Московская школа балета казалась Лопухову более плодотворной, чем петербургская. В конце концов он добился того, что его на полгода отправили в Большой театр. Там он смог воочию увидеть работу Александра Горского, которая его очень интересовала. Но он уже тогда с неодобрением относился к вольному обращению Горского с классическим наследием. Именно тогда Лопухов начал задумываться о праве балетмейстера на переделку спектаклей, вошедших в сокровищницу балетного наследия.
Первая мировая война прервала беззаботную жизнь. Лопухов был мобилизован в первый же месяц, однако в солдатских казармах он пробыл недолго. Через некоторое время Федор Лопухов определен в санитарный поезд великой княгини Марии Павловны. В Петербург он стал попадать лишь изредка, но во время пребывания в городе был совершенно свободен и продолжал выступать на сцене.
Первые революционные годы были для балета не лучшими. Шли все те же спектакли, новых не появлялось, а количество талантливых танцовщиков неуклонно сокращалось – многие уезжали за границу по принципиальным соображениям или не выдержав невыносимых условий существования. Постоянное недоедание и холод сделали травмы на сцене постоянными. Однако внезапно вспыхнул бурный интерес публики к балету. Залы были переполнены на каждом спектакле, независимо от репертуара. Для тех, кто хотел работать, кто стремился к творческому поиску, предоставлялись широкие возможности.
В этих условиях в балетной труппе возросла роль Федора Лопухова. Его цепкая хореографическая память помогала восстанавливать утраченные фрагменты балетов, а хорошее знание «почерка» балетмейстера – перекомпоновать кордебалетный номер на меньшее количество исполнителей, не нарушая первоначального стиля. Конечно, в это время он приступает к собственным постановкам.
В 1920 году Лопухов упоминается в документах театра как балетмейстер, в 1922 году он назначен балетмейстером-руководителем, а в 1925 году занимает и пост управляющего труппой. Теперь и художественное, и административное руководство было сосредоточено в его руках.
На протяжении 1918–1920 годов Федор Лопухов создал огромное количество концертных номеров. Постепенно Лопухов переходит к постановке одноактных балетов. В 1918 году он поставил «Мексиканский кабачок» и «Сон». Три года спустя Лопухов поставил балет «Жар-птица» на музыку Стравинского. Создавая философскую аллегорию добра со злом, молодой балетмейстер переусердствовал – его Жар-птица была образом древнего ящера, покрытого перьями, археоптерикса. Хореографической основой оставался классический танец, однако в него было внесено довольно много акробатических элементов, сложных поддержек и прыжков. Сам Лопухов считал «Жар-птицу» лишь первым опытом на длинном пути создания нового балета.
В 1925 году появилась книга Федора Лопухова «Пути балетмейстера». Это был необычный случай – теория намного опережала практику и становилась не результатом обобщения практического опыта, а, наоборот, направляла его.
Лопухова интересовали более всего вопросы взаимоотношений хореографии и музыки, а также проблемы танцевального симфонизма. Лопухов утверждал, что постановка балета невозможна без тщательного и серьезного знакомства балетмейстера с музыкальной партитурой, заявляя также, что даже различная инструментовка одной и той же мелодии непременно должна иметь свое отражение в хореографии.
Работа в области теории балета велась Федором Лопуховым одновременно с напряженной практической работой в театре. Необходимо было приложить много труда и сил к сохранению и обновлению балетного наследия, театрального репертуара. Отбор был произведен достаточно разумно: остались все постановки Фокина, талантливые и отвечающие современным запросам, а также немало классических балетов, таких как «Конек-Горбунок», «Эсмеральда», «Корсар», «Спящая красавица», «Дон Кихот», «Раймонда». Несколько балетов планировалось оформить заново – «Коппелия», «Лебединое озеро», «Жизель», «Тщетная предосторожность».
Большого труда стоило ему восстановить некоторые эпизоды, безжалостно выброшенные другими реставраторами. Некоторые из них восстановить так и не удавалось – они были попросту забыты, и никаких материалов, касающихся их, не сохранилось. В таком случае Лопухову приходилось ставить утерянные сцены самостоятельно, и в этом в полной мере проявилось его мастерство стилизации.
Его работа над реставрацией классических спектаклей началась с балета «Спящая красавица». Потом Лопухов принялся за работу над балетом «Раймонда». Он сохранил в неприкосновенности хореографию этого спектакля, лишь добавив в него несколько сочиненных им эпизодов. Кроме работы над двумя этими балетами, в сезоне 1922–1923 годов Федор Васильевич Лопухов занимался также восстановлением спектаклей «Конек-Горбунок», «Щелкунчик», «Эсмеральда», «Корсар», а на следующий год проделал огромную работу по реставрации балета «Дон Кихот».