Каменные фрагменты имели закругленные углы, а стены выстраивались под наклоном. Археологи обнаружили зазоры в кладке, которые оставлялись специально для того, чтобы придать зданиям большую устойчивость при землетрясении. Цементный раствор и прочие скрепляющие составы не применялись при строительстве, камни удерживались на месте за счет плотной подгонки и собственного веса. Правда, археологи обнаружили лачуги слуг, сложенные из обычных камней, обмазанных глиной, поэтому можно утверждать, что старание рабочих распространялось только при возведении зданий для ритуальных целей, а также дворцы знатных инков.
Большинство сооружений были построены под руководством талантливых архитекторов и инженеров. Технология строительств изучается учеными до сих пор. Археологи выяснили, что в качестве орудий труда использовались бронзовые или каменные инструменты, глыбы шлифовались при помощи песка. Блоки соединялись подобно пазлам — некоторые из элементов имеют до 30 углов. Совместить отдельные части воедино, придав строению нужные очертания, было очень непростой задачей. Дворцы вельмож, сановников и храмы облицовывали тонкими каменными плитками.
В Мачу-Пикчу можно насчитать около 200 зданий, большинство из которых являлись жилыми. На территории города имелись свои храмы, склады, административные и общественные строения. Историки считают, что в городе могло одновременно проживать приблизительно 1200 человек. По одной версии, основным «контингентом» были женщины, священники и дети — данная гипотеза рассматривает Мачу-Пикчу как последнее прибежище знатных инков, скрывавшихся от испанских захватчиков. По другим данным, Мачу-Пикчу являлся крепостью, фортом, охраняющим инкскую Империю от набегов горных племен, и поэтому в городе в основном пребывали мужчины-военнослужащие.
Впоследствии именно вторая версия нашла подтверждение, т. к. среди останков, обнаруженных в «затерянном городе», нашли гораздо больше мужских скелетов, чем женских.
О том, что Мачу-Пикчу являлся самой настоящей крепостью, говорит и характер некоторых построек. Например, сооружение, обнаруженное у берега реки Вильканотой, опоясывает стена, составленная из огромных каменных блоков. Крепость располагается на неприступном утесе, небольшие домишки плотно прижимаются к стене. Возможно, подобное расположение позволяло гражданам быстро укрыться в крепости, пробравшись внутрь по узким проходам и лестницам.
Мачу-Пикчу имел четкую планировку из секторов. Культурным сердцем «затерянного города», бесспорно, являлся храм Солнца. Святилище еще иногда называют храмом Трех окон. Для инков число три являлось весьма символичным, так, по легенде, именно через три окна вошли в земной мир три правителя-основателя инкской цивилизации. Через эти окна лучи солнца проникали на Священную площадь, где проходили ритуалы и совершались жертвоприношения на специальном алтаре. Заметим, что инки не приносили в жертву людей, а совершали убийство лам.
Если подняться по длинной гранитной лестнице выше Священной площади, то можно обнаружить еще одно культовое место, Интиватана. Интиватана представляет собой многоугольную глыбу внушительных размеров, вырубленную из скалы. Бытует мнение, что Интиватана — своеобразные солнечные часы, а площадка, на которой она была установлена, выполняла функцию обсерватории. Солнце весьма почиталось инками, поэтому верховные жрецы всячески ублажали светило, воспевая гимны и воздавая ему молитвы. Конечно, Интиватана имел и вполне тривиальное значение — по положению теней священнослужители могли определить время сева и сбора урожая.
Напротив храма располагается жилой квартал, состоящий из небольших одно- и двухэтажных домиков с крутыми соломенными крышами. Легкие крыши позволяли избежать травматизма при внезапных подземных толчках. Строения имеют интересную архитектуру: трапециевидной формы двери и такие же необычные окна. Предполагается, что на второй этаж вела веревочная лестница, т. к. никаких других способов проникнуть туда исследователями обнаружено не было. Постройки сгруппированы по 10 домов вокруг одного внутреннего двора, очевидно, выполняющего коммунальную функцию. Между собой здания связывались узкими переулками, часть из которых заканчивались либо тупиком, либо приводили к пропасти. На городской окраине, на террасах возделывались сельскохозяйственные культуры и осуществлялся выпас скота.
В юго-восточной части Мачу-Пикчу располагались дворцы и дома знатных граждан — об этом свидетельствует искусная кладка и размеры зданий. Там же находится башня, имеющая полукруглую форму, и еще одна, примыкающая к ней постройка. Комплекс весьма походит на крепость, поэтому ему и дали название «Эль-Торреон», что в переводе означает «бастион». Есть мнение, что башня все же имела религиозное предназначение, но, скорее всего, сооружение выполняло двойную функцию.