На вооружении ранних галеонов имелось до 30 орудий калибра от 3-фунтовых (6 см) до 50-фунтовых (19 см) и значительное количество (до 100) переносных мушкетонов для стрельбы через бойницы с галереи кормовой надстройки и верхних этажей носовой надстройки. Именно на галеоне впервые орудия были установлены и над, и под главной палубой, что привело к появлению батарейных палуб: орудия стояли по бортам и стреляли через порты. На поздних галеонах количество артиллерии было увеличено до 50–80 орудий. Сконцентрированная бортовая батарея давала возможность направить мощный залп по неприятелю.
Испанцы использовали тяжеловооружённые галеоны для перевозки больших грузов на дальние расстояния. Каждый год один или два манильских галеона перевозили ценные товары с Филиппин в Акапулько. Ежегодно Казначейский флот вывозил перуанские и мексиканские ценности из Карибского моря в Испанию. Во главе конвоя шёл галеон-«капитано», который вёл всю группу, а замыкал строй кораблей, галеон-«альмиранте», защищавший конвой с тыла.
В Карибском море флот разделялся на несколько отдельных групп. Одни корабли шли в Портобельо и Картахену, чтобы принять на борт золото и серебро из Перу, Эквадора, Венесуэлы и Колумбии. Другие шли в Гавану за медью, третьи — за грузом индиго в Трухильо. Местом сбора всего флота служила Гавана. К июлю сюда со всех карибских портов стекались тяжелогружёные корабли. Здесь они вновь выстраивались в боевой порядок и, предводительствуемые галеоном-«капитано», брали курс на Испанию. По традиции, драгоценные металлы грузились только на большие и хорошо вооружённые галеоны; более мелкие торговые суда несли на борту грузы менее ценные.
В то лето 1622 года всё было так же, как и всегда. Испанский флот благополучно пересёк океан и разделился на несколько отрядов. Семь галеонов, охранявших конвой, включая «Санта-Маргариту», остались в Порто-Доминго (о. Гаити). Другой отряд, во главе с «Нуэстра Сеньора де Аточа», отправился к Панамскому перешейку и 24 мая бросил якорь в гавани Портобельо. Шестнадцать меньших судов разошлись на погрузку в различные карибские порты, а третий отряд галеонов двинулся к Картахене (Колумбия). Здесь корабли приняли на борт большой груз золота и серебра и 21 июля встретились со вторым отрядом в Портобельо. 27 июля галеоны подняли якоря и взяли курс на Кубу. К 22 августа вся флотилия собралась в Гаванском порту. Сюда же от берегов Мексики пришёл так называемый «флот Новой Испании», доставивший в Гавану груз мексиканского серебра.
Испанские адмиралы были встревожены: до Гаваны дошли слухи о том, что в водах Карибского моря появился большой голландский флот. Командующий «флотом Новой Испании» обратился к главному начальнику маркизу Кардерейте с просьбой разрешить ему немедленно идти в Испанию. Маркиз такое разрешение дал, но при условии, что большая часть слитков и монет останется в Гаване; их перегрузят на галеоны, и таким образом сокровища окажутся под более надёжной защитой.
«Флот Новой Испании» ушёл, а маркиз Кардерейта остался в Гаване, дожидаясь прихода последних судов. Вскоре вся флотилия была налицо, и утром 4 сентября 28 тяжелогружёных кораблей выстроились на гаванском рейде, готовясь отправиться в далёкое и опасное плавание. Маркиз Кардерейта поднял свой флаг на ведущем судне, галеоне-«капитано» «Нуэстра Сеньора Канделария». Основная часть мексиканского серебра и золота была погружена на галеоны «Санта-Маргарита» и «Нуэстра Сеньора де Аточа». Вооружённая 20 огромными бронзовыми пушками «Аточа» шла в качестве замыкающего — галеона-«альмиранте», следуя в хвосте медлительных торговых судов.
На следующий день, 5 сентября, погода заметно испортилась, небо затянули низкие тучи. К середине дня разыгрался настоящий шторм. По морю катились огромные валы. Марсовые сквозь пелену дождя с трудом могли разглядеть впереди идущие корабли. Волны бросали неповоротливые галеоны из стороны в сторону, как щепки. На глазах у всей команды и пассажиров «Аточи» идущий впереди «Нуэстра Сеньора де Консолясьон» неожиданно опрокинулся и исчез в морской пучине…