В 13.02 радиограмма со «Скайларка» была вручена офицеру штаба подводных сил в Нью-Лондоне. В 13.32 о случившемся информировали заместителя командующего подводными силами Атлантического флота США, а еще через 5 минут был передан сигнал тревоги.
Верховный главнокомандующий подводными лодками в Атлантике находился в это время в Аннаполисе. Он узнал о таинственном исчезновении «Трешера» лишь в 14.35, когда все командование возвратилось в штаб-квартиру в Норфолк, штат Вирджиния. На поиски подводной лодки тотчас отправились самолеты и специальное судно «Рикавери». В 15.35 в Пентагоне, в кабинете адмирала Джорджа В. Андерсона, руководителя военно-морскими операциями, раздался телефонный звонок. Положив трубку, Андерсон в течение получаса информировал о чрезвычайном происшествии всех важных военных чинов и политиков, включая президента Джона Кеннеди, которые только теперь — то есть шесть часов спустя! — получили известие об исчезновении новой субмарины.
Одна из двух находящихся в районе поиска подводных лодок, «Си Вульф», неожиданно уловила странное излучение и непонятные звуки, а в 17.30 с «Рикавери» пришло сообщение: в семи милях южнее того места, где еще в 9.17 находился катер «Скайларк», на поверхности воды обнаружена масляная пленка. Чуть позже там выловили несколько кусков пробки и пластика размером со стандартную папку для бумаг. Пробкой, служившей изоляционным материалом, была выложена вся внутренняя часть корпуса «Трешера», а обнаруженный пластик обычно использовался на атомных подводных лодках для защиты от радиации.
С рассветом 11 апреля действия спасателей приняли организованный характер. В состав поисковой группы к этому времени уже входили крейсер, шесть эскадренных миноносцев, две атомные подводные лодки, дизель-электрическая подводная лодка, три спасательных судна. В тот же день к ним присоединилась научно-исследовательское судно «Атлантис II», оснащенное новейшей электронной аппаратурой.
Появились первые находки. В районе исчезновения лодки были подобраны в воде куски пробки и пластмассы, несколько резиновых перчаток, которые подводники обычно надевают при работе в реакторном отсеке, пластмассовые бутылки и стаканы. Все выловленные предметы могли принадлежать «Трешеру», но и могли не иметь к нему отношения, поскольку подобные вещи используются практически на всех американских кораблях и судах.
Проходили часы, а терпящую бедствие лодку на поверхности обнаружить не удалось. Глубина океана в этом районе настолько велика, что мысль о том, что поврежденный «Трешер» может лежать на грунте в ожидании помощи, исключалась полностью. Поэтому в 10 часов 30 минут начальник штаба ВМС США адмирал Андерсон сделал заявление журналистам: «Печальная необходимость вынуждает меня прийти к заключению, что подводная лодка „Трешер“, которую мы в течение некоторого времени считали пропавшей, в действительности затонула. Безусловно, за прошедшие часы у нее было много возможностей дать знать о себе… С глубоким прискорбием и с чувством огромного горя я вынужден объявить о том, что атомная подводная лодка „Трешер“, на борту которой находилось 129 человек, погибла».
С этого момента 129 человек считаются не пропавшими, а погибшими, что гарантирует семьям несчастных выплату денежных компенсаций. Президент Кеннеди в своем выступлении выражает им глубокое соболезнование.
В пятницу 12 апреля на верфи в Портсмуте приспускают флаг. Верфь, едва ли не самое оживленное место города, на несколько минут словно вымирает.
Уже 11 апреля начинает работать комиссия по расследованию происшествия. Председателем назначается контр-адмирал Бернард Л. Остин, начальник Ньюпортского военно-морского колледжа. Члены комиссии собираются в Нью-Лондоне, родном порту «Трешера».
Чтобы восстановить хронологию происшедшего, комиссия пользуется данными океанографической атлантической системы (ОАС), представляющей собой группу сонаров, измерителей постоянного действия, установленных в Атлантике американцами. Как только в океане случается катастрофа или бедствие, разного рода комиссии обращаются к ОАС. Назначение ее примерно то же, что у авиационного «черного ящика».
В случае с «Трешером» сонары ОАС дважды, с 9.09 до 9.11 и с 9.13 до 9.14, уловили шумы, которые могли исходить от лодки во время накачки балластных цистерн сжатым воздухом. Кроме того, в 9.18 был зарегистрирован сильный низкочастотный помеховый сигнал. Возможно, это был взрыв «Трешера», стальной корпус которого не выдержал чудовищного давления. Масляная пленка на воде и какие-то кусочки пластика — все, что на первый взгляд осталось от подводной лодки и ее экипажа, — с таким же успехом могли быть обыкновенным мусором, оставленным любым судном.
И все же комиссии контр-адмирала Остина удалось локализовать поиски. Возможные внешние причины катастрофы — нападение врага, встреча с НЛО, столкновение с другим кораблем, саботаж — были быстро отвергнуты.