В 1935 году вновь последовал ряд перемен в советском спортивном хозяйстве, в частности, решено было создать на железнодорожном транспорте единое Добровольное спортивное общество железнодорожников «Локомотив». Устав его был утвержден 5 декабря 1935 года постановлением ЦК союзов железных дорог и наркома путей сообщения, которым тогда был Лазарь Каганович. Официальной датой рождения нового спортивного общества считается 12 января 1936 года. С тех пор главная футбольная команда железнодорожников тоже стала называться «Локомотивом». А поддержка Лазаря Кагановича, одного из первых лиц советского государства, позволяла клубу легко решать любые организационные вопросы.
В 1936 году, когда было принято решение о проведении клубных чемпионатов страны, «Локомотив» сразу же был включен в группу «А» вместе с тремя другими московскими командами — «Динамо», «Спартаком» и ЦДКА. В первом, весеннем чемпионате железнодорожники заняли пятое место, причем от последнего, седьмого, их отделяло всего лишь одно очко. Но в том же году «Локомотив» вошел в историю советского футбола как первый победитель только что учрежденного Кубка СССР. В финальном матче железнодорожники победили тбилисское «Динамо» со счетом 2:0.
К сожалению, на два с лишним десятилетия этот успех так и оставался единственным. Только в 1957 году команда во второй раз выиграла Кубок СССР, победив в финальном матче московский «Спартак» со счетом 1:0. а через 2 года единственный раз в своей истории завоевала серебряные медали в чемпионате страны. Тогда лидером «Локомотива» был Валентин Бубукин, футболист сборной СССР, вместе с которой в 1960 году он стал чемпионом Европы. А ворота железнодорожников защищал Владимир Маслаченко, в будущем тоже не однажды игравший за сборную страны.
В последующие десятилетия судьба «Локомотива» была не очень счастливой. Ему не раз случалось покидать высшую лигу и возвращаться обратно. В команде появлялись талантливые футболисты — Михаил Гершкович, Валерий Газзаев, Гиви Нодия, Валерий Петраков, — но железнодорожный клуб тогда считался не слишком престижным, и они с удовольствием принимали предложения более именитых клубов.
Возрождение «Локомотива» связано с именем Юрия Семина, который в 1986 году возглавил клуб в качестве главного тренера, а в 1975–1977 годах сам играл в команде железнодорожников. Семин принял команду, когда она уже несколько лет выступала в первой лиге, а в 1988 году «Локомотив» вернулся в высший дивизион чемпионата СССР.
В 1990-х годах «Локомотив» стал выходить на первые позиции уже российского футбола. Дважды завоевывал Кубок России, дважды выигрывал серебряные медали, дважды бронзовые. В 1998 и 1999 годах дважды подряд доходил до полуфиналов Кубка обладателей кубков. Наконец, в 2002 году «Локомотив» впервые стал чемпионом России. Победитель определился в дополнительном матче» с ЦСКА, поскольку оба клуба набрали по 66 очков. Единственный гол, забитый Дмитрием Лоськовым, принес золотые медали железнодорожникам. И в том же году у клуба появился новый стадион, соответствующий всем международным стандартам, настоящий футбольный стадион без беговых дорожек вокруг футбольного поля.
В годы, когда «Локомотив» возглавлял Юрий Семин, под его руководством играли лучшие футболисты России, входившие в сборную страны, — Алексей Смертин, Сергей Игнашевич, Марат Измайлов, Дмитрий Сычев, вратари Руслан Нигматуллин и Сергей Овчинников. В 2004 году «Локомотив» во второй раз стал чемпионом России, и вновь в упорной борьбе с ЦСКА. Кроме того, в 2003 и 2005 годах выигрывал Суперкубок России.
В 2005 году Юрий Семин покинул клуб, уступив пост главного тренера Владимиру Эштрекову. Затем тренеры стали быстро меняться, но главным трофеем, выигранным в последующие годы, пока остается Кубок России, завоеванный в 2007 году. В тот год, кстати, Юрий Семин вернулся в «Локомотив», но в качестве президента клуба, а главным тренером был Анатолий Бышовец. Но поскольку в чемпионате России клуб занял седьмое место, и президент, и главный тренер были освобождены. После этого в «Локомотиве» сменились еще несколько главных тренеров, и наконец в 2009 году этот пост вновь занял Юрий Семин, до этого тренировавший киевское «Динамо». В конце 2010 года он вновь покинул «Локомотив» из-за разногласий с руководством клуба.
«Зенит» (Санкт-Петербург)