Систематическое исследование города началось с 1960 г. И.Т Кругликовой и в 1973 г. продолжено Е.М. Алексеевой. К настоящему времени исследованы значительные участки города и его могильников (самым знаменитым стал открытый в 1975 г. склеп Геракла, в котором каменные стены были расписаны фресками с его 12 подвигами). Он оказался не разграбленным. В одном саркофаге находились останки знатного горгиппийца с богатыми украшениями. В другом похоронены две девочки — и тоже с богатыми украшениями. Находки составили основу «Золотой кладовой» Краснодарского краевого музея-заповедника.
В период наивысшего расцвета площадь города занимала примерно 35–38 га. Часть «нового города» поглотила ранние могильники (V в. до н. э.) и перекрыла их. В IV в. до н. э. формируется планировка города. Возведенные в этот период каменные постройки многократно перестраивались, с вторичным использованием строительного материала (камни, блоки, плиты).
В эллинистический период в городе формируется система водоснабжения и водостоков. Агора — центр города расположен в районе современной гостиницы «Анапа». При раскопках там были найдены остатки зданий общественного назначения (барабаны колонн, фрагменты скульптур, блоки дорического ордера, Сима в виде львиной головы). По археологическому материалу комплекс датируется IV–III вв. до н. э.
Найдены остатки главной улицы в общем направлении восток-запад (вдоль моря) от восточных ворот города к его центру. Ширина ее достигала 8 м, поверхность-покрытие из мелких камней, обломков плит, крупных амфорных черепков — на подушке из желтой глины поверх скальной породы. Найденные монеты IV–III вв. до н. э. помогают установить время строительства и функционирования этой магистрали. Параллельно ей вдоль моря шла еще одна улица шириной 4–4,5 м, проложенная позднее. Обе эти улицы под прямыми углами пересекались поперечными улицами, идущими от моря шириной до 5 м.
Дома горожан, возведенные на каменных фундаментах, имели 1–2 этажа, с подвалами и иногда с внутренними двориками. Дома имели 2–4 смежных комнаты разной величины. Самая маленькая обычно была крайней и использовалась для хозяйственных нужд. Глубина подвалов достигала 1,5 м. Некоторые из них были жилыми. Часть подвальных помещений вырубалась в скальном грунте, стены выкладывались из плохо обработанных камней на глиняном растворе. Полы были глинобитными. Неровности засыпались строительным мусором, насыщенным обломками бытовых предметов. В одном из домов сохранился участок пола, выложенный галькой на известковом растворе.
Стены домов возводились из камня или сырцовых блоков — кирпичей. Деревянные стропила крепились в специальных пазах. Дома перекрывались черепицей местного изготовления (на некоторых были обнаружены клейма «Гор» и «царская»). Остатки гончарных мастерских найдены в северо-восточной части города.
В I в. до н. э. — V в. н. э. магистральная улица была вымощена заново небольшими камнями, уложенными поверх старой вымостки. В этот период в центре возводится крупное здание общественного назначения. Его фундамент имел толщину до 2,4 м. В восточной части города функционировала гончарная мастерская. Неподалеку от нее открыты давильные площадки и винодельни.
Согласно эпиграфическим источникам, при Савромате I на рубеже I–II вв. восстанавливаются городские укрепления, город переживает новый строительный бум. В 110 г. наместник Горгиппии возвел храм, посвященный богине Афродите Навархиде. В городе сооружаются памятники боспорским царям и их наместникам. При строительстве гостиницы были найдены обломки двух больших мраморных статуй и целая статуя наместника Неокла.
Во второй половине II — начале III в. возводятся новые монументальные строения в центре города, заново вымощен ряд поперечных улиц, а главную магистраль выложили большими (до метра длиной) каменными плитами. Создана система водостоков и водосборных колодцев.
В это время союз судовладельцев города воздвиг статую и восстановил храм богу Посейдону. Для строительства были использованы плоские хорошо обожженные кирпичи. Одно из полуподвальных помещений этого периода, по-видимому, жилого назначения, имело каменные, обмазанные глиной и оштукатуренные стены с росписью цветными полосами по белому фону с имитацией пестрого мрамора. Открыты подвалы хозяйственного назначения с зерновыми ямами, пифосами и амфорами — до 15–20 в одном помещении.
Судя по размаху строительных работ и площади, Горгиппия по величине была вторым после Фанагории городом азиатской части Боспорского царства. О его культурном расцвете свидетельствует находка мраморной стелы с упоминанием 226 человек, одержавших победы в спортивных состязаниях на празднествах в честь бога Гермеса.
Город погиб в 30-е гг. III в. — слои этого времени представляют собой пожарища. Многие строения были разрушены.
В IV в. жизнь в городе возобновляется, но на гораздо меньшей площади. Большая часть строений так и осталась лежать в руинах. В Средние века и в турецкое время многие античные постройки были разобраны на строительный материал.