестра Наталья Алексеевна. Здесь, в Лефортовском дворце, 18 января 1730 года, в день, на который было назначено бракосочетание с княжной Екатериной Долгоруковой, император Пётр II скончался от оспы.
Здесь прошло заседание Верховного тайного совета, на котором решено было пригласить на российский престол герцогиню курляндскую Анну Иоанновну, дочь Ивана V, брата Петра I. Во дворе дворца Анна Иоанновна разорвала подписанные ею же кондиции Верховного тайного совета, ограничивавшие произвол царской власти, и стала абсолютной монархиней.